DreINT0046727 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000070724 | chrna4b
Description
cholinergic receptor, nicotinic, alpha 4b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090505-3]
Coordinates
chr11:12929398-12935933:-
Coord C1 exon
chr11:12935824-12935933
Coord A exon
chr11:12930791-12935823
Coord C2 exon
chr11:12929398-12930790
Length
5033 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTGTGT
5' ss Score
3.84
3' ss Seq
TTTTTCTGTTTGATCTGCAGCGC
3' ss Score
10.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTGGAACGACTACAAGCTGCGCTGGAACCCAGAGGAGTATGAGAATGTCACCTCCATCAGGATCCCCTCTGAGATCATCTGGAGACCGGATATTGTGCTCTATAACAA
Seq A exon
GTGTGTGAGGCCTTTTACAAATCCGGAATTTAGCCAAATCCATTTCTTAAGATCGACATCATCAAACACTGTTAACCTCCCACCGTTCCAGCATTGTGAAAGGTTTCCGCAATTCGGTTTGATTTCATTCTTTCACTTTGGAGGTCTGTTAATGTTTTTTTCCTACTCAATCTCACGGCAAATCAGAAGTTTTTGATTTATTTTAAATCCAAGACAGAGTTTCGGACATGAGCAATATGATGATATTTTTGTCTTTTAACTTTTTTTTTTATTTTTTTTTTTGCTATTTGAAGCTGCTTTACAGCTGAATTTGAACACATTTTAAAGTTGATGATATATTTGCATTTCATAATTGCAACTTTATTATTTAGTTATTTTTTCTTTATTATATAAAATAAAATTAGACATGTCGTTGGACAACAGGGGTTTGTTCTGTAGCCATTTGGGGGAAGGGTAACAATATTAACCTTAAAATGATTTTTTAAACTTAAAAAATGGATTTATTTCAGCCATAATAATATATATTAAGTAATAAACTTTACTATATACATTCATATTAAATACAAATGCATGCTTAACAGGAATAAACTGTATTTTTTATTAAAATCTGAATAAATATGTTATAATATAATTTATTTACATTTTTATAATCTCATTCGTACATTTAATTATTTAAATGACAGTTGGGTTTATGGGTGAGGTTTGGCCGCATCCTAAAAATTGTATGTTTTCTTCAGAATTAATTGAATGAATAAGCCACTTTTTTTGACAATATGTCCAATATGTTTTGCTTCCTAAGGGTAGTTGTCATATGGGGGTAATATTTGTAATATTTAATCACCTTTGCATCTAGTTTGTATGTCTTTGCAATACATGAAGACTTGATAATTCAGCTCTAATTAATTGAACCTAGAAGGCGCCATGGCTGGGTAAAGCTAGAGCTTAGTGAATAGGAAATTACAATGAATATTTTTTTACTACAGTATTTGCTGAAATATTAAAAGTAAAACTGCACAATGGTGTTATTAAGACTTTCAGAAAAAGGAAAAAAATAGTGTGAGACTGATGACGACAAATAGAGGAGAGAATTGTCAGGGGTGTGAATGGGAAATGGGGAAAAAGGAGCGAGGACTCAAGTGCAGAATAAATGGGAATTTATTAAATAATAAAAATAAAATAAAATGCAAAATAAACTACCCCGAGGGGGAAAAGATTAACAAAACAAATACATACAAACAGGACTGGGCAGGCTGGCAACGATGATAACTGGAAACATGACAAGACAAGACAAGACAAGGGTTTAAACAACAACATGTGATGACGAACTGGCACAGGACAGCAAAAGTGAGGGGTATATAAACTGTAGAAAATTAACACAAACAGGTGAACACAATTAACTAATAATGGGTTAACAAGGAGGGTGGGACAAGACAAGAGCGCATGACACAGAGACAACACAAGCCATGCGCTCACTTAACAGGACAAGAACATGCAGCCAATGAGAGAACTCATTAACCGCATGTTCATGACAACAAACACAACACTGAAGCACACGACAAAAGCATGTGACCACAATGTAAACACCAAGCCACGTGCTTTGACAAGAGACACAAGACACGAGCACATGATAGATAAACACCTTACCGTGCGCTCACACATAAGCAACGCGCATGCTTCATCTCAGCGCCAACCAAAACTGAAACCAACTAGACGGAGGCGCCGAGAATAAAGCAGCGCGCTACTGACAGAACAAACACAAACACAAGTACAAGAGCGCGCGCGTCTGAGGGACGCAGAGCGTGCGCGGCCACATCAAGTGGCAGCGCGCACACTCTGCGTACACCCACGACGGCGCGCGCGCGCACACACAGAGACAGAAACAGGACCAGACATGGAGTAGTGTCAGAGCTCTGCCACCAAAACAAGAATTTACAAGACCAAAGTGGCAGAACCCTGACAAGAATAACATCAAATCTACTCTCAGCCCCGTAGACGCTGCGTTACGAACACCTCACATAGGCGGTAATTTGTTTTTTGAAGCTTGACGCAAAGATGATATAATACTTTCATAAATGCATATAAATACTCATACATTAAAAAAATTAATGTAAGGATTTAAGATAATAATGACCGTTAAACATGTCATAACAGACTTGTGAAAGGGTCCATGGCGTAAATAAGTAAAATCACACATCTTTTACTTTAAGGTGCATTATGTAGCCTATTTATTTTGCATTAACAGAAATAATTTGGTCTGTATATAAAAATCGCCCTCTATATCATTACATAGTGCCTTATTTGAGGGAGCAACCATTTGCAGTGATGTCCTTGATCCATAGTGGATGTTCTGGCTTCCATTCAATCAAACCCCTAATGCACTACAATAACGAGTGTGAAACCAATGTACACTTAACAGCTAGAGCAGGGGTGCTCAAGCATGTTCCTGGAGATCTACCTTCCCGCAGAGTTCATCTCCAACCCTGATCAAACACACCTGAACCAATTTGTTAGGACCTGAACAGCACTCGATAATTACAGGCAGGTGTGTTTGATATGGGTTGCTACTGAAATCTACAGGAAGGTAGATCTCAGGAACAAAGTTGGCCACCCCTGGGCTAGAGAATTACCTTAAGGCACTGTGATTGAGAGTTGAATATCTACGATCAAATTTTAAATACTTAAATTTCTAAACAAAAATAATAATTGTTAAATTAATGTTTGAATGCATAACAGATATCAAATTTCTTTGTTTCATTACTAATAGCAAAGTCCCTTTAAGGCAAGTCATTTTACTTGGCGGCCGTCTTTGAAACTCCTCTCAGGCATTCTATCTAAATGGGGAACATCAAATTCTCCAAAATTGCTTGCCAAGCTTACGATTACATTTCATATTAGGAATCACCAATAAAATTAAACAACAACTGTCTCTTTAGTTTCATTTTCTAAACATCCAAATCATTCATTCATTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTATTAATCTGGGGTCACCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCATACGCAGCGGATGCCTTTCCAGCTGCAACCCATCACTGGGAAACACCCATAGACACTCATTCACACAAACACATACACTTATTCACAACGGCCAATTTACTTAATCAATTCCCCAATGTTATGGTTTATTAGATTTCAAATTTAATATGTAAGTCTAATTTAGTATTTTGGTTATTGTTAATAAATAATGCACCAATGTAAATCATATCAAAAAACATGAAAGGAAAAGGGAACACAAGACACAAATTGTGGGTCTGCATATAATTTCTGAGACCGCTTAAGAAAATGTGTGTGTGAGCAGTGCACATTTGAGAGCGTGAGAAAACTTGTGTGCAAGCAGCGTATATTTGAGAGCTTGCAAGCAATTTTGTCCATGAAATCGGTGCACGGGCACCACACAAGGTTGAAAGCTAAATTCTTCAATGTTATGCAAACAAAACAATGTTACTGTTTGTATGAAGTAGTCTTCTTCATTGAGAATATGTGCTATCATTTTACATTGCTGCAGATTTGCGTCTAAATCTCTTTAGCACACATGAGATTCAATTAACAAAATAAAAACTTTACTCTATTTTACTTTGCAGCATACAGGAGTTGTTGGTCTACTGCCGCCTCATTGAGGTGGTTTATGTAATTTTAGTTAATCACAAGTTGATCACCGAATACATATATAATTAATTGTTTTTTTATTTTATTTAGATGGCCAAATTCTGATTGTGGAAAGAAAATGCTGGGCAGGTTGTTATTTGCTGAATAAATGACAATAAGCCACGGTTTTTAATTTAAAGCTTTAACAGATTCCTTTTTTTCTGATAATAACTGATGTAGTAAATCTGTATTTTAAAAATATATATTTTTTTTACATTTCTTTATTCTAAATCTTTAGGAAATATTTTGGTAAATCAAAAATTGTGGTTATATCTGACAAGCTAATCCAGCTAAAAACAATGCTTAAAATGACACTAAAATGCAGTATTTACATCTCATAATTAAACAAAAAGTGAGGCATATAACTGCAAAAAAAGGCCCACATTTTGAGAAAAAAAGAACCACCCCTTTCACCAGGCCAGAAGCAGTGGTCCTACTCTAATTCTGGTCTTCTAAACTTCTAGTAGGTTGGACTTTCTATTTAGGTAGTCTAACCTAAATCACCATGGATTAAAACTATTATTCATTAACAAAATTGTATTTGAATAAAAATATGTTTAGTTCAGTTAAGGGCGAAGCAGTGGCACAGTAAGTAGCGCTGTCACCTCACAGCAAGTGGGTCGCTGGTTCGAAACTTGGCTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCGTGTTCTCCCTGCGTTTGTGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCTGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCTGTACAGGTGAATTAGGTAGGCTAAATTGTCCATAGTGTAAGAGTGTGTGTGTGAATGCGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGAGTTGCTGGGCTGGGAGGGCATCCGCTGCGTAAAAACTTGCTGGATAAGTTGGCGGTTTATTCTGCTGTGGCGACCCCGGATTAATAAAGGTACTAAGATGACAAGAAAATGAATGAATGAATGAATGTTCAGTTTATAACAACTTCTCACATTATGAATTTTCAATGCAAGTCATCAAGTTGACAATGGCAACATTTTCAAATAAACCATTCCATGAATTAGGCCAAAATCTCTTTATTTAATATTCGCTTGTCCTTGTTTAAGCTGTAATTTGATTTTAGTAAATACTGAAACCAAGACAACAATTAGGTATTCTCAACAATTAAACAACAACTAAATCCAAGATATCTACTCTCAGAAAGACTGGATTTTTAGAGTTCTAAACCCAAGCACGTCAACGACGTCTCATGTTATTGATGGTTTGGCTCACTGTGATGTACACGGACACCACTAAAGCTGTCTTTCATGCTGCTCCACAGATATTTCATCGCAGATCCTGTCTGACAGTTTTTTCTGTTTGATCTGCAG
Seq C2 exon
CGCGGACGGAGACTTTGCGGTGACTCACTTGACAAAAGCTCAGGTGTTTTACAACGGGAGAATCAAATGGAAACCTCCCGCCATCTATAAAAGCTCCTGCAGCATCGATGTCACCTTCTTCCCCTTTGACCAACAAAACTGCAAGATGAAATTCGGCTCTTGGACGTACGACAGGGCCAAGATTGACCTGATCAGCATGGCCAGTGACGTAGACCAGATGGACTACTGGGAAAGTGGCGAATGGGTGATAATAAATGCAGTTGGCACCTACAACATCAAGAAATACGAGTGCTGCACTGAAATCTACCCAGATATCACCTACTCTTTCATCATCAGACGCCTTCCTTTGTTCTACACCATCAATCTCATCATCCCCTGCCTGCTAATCTCCTGCCTGACAGTCCTGGTCTTCTACCTCCCCTCAGAATGTGCTGAGAAAATCACGCTGTGTATATCTGTCCTCCTATCCCTGACTGTCTTCCTCCTGCTAATCACCGAAATTATCCCTTCAACCTCATTGGTCATCCCACTGATTGGCGAGTACCTACTGTTCACCATGATCTTCGTCACTCTGTCCATCATCATCACGGTGTTTGTACTCAACGTGCACCACCGTTCGTCTCGTACGCACAGCATGCCACACTGGGTCCGTCAGCTATTTCTCCACCTGGTGCCTCGTTACCTGTTCATGAAACGTCCACCAGCCTCGGGCAAGAGAAACTGCGGGAAGCTGATTGAGATGATGCACAAACAGGCTAATTCGCAATCTATGTTTCTGCGGAACAACATCCTGGATATCTCTCCGCAAAGTCCGATCCCGCATTTGGGACCTACTTCAGCTGCCCAGCAGGATCAAGTTCAGCAGGACTCAACTTCCCCCAAACCCCTGTTTTTCTGCAGTTCCCCCAGCAGCCAGTATTCAATCCTTCAAGAGGAAAACTCACAAACCCCCCAAACACCAGTTCTCAGCTACACATGCGCATATACAAACAGCATCTTCGCCTCCAGCACAACTTCCTTTCCAGATACTCTCCTTGGCACCCTGCTGCACACCATACCGCAGGACGGAGCCAAGAGCACAGAATGCGATTTCCAAGGCCACAGTGCTGAGAGTGTCTTCATGGAAGCCAAGGAGAGTGTTCTGGGAGCAGGGAGTTGTCAACACTGCCTTACGTCTGAAGGGACGAGTCTGCAGAAGCTTGATCTCGATGAGGCAGGGAGGTGTACCAGACATAACATGCCCAGCGCTCAGATCTTCAGCCCCAGCAGTGACGGCTCCACTGATCTGAATGCAGCAGAGCCAGTCAGCAATCTGTCTCAGTCCCTGCTCAAAGCCTTGGAAGGAGTTCAGTACATCGCTGACCATCTCAGAGCCGAGGATTCAGACTTTTCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000070724:ENSDART00000018614:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.062
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0293118=Neur_chan_LBD=FE(17.4=100)
A:
NA
C2:
PF0293118=Neur_chan_LBD=PD(55.6=24.7),PF0293211=Neur_chan_memb=PU(91.2=73.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]