DreINT0046636 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011845 | chn2
Description
chimerin 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091020-5]
Coordinates
chr16:20565504-20596449:-
Coord C1 exon
chr16:20596179-20596449
Coord A exon
chr16:20565591-20596178
Coord C2 exon
chr16:20565504-20565590
Length
30588 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
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3' ss Score
6.43
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCAGCCCATCGCCGCTGAGCAGACGGACCACACTCAAAGATGGACCAGAGAAACACTGTAACTATGAGAAGATACACAACTTTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011845:ENSDART00000139776:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.154 A=NA C2=0.193
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0001719=SH2=PD(45.1=35.2)
A:
NA
C2:
PF0013017=C1_1=PU(5.7=10.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]