DreINT0046777 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000008674 | chrnb2a
Description
cholinergic receptor, nicotinic, beta 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-169]
Coordinates
chr1:21856220-21865051:-
Coord C1 exon
chr1:21864091-21865051
Coord A exon
chr1:21856367-21864090
Coord C2 exon
chr1:21856220-21856366
Length
7724 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTGAGA
5' ss Score
4.74
3' ss Seq
CACTTGTATGCGTCCTGCAGATC
3' ss Score
7.55
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCAGATGGTGTGTATGAAGTATCATTTTACTGCAATGCAGTCGTCTCCAACACTGGTGACATTTTCTGGCTCCCTCCTGCCATCTACAAGAGCGCCTGTGCCATTGAAGTCCGCAACTTCCCTTTTGATCAACAGAACTGCACACTTAAATTCCGCTCTTGGACCTACGACCGCACAGAACTAGACCTCTACTTGACATCTGATTTTGCCAGTCGTGATGACTACACCCCTAGCGGAGAATGGGATATTGTGTCTCTCCCTGGCCGAAGAAATGAAGACCTCAGCGATCCCACTTACCTGGACGTCACGTACGACTTTGTCATCAAACGCAAGCCTCTCTTTTACACTATCAACCTCATCATTCCTTGCGTCCTCATCACGTCTCTTGCCATCCTGGTTTTCTACCTTCCTTCAGACTGCGGGGAGAAGATGACGCTGTGTATTTCGGTTCTTCTGGCTCTTACTGTGTTTCTGCTCCTGATCTCGAAGATCGTTCCTCCAACATCACTGGCCGTTCCATTAATAGGAAAATATCTGATGTTCACGATGGTGCTGGTCACGTTTTCTATCGTGACGAGTGTGTGTGTGCTCAACGTCCACCATCGTTCTCCATCCACTCATCGTATGCCAGAGTGGGTCAAGCGTGTGTTCCTGCATAAGCTTCCCTTTTTTCTTTTAATGCGCCGACCGGGAAGGTCTAATGTACGGGAGAGATTCAGACGGAAGCACCAGCGGAAATCCTTCTCCTCGGATACCAAGGGCTTGAGATTGGATGGAGACTCTTACTTCTTAAGTGATGACCCGGGGCGAGTGTGTGGTGCTTGGAGGGTCGGTGACCTTCCTGAGGGGTCAGAGTTCAGGCAGAGGGTGAAAGTCAGGCACGATCCAGACGTGGATGAGGCCATTGAAGGCGTGAGGTTCATTGCGGAACATATGAAGATCGAAGACGACGATGAAGGG
Seq A exon
GTGAGAAGGGTTTTTTTTATTGATTGACTTGATGGATTAGACAAGTTTTAGTAGATGAGTTTTATCAGACAACACAGCCTGTGTAATACAATTCTCGAATGAATAAGGAGTCAGCCAGTTAGCGTTTTAAAAAACATGTCGTTTTAAAAAACATGCAGCATTACTGATGTAGTATGGTTCTTGAATTAATTAATCTGGGGTTCGGCTATTTTGAGGGAAGCAGAAAGCAAGCAATACAAGCAGCTTTCTCTGATTTTCGAGCTAATGAATAAGCTATATATTTATACTAGTTCTCTTAGTAGTACTCTTTGGTTGGCCATCTGTTTGTTTCTAAGGAGTCTCCAGTTTCCGTTACTGCATACTAGTTCAGTAAAAAGAAAGAAAGAAGAAATGCCTGCATGTGTTTATTGTTTTTCCTTATTGTAAACACAACACTAATCTGGTAAAGTTTGAGCTGCTTTTGCTTTTTTTTGGGGTTAATTATTGCGATATCTCGATTGCAACAAAGAAATACTGGGGGATATCTCTGTAGACTGATGGCATCTCATGCTGTTCAGCCTTATAATCCTAAAATGTCATGACTTTAGATATTACGCTAGAGAAGCATTTAAATACTAGCTCTAAAGCGAGGTAGCAATGGTTTCTGCTGTTCTGATGTCAGCTGCAGATTTGAAGAAATGGTAGAAGAAAGTAGTCTCTCATACAAAAGGGTTTTTAGACTCTTCGTGTATGATATTCTTTTTTATGTACACAATTATGATATCAAACTGTTGCATAATTGCAATATTACACTGGTAGCAATATAGCTGTATGTCGTCACTGGTGGTGGGACATCAAGGCACTCGATCACGCCTCCTACCAGTGCCGATATACAGCCATATCGCACTGCTACTCGTGTGATATTGCTTATATACATTTTAAGTCAAAATTATTAGTTTAGAAATAAAACAAATAATTTTTATTATTTGTTTTATTTAGGCTAGAATAAAAGCAGCTTTTAAATTTTTAAAATTATGGTCAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATATATATATTGTCAATAGTCTAAAGAACAAACCATCCATATGTCTAATTACCCTAACCTGTCTAGTTAATCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCATTTTAAGCTGTATGGAAATGTCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATTAGAGAGGAGTTATTACAACTATTATGTTTAGAAATGTCCTGAAGAAATCTCTATGTTAAACTGAAATTGAAGAAAAAAATAAACAGGGGGCTAATAATTTAGGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAAGTGTATATATATGGATTTTTTCAATTTTTTTATTTATCTGTTATTCATGTTTTTTATTCATTTATTTTTTTCCTGTTTATTTATATTACTTTTACCTTTACATTACATTTATATTTAGAATTGCATTATGGTACGTCTTCCAACAATCTTTAGCCTTGAAAAGTTAAAAGAAGTGGGTTTTGTTAATATTTTTTAATCATACAGTATATTGTCTTGGTTGGTGTTTTAAATATTTATGGTACAAAAACCTTGTAATTAACTGCCAGTACATTTTTCTGTTATTTTACAGACTTTATTCATTTATTCAGCCTTCATTCATTCATTCATTCATTCATCCATTCATTCATTTTCTTTTCGGCTTAGTCCTTTTATTAATCTGGGGTCGCCACAGCGGAATAAACCGCCAACTTATCCAGCACATTTTTACGCAACGGATGCCCTTCCAGGTGGAACTCATCACTGGGAAACAATTAAAATATTTTGTAATCAAATTAATTTCTGGGGTGGCACGGTGGCAAGGTGGGTAGCGCTGTTACCTCACAGCAAAAAGGTCACCGCTTCAAGCCTCGGCTGGATCTGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCTTGTGTTAGTGTGGGTTTCCTCTGGGTGCTCCGCTTTCCCCCACAAGTCGAAAGAAATGCGATATAGGTGAAATGAGTAAGCTTAAATTGTCTTTAGTGTATGTGTTTTAATAAAGGTGTATGAATGTTTCCCAGTGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCACTGCATTAAACATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCACTGTGGTGACCCCAGATTAATAATCTTGCCCTATACAGACTTTTTTCTATTTCTATTTTTTGTTATATATGATATTTTTTCAAAATACTAAAATGACTGTAAAAGTCACAACTGTAGAGTTGAATTTTCAAAACAAAAGTCGACAGAGTGAGAGAAATCAAGGTCTCATAATGCAATTTACAACCTTAAAAAAATGGAAAACACTTGTGGATCACAAACTACGTAATCTCATGAACAAATCAGATATATGTTCCTTCAGTGAAATGAAAAAAAAAACAACAACATGTGATGTCTATAGAATTACATTTGGTTTCAGAACTTACATTTTACACTTTTACAGTGTAGTATGATTTTTCAACTTATAACTAGTGTAATTTAATTCTTAAGTAAATTATTATGTTTTTATTTTTTTTTACAGTGAATCAAAAACCTCCTGATCAATTAGTGTTTTTCAGGTCTACTAAAAGCTACAGGAGCTGGTTCATTATAGTGAATCAAAAAATATTAAAAGTAACCACAAGAATATAAATGACTTAAATGTGCAGTAGGTGATTTGCCACAATGCTAGCCTGTTAGCATAAATCCCTGAAACACCATCCCTCCCCTGCTGTCTAAAGCCACGCCTCCTGAAAACATGAGCGTGCACACCATAAAGATGACAGCACCCTCTCTTAAGTGTTGAGCTAAAGCTTGGCCGGTGGCGTGCAGGAATTACACTCATTATTACACTATTTTCTAAGTCATTTACATGCTATTTCTGACCAAATATTCAGAGTAGCGGTAAACGATATAGGAAGTGTGTCACAGGTTGTCATTGTTCAAAAATGACCCAATGTGATTATAAAACCAATTTTAACTCAGTAAAGCACACTAGGCGGAATAGCATTTACTGATGTTTTGTTGTCAAACTAAATAAAATCTACATTATCGATGTTGTAAAAGGCCCTTATCAAACTGAAAATAGTCACATCAATCTTTCACCGGGAGATTTTAGTGGCTGAACAACACTTCAGTGCATATAACCCATTCAAAACAACACAATCTACATCAGCTCTGCGTCACAAAAATAGTTTTAAAACACATCATTACCTGTCTAAGAGAAATACTTTAGCCATGGTGTCGTTCGTCCTCCAGCATGCAAAAGTAACTCCAATATGGATTCAGGATTTTAAAAAAGTACGGCAGAGCTGCGTACAAACAGGTGCGCAGTAGCTCAAATCTGCATTTGCTGACAGACAGTTTGGGCTACTTATCAGAATTATGGGAGATGTCGGCCCGACACTATTTTAATTGGATGAACATTTTTTTGTCTTATGCCTTACCCAGAATATTAAAATACATAAAGATACATTTAGATCATTTACTTTAATCATCACTATGTGAATGTGAAGAGACTTTCAATCAGCACAACAAAAACTGCTTCTGAAGACAATCACATACTACACCTTTAAATAATAACCCTTATGAGCCAGTCATTTTTAAGTAAACTAAAAATATAAAATGCTGCACAAGTGATATAGCTTTCAGACTAAAGGAGTTTAGAAGCCCAGACTGTCAGGGTTGGTGAGGGGAAATGGGGAAAAAGGAGCGAGGACTCAAGTGCAGGAAAAATGGGAATTTATTAAATAACTCCCCCGAGGGGGAAAACATTAACAAAACAAATGCATACACATACAAACAGGACTGGGCAGGCTGGCAAGGATGAGGACTGGAAACACGACAGGACAAGACTTCAAACAACAACATGTGATGACGAACTGGCACAGGACAGCAAATGTTAGGGGTATATAAACTGTAGAAAATTAACACACAAACAGGTGAACACAATTAACTAATAATGGGTTAACAAGGAGGGTGGGACAAGACAATAGACGGGAGAGCGCATGACACAGAGAGACAACACAAGCCATGCGCTCACTTAACAGGACAAGAACATGCAGCCAATGAGAGAACTAATTAACCGCATGTTCATGACAACAAACACAACACTGAAGCACACGACAAAAGCACGTGACCACAATGTAAACACCGAGCCACGTGCTTTGAAAAGAGACGCAAGACACGAGCACACGATAGATAAACACCTTACAGTGCGCTCACACATAAGCAACACGCATGCTTCATCTCAGCGCCAACCAAAACTGAAACCAACTAGACGGAGGCGCCGAGAATAAAGCAGTGCGCTGCTGACAGAACAAACACAAACACTAGTACAAGAGCGCCTGAGGGACGCAGAGCGTGCGCGGCCACATCAAGCGGCAGTGCGCACACTCTGCGTACACCCACGACGGTGCGCGCTCACACAGAGACAGAAACAGGACCAGACATGAGTAGTGTCAGAGCTCTGCCACCAAAACAAGAATTTACAAGACCAAAGTGGCAGAACCCTGACACCAGACAACTTAATGTGTAAAAAATAAATAAAAAATGTAGCACATCTAGTGTAATCCAATTCTAAAATGAATGTCACACCGAAGCTTTTTTCTTTATAATGAATTCAAAAATAATGAACACAAATCAGCGCAGTCCAATTGGGTCATTTTACCCATATTCCTTTGGTTTATTCCCTGATTTAATATGGGTTGCCACAGCATAAAGAGCCTCCAATTACACTGCCACATGTTTTACTGACAGATGCCCTTCCTGCCACAACCCAGCCCCCAAAAATGATTAGATTTAGTTTATCCAATTCACCTATACCGCATGTCTTTGGACTGTGGAGGAAACCAGAGCACCCGGAGGTAGTCTCACATAGCTAGACCTCGCATAGACAGTCTGACAGCTGAAGGTCTGGGAGTTTTGGACGCTTTTGGTCAAGGACCACCCACTATGTTATAATACAGTCAGGTTAACCAATCAATAACTTTTTGTTATGTGCCGTGCCCTGTTTGACGATGTGGACATGCCCTCAGAATAACAGCCCAACATGTAATAACAGTGCATATCCTTGTAATAATTCAGCATTCAAGTTTAATAAATAAATGCTCATTGTAGCAAAGTTATCCCCACAATAACAGACGGGTGTGCAGGCAGTAAATCACTGGTTCATAAATGTCTAAGAAAGTTATACATTTATCAATGAGCATGTATCAATACAAACATCACAGCTTTTTTTATCCGCTCTGACTTGGCTGAATAAGAGTGCTGAACACTTGAATCCTGAAAATCCTGTATATATAAAACCAATCTTTGGATGATTAAGGATCTGTTTCCAGAAAAGTGTGCCTTATGAATCAGACATTTAGTCAAAGGTCCACGGGCTGTGTTTGGTGTGAAGTCTGAGACTGAAACTAACCCACAGAAGACCCACACAAGGAAATGTGAAAATTCCAAACATAAAGGCCTCTTGGCTTAGCCTGGAATCAAATTAGCAACCTTTTTGCTGTAAAGCAACAGTACTACCCACTGAGCAAACGTGTCATCCTTTAAGGAATCAGTTATGGAATTAAAAAATAACTTGAAAAAACATGTTGTATAATTTGTAAACTAGAGAACTTTTTAGAAGGCGAAGCAGTGGCACAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTTGCTGGGTCGCTGGTTCGAGCCTCGGCTCAGTTGGTGTTTCTCTGTGGAGTTTCTCTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACACGTGGTACAGGAGAATTGGGTGGGCCAAATTGTCCGTAGTGTATCAGTGTGTGTATGTGTGTGTGAATGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCAGCTGGAAGTGCATCCGCTGCATAAAAACTTGCTAGATAAGTTCATTCCACTGTGGCGTCCCTGGATTAATAAAGGGACTAAGCCGACAAGAAAACGAATGAATTAATGAACTTTTTAGAGCTAAGACATTTCAGTCAATTAAAAAATGTTCATCACTTCAACAAATATAGTTTGGTTTTTGAACAAATGACTCTTATGAGTCAAATCCTTGCAGTGAATCAAAAAGCACACAGCACAACCAGTGAAGTTTCTCCGGCAAATTACTTAAAAGAGCTTTTCTTAATGACTGAATAAAAAAACAACAGATTAACCAGTGTAGCATGATTTTTGATCAAATTACTCTGACAAGTGAATACAGCACAACCAGTATATCCAGTTCTCCAAGTATTGACTCATCTTCTAATAACTAACTACTGTATAAGGTTTAGTTCAACCAATTGAATACTGATTTGTTGGTGTAGTTAAAGATGCAAGTAATTTTTATCTGTATACTTAACTAGAAATAGCAAATAGCAGGAAATTGTAGGGCTAATTTAATGGTCTATGCGCAAAGTCTAAGGGCCCTATCATACACCTGGCGCAATAAGGCGCAAGACGTTGTGTATGGTGTGATTTGTTGCTATTTCCAGACTAGCGCAACCCTGATTTTCTCGTTTTGAGCTGCTTTGTGTACTCATAGGTGTCCCAGTCTAAAAAGGAGGTGTGTTAAGGCGCATTGTTAGTGTGTTGCTATTTTGAGAAACTGAAATAGACTGCGCCATTGACCAAATGAAAGCTGGCCTAAAGTCCAGGAAAAAACTATTAGCTATGCATCAACACAGGTCCAGGATGTACAGCAAAAAATGATTAGATTAAAATGTCACAAAAAATATTCTTTTTTATAGAAAAAAAAAAAAATTACCTCCATGCCTTTTCCATGTCGGGTTTTTTTTTCAGTTTATTCATGACAATTTGCATTTTGCAGCATTATTATTTATTATATAAATATTATGTAAATAAAAAAGTCAAATATAAATATAACTACTCATATTTAGATTTATTTACTATATATATATATATATATATACATGCACTGCGCAGTAGGCAGTGCTGTCACCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTTGTTTGAGCCTCCACTGGGTCTGTTGCCACTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCATTCACAAGGGTTACCACTGGGTGGTCCGGTTTAAGTAGGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGTGAATGGGTATGTATGGATGTTTCCCAGAGATGGGGTACAGCTGGTAGGGCATCCGCTGTGTAAAATGTGTGCTAGATAAGTTGGCGATTCATTCCACTGTGGCGACCCCAGGTAAATAAAGGGACTACGCCGAAAAGAAAATGAATCAATAAAGAAAGTTATACGATACCCTTCCAGCTGCAACCCAGTACTGGGAAACACCCATACACATTCACATTTACACACACTCTTATACACTACTGGCAATATAGTTACCTATTATTTACTTATACCCCCTATGTCTTTAGACTGTGGTTGAAATGAGTAATTTTACTTTTTTACTTTTGTACATTTTTGAGGCCGTACTTCTTTACTTTAACTTAAGTACAAATGTGTAGTCAGTACTTAGTCGTTTTAAACATGAGTATCTGTAATTCTACTTAAGTGAAGGATGTGTGTACTTTTGCCATCTCTGGCTAAAACACCATCAGAATTTTGCTGAAGCTCAAGCTTTAAGCCCACATCTGATTCCCTCATGACTGCATATATACAGTATTAATTAAAGCATTTTCCACTTGTATGCGTCCTGCAG
Seq C2 exon
ATCATTGAGGACTGGAAGTATGTGGCCATGGTGATCGATCGACTCTTCCTGTGGATTTTTATCCTGGTGTGTGTCGTCGGCACACTCGGACTATTTGTTCAGCCGCTCTTTCAAAGCTACAACACCCCCGTCGCAGAGGAAGAGTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000008674:ENSDART00000142524:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.003 A=NA C2=0.015
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0293118=Neur_chan_LBD=PD(54.4=34.9),PF103294=DUF2417=WD(100=45.8),PF0293211=Neur_chan_memb=PU(85.9=62.6),PF109533=DUF2754=PU(10.0=1.6)
A:
NA
C2:
PF0293211=Neur_chan_memb=PD(13.7=64.0),PF109533=DUF2754=PD(88.0=88.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]