MmuINT1007153 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000004633 | Chn2
Description
chimerin 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1917243]
Coordinates
chr6:54220417-54273153:+
Coord C1 exon
chr6:54220417-54220702
Coord A exon
chr6:54220703-54273075
Coord C2 exon
chr6:54273076-54273153
Length
52373 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
AGCTCTTTGCCTGTTCACAGATC
3' ss Score
9.31
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000004633:ENSMUST00000046856:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0001719=SH2=PD(45.1=33.3)
A:
NA
C2:
PF0013017=C1_1=PU(5.7=11.5)
Other Inclusion Isoforms:
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types