DreINT0046763 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069660 | chrnb1
Description
cholinergic receptor, nicotinic, beta 1 (muscle) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070821-4]
Coordinates
chr7:22297074-22305735:+
Coord C1 exon
chr7:22297074-22297249
Coord A exon
chr7:22297250-22305587
Coord C2 exon
chr7:22305588-22305735
Length
8338 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TCCTCATTCCCGTGGTGCAGATA
3' ss Score
6.86
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATTTATCCATATGCTGCCTCCATACTTGGGAATGCTGCGACCTAAAGTGGAGACCCCTCTGTTTCTTGAAAAACCTGCCAAAAAGGAGAACATTCAAGCCATCAGCAGAGTAGCAGACGAGTACTTCATCCGCAAGCCCAGCAACATGAACTTCCTCTTCCCTAAACCCCACAG
Seq A exon
GTGAGCTCCCAGGTTTTTCTGTAGCTCCCTGATCATTAGGGTCACAGGTCAAGTAGATTTTGCAGAAAAAAAAGTAAACTCAAATTGACCCTCATATTAGGGCCAGTTCCTAGTGTGAGAAATTGACCTGTACAACTGTTTCAAGATAATAATTGCGATTACGCAAGCCACAAATACTCCATAAGAGATCATTTTAAACATTTTGAATCAATGCACTCTATGGCACCTTTAAAAATCTGGCAATCAAAGTCTAAAGCTGAACTTTAATCCAAATTTGAAAGATATTGAAATTGTATGACTATGATAGTTTAACTCTTAATCCTGGCTCACAAAAAAAACTTGAACTCAAGATTAACATAACAGTGTCATCCGTTAATGTGGATGCCAAAATACACTTACAGTTATCTTTCTAATGCTTACTGTGAACGGCCTTCATAGGTTCTTGTTTCCATGTGGTTTAGCTGGTATAGTTAATTTTTATAATTATGAGTTAATTTTTCTAATTAAAAGTGTAACTTGAGTTGCTTTGCCGATTATGTGTTTTGTAATAAAATGCTGCATGTTTAATTAGAAAAATGCAAAACAGGGGCATTTCTGCTTGTGGTCTCTGACTCATAGACCCTGCTTGAGCACAGCTCAACGCCTGAGGGTTTGATTAATCCTTCGCTCTCACTTACACACTTTAAATCACCTCAACCAGGGAATTACACTCTCAGAGCTGCGTGCATCAGGGGTATATTTGCGTGTGGCTGGGGTGAGAAAAAGGAAGAAATCATCACGAAAATAAAAATGATCAGCACAAATGGGCTCTGACACATTAGACCTGGCCTGCATTAGACTCAAGAGAGGCGGGAGGAGATTTAAAGACAGGAGAAGAGCGTGAGAGAGCAAAGCAAGAGAAATTCGATGAGGCAGCGCTATCTTGCTTTTTAATTGCTTTTATAGCGTGTTTTGGCACCGTTGCCACCATGTTTTAGTCAAATTAGTCTTTCCTGATTAGTCATCTGTGTCTGCCGCTGTAGAAAGTGAGGAGGGAGGGGGAAGAGAAAGAGAAGCTGGAGGAAAGAAGAACGAATCTACAAGAATGGCAGAGGGTACCGGTGACCTTTAGTTTCATTGATTTAATACGCAACTAGTTTTGTGCAGACACCGCTGAGACTTTCATTTTGGCTGTCTAACTTATCATGGGCAAAATATCTAAAATATGGGTTTCAACATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAACGCTTTGCAGTTTTAATGTGGCATATAAGAGGTTGATACACTGTTTAAAAGTTTATGGTCCAAAGGATGGCATTTAGGGCTGGGTCTATGGTCTTGTATATGTTTTTTTACCCTTGTGTGGTTGTCTTAGAATTCAGTACATTATATTTGTTCTAAAGACTCATCTTCACTAAAACTCTAAAATAAAGCAGCAGAATTTCAGATGCATTTTACACAAAGAAACAACCTCATCATTTTCAGCTTTGTTAAGTGTAAAGTGGCTAAAGGGCGAAAGGTTAGCATAGAATGCAGAGTTTCATTAAGTGCATGTGCTGATTTTCACACCAGCAACTCAAACACAGAGGCATCACACAACATGGATACAGGGGAAATAAACAGTGACTGTGTTTACATAACATCAGTAATCAAATTATTTGCCTTAGTCTGAATAAGACAACAATCTGATGAAGGTGTTTACATGAATTTGCTTTTTAAATGTTCCTTTTATGATCTTGTTTTGCTTATTATAGCACATAATTTGATTTACATAATTGCGTCACCATGATATCCACATTTCCAACAAGGTTTCGTGTAATTTCGGGTGTTTCATTTTTAATTTGTTAACTTTAACTGCAGTTTGGCCCTTACACTTTCGTTCAAGAACATTTCATGCATGCCCCCTGTGACAAATAAGATATTGGATGTGAGTATGAGCTGCTGGAAGAGTAGTTTTAATGGAATAGTGTCAGACAGCTGTGTGTGTATAGAATATCCTATCCTGAAAATCCAACACAGCGAAAATCCTACACAACAGTAATAGTTTAATTAAGGTGTTTACATTTGGAGAGTAGCATTAACAGCGGATCTTTCGGTCCATAATATTGTAGTGAAATTACTGTAAACTTGATAACTAAATCATTTTGACTGAGGTATGTCTTTAACAACTGAAAGAGTACTGCTAATAATACTAACTAACTTTGCCATCTGAGTAAACATAAACAAAGCACACTGATCACACACTTACCAAATCCGTAGAGATAGGACAATCAACACAAACTAGAACCGCATCTTTTTTTTAAAAGGAAATGAGTGGCAAAATTTGGATTTCACCATTTCCAGACGCGAAAAGCTCTTGGGTAAAAATTGTTCCTCAGAAAATATTTTTGTTGCGTGTTAGCAGACCACTGAAATCCACACATGTGGGTCCACACGTCAGCTGTGCACTTGTCACGTGGGAATGGAAACAAAACTTTTGTTGCGATACATTTATAAACGCAACACTGATGACCCAAGTCTCCGAACAATTTTTCTTCATCTGCATGTTTGAATTACGGTTGGCAACACAACGTGGCGTCTCTAAACACTGTAACAGGTAAAATTAGTCCTCGAGGCTATATCATGCATATTAATGAAATCGCATCTCGTTCACAATAAAGCGCTCTGATTGGTTCAAACCAAGTTTTTTTTAATGAACAGATGTGCCGTTACGTTACTTAAATTTCTTTTCAAACCGGACGCACAAATTTTCTATAAACAATGTAAAAACAACCAATTTTCACTTTTTAGTGAAATATATAAGTGTCCTAATCATGTCTTAGCAACAGGGGACATGTATATGACTGTCAACATCTAAAAAAATGTGTTTTGGTGTTTCGTGACCCATTAAAGCAGGGGTGTCAAACTCAATTCCTGGAGGGCCGAAGCGCTGCTCAGTTTATTTCCAACCCTGCTCCAACACACTTACCTGTAGGTTTCAAACAAGCCTGAAAGACTCAAGTTTGATCAGGTGTGTTTAATTAGGGTTGGAACTAAACTGTGCAGAGCTGCGGCCCTTTTGGAACTGAGTTTGACACCTGTGCATTAAAGCATCTATGCTCTGCATCACAAATACAACAGTGTGCAAAGTGAGCAATCGAGCAAACAATAATATGTCCCTGTAAATATCATTAGTGTGAAAAGTGACAAGCTATTTCAGTCATGCTAACCCATAGCATTCATTTTACCTATAAATTTCTGTCAAATGTATGTTGAAGTATGTTGGGACACAAAAATGGAGGCTTTACTATGTATTTCCAATGACCCTGGGTTACATTCTGCACATGCATTCAACAATAACATATTCTTTTCACTTTAAGATTCTTAACAATCTGGCATCTTTGAACACAGTACGACAGGTTTTGATTGATTAAGCCATCTCTGCTATAATATTTTAGTGCAGTTTTGGGTCCAGAATATTTGTAACAGCCTTAACACACACTCCTCTACTAGGCTAAAGCTTTTCTCTGCTCTCTTCTCCCAATCCTCTCTCTGCTCTCAGCTTGGCATTAACGTATGTCTCAGTCTAATGGGGTTCCACTCAGGTCACCCAAGCTCACAGGGGAACCACAGACTACCTGAAATGAGCTCCTGAACCAGCACCTGAATACACAAGTGGAGAGATGTACGCTGATGGGAGTGAAGAGCCACACTGACCCCTTGTGTTGGGATGGGGAGGTGTAGTATCTGAAAGAAATGGATGAGGGGGAAGAGAAAAGGCAGGGGGATTTATAATGAAACAGATGTTAGTGAACAGATTCACAAAAAGGCAATGCAACACATCAGCAGCAATAAGCATTTCATCAGCGTATTTGAGGGATTTCACGATGGTGGCACCATCCGCATGAAAGCTGGGATTTGGAGGAAAAAGAAAGAAAGAGAGAGAAGGATTTATGCAGTGATTGACTAAATGAAAGAGTTAGTGATGAAGTGGTTGAGTGACTAAATGAAAGAGTGAGTGAGAGAGTAAATGAAAGAGCGAATGAGCGATGAAATGGTGACTAAATGAAATAGTGGATGAATGAATGAATGAACGAATGAATGAACAAACGAATGATGAAATGGTTGAGTGACTAAATTAAGTGGTTGATCAGTGAGTGAGTGACAAAATGAGTGGATGATTAAGTGAGTGATAAAATGGTTTAACTAAATGAGAGAGTAAATGAAAGAGTGAATGAGCGATGAAATGGTGACTAAATGAAATAGTGGATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAACGAACGAACGAACGAACGAACGAATGAATGATGAACGAATGAATGATCGAATGATGAAATGGTTGAGTGACTAAATGATGTGGTTGATCAGTGAGTGAGTGACTAAATGAGTGGATGATTAAGTGAGTGATAAAATGGTTTAACTAAATGAAAGAGTAAGTGATTATGAAATGGTTGTGTGACTAAATGAAAGGGTGAGTGATTAAACTTAAGTGACTGAATGAACAAGTGAGTGATTAAATGGTTAAGTGACTAAATTTAAGAGTGAGTGATTAAACTGAGTGTGTGACTGACTGAATGAATAAGTGAGTGATGAAATAGTTGAGTGACTAAAATAAAAAGTTTTATTGAGTGATGAAATGGTTGAGTGACTAAATTAAGTAGTGGCTTGGTGAGTGATAAAATGATTGAGTGACTAAATGAAATAGTGCATGAGTGAGTGTGTGATAATGGTTGAGTGAATAAATGAAAGAGTGATAAAATGGTTGAGTTGCTTAATGAAATTGTGGATGAGTGAGTGTGAGATAATGGTTGAGTGAATACATGAAAGTGAGTGAAAAATGGTTGATTGGCTAAATGAAATAGCAGATGAATGAATGAGTGATGAAATGGTTAAGTGACTGAAATGGCAGATCAGTGAGTAAATAATGGTTGAGTGACTAAATGAGTGGATGATTGAATGAGTGATAAAATG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Seq C2 exon
ATACCAGCCTGACGGTCAGTGCACCGACCTGAGGAAGTTCATCGACGGCCCGAGTCATTACCTCACTCTTCCTCCAGAACTCAAGACTGCCGTGGAGGCCATCACTTACATCGCAGAGCAGCTCCAGGCCGAGAAAGATTATGAGGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069660:ENSDART00000101528:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0293211=Neur_chan_memb=FE(24.5=100)
A:
NA
C2:
PF0293211=Neur_chan_memb=FE(20.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]