DreINT0047179 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010280 | clasp1a
Description
cytoplasmic linker associated protein 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-520]
Coordinates
chr9:38441559-38446146:+
Coord C1 exon
chr9:38441559-38441666
Coord A exon
chr9:38441667-38445981
Coord C2 exon
chr9:38445982-38446146
Length
4315 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGCGTAAGT
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
CTTTTCATTCCCTCTTGCAGCCG
3' ss Score
11.42
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCGTGTTCGGACCAGAAGGCAGAGCTCAGGGAGTGCGGTAAGCGCCAACAGCACTGTGACAGACAGCCGTGGCCGAAGCAGAGCTAAAGTCGTGTCTCAGTCCCAGC
Seq A exon
GTAAGTGTCTGTGTAGGGCTTTGATGACATCCGTTAATGTTACATCCAGTGAAAGATTTCAGCTGTATGCTTTCTTTATTTTCCCCCTGAGCTAAAACATGGTATAGTTTATAAACTACCATGGTTATACTTATAAATATTTTTATGTTTTATACAGTGTTAATATTAGTTGTTAACATTTGCAACCATTATTAGATGGCTCTCTGAAATCATTTTTATTCTGGTTACTTTCATAACAATCTACTGTCATGAAGATTATTTTTATATAACAAAAATGTATATTTAAATTTCTGTATGAACCAGAAAACCAATACAACTATGCTAGTTTCACGTCTCTCATATCACTCTATCAGTTCATCAAATAACCCTGATCAATTGTTTTATATGTTGCATTAAAATAATAATTAAGCTTGCAAACTTTTTAATTGCGATAACATGGGTGGATGAGTGGGTAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGACAGTTGGATGGGTGGGTGGGTAGATGGATGCATATAGAGATGGATAGATAGGTAGATAGATAGATGGATGGATGGATGGATATAGAGTTGGATGGATATAGGGAGGGATGGATGGATGGTTATAGAGATGGATGGATGGTTATAAAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATCAAGATGGATGGATGGTTATACAGATGGATGGATTGCTATAGAAATGGATGAATAAGGAGATGGATGGATGGATGGATGGATACACTAGTTAAGCCTGGTTTATACTTCTGCGTCAAGTGACCGGCGTAACTCACGGCGCAGGCAACGCACACAGCTGTGCATTTATACTTCTGCGCGCTGTCGCTGTTGGTCTGCATTAACACTTCCGAAACACTAGTTGGCAGTGAGGTGTAAATGTTCCTCTGTGTCGAGTTTCTTCGCTTCTGTTTTGCGTTTCCTGAACACTTCTTGGTTGTATAAGTGACTCAAACTCGCTCATTTTGTGGCAGGAACCGGCGGACGTGCAACAACTTTAACTATGAGGTAAACACAAAAGAAAACTTTCCATCAGGAGCTCCTTGACGGCACTCCACACTTGTAAACAATCGCTCGCGCCATTCGCGCGGCTCTCGGTCCCGCCCAGACTCGTCAGCGCTACCAAGCCGACCAATCACAGAGCTTGCGCTACCCATTGTTGCGACGTGTAGTTACATTTTTTGAGAGGTGCACGTCAGCGACGCCGACGGCCACGGCGAAGGGCTATGCGTCAGCGTCGTAGCATACGCCGGCGTTTGACGCAGAAGTATAAATCAGCCTTTAGATGGATATAGCTTGAGATGAATGGGTGTAGATCTAGATAGATTGATGGATATAAATCTAGATAGATGCATATACAGTAGATATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGGTTGACAAAGTAATGAAAACATATGTATTTGTTACTTTAACTTATTAGGTTATTCAGGTTTCAACCAAATTTAAGTTAGACATTTTTTGGTCACTTTGATTATTGAGAGAGTGGGTAATTTGATTATCTATTCAATTCAAAATATTGCCTAATTTGTATCTAAATAAATGTGGGTGATAAATTGCACAATAATAGGCTGCCAATTACTTTCATACATTAACCTCAAATACATTTGTTTGGCACTACTGTCATCTTTCTTTTTTTTCTGTTGACTTCACATTTAATGTTTTCACAACCCAGTTGGCATCCTGCTGAACATGGAGTTTATTCCAAAATGACATGCACTTGTTGGCATTAAATGTGTAGATTTAAGTTGCTAGAGCACGATTAAACAACATCTTGCCTGATGCATGCTGAGTAACCATGCGTCACATCAAGCGTCTTTTGTAACTGGCTACTTTTCACCTGTCCGTTGCCTCGCCTCCATACACAAGGATCCAGATCAGCTAACACAACTAGTGGTAAGATCTCCTGTTCATCAGAATAAAGCTGCTTTAATACCTTCCAGATGAACCCTGCATGAGTCACATCTCTACCATCATGTTGCATGTCCTGTTCTAGATTAATCATAGCTTTTTTGTTTCAAATAGAGGTCAGGAGTTATGATAGATTATTTTATTTTTGCTTTGATGTCTGTCTGCGTATGTTTATAGATGTGTCGCTTGTATTATGCAACCTTACTGTGAATGTGAAGATTAGTCTGTTTTCCCTGCAGCTCAAAAAGACCTTGGATCCAAGTTTACCGTGTCTGTCTGCTTCTGTCTGTATTTCATTAGAGAGTTTAGCTCTCTTCTTCATACATTTTACATATACATGTTTCATTGATTTTGATCCTCTAAACTTAACTTTACAAATAGGTCGTTTGAATAAAGGAGGGCTTGTAGCAAACAAAGAAATATATAAGTTTTACTTCTTGCACTATTGTGGGATTTATTTTGATTAGTTCATATTTTAAGCATTTTATTAATATTTAATAACATTTAATTAATGTTTTTTTTCTATTTTATGTTATTTTCTTGGCTTAAAAGGACTGAAAGTAAAAATCTGTTCTCAAATTTATAATAAAAAAAAGTTATTCATAAAATATGTTAATTTACATTTTTTTTAAAAGTCTGGTTAGGACACTGACTTAAAAATACAATAATATGCTAATGTTATTTATTTATTTATTCATTCATTTATTTATTTTTGTTGTTCATTTATTTTTTGTCATAATTTAAAAGGGATAGTTCACCCAAAACTGAAAATTACCTCACCTATTTACTTTTCCTCGTGTGGTTTTAAGTATTTATGAGCCTTTAAAAATGGGATATTTTTAAAAATGCTGATTAATTGCACCCACTGACTTCCTTGGTATAAAAAATATCACCATGGAAGTCAATGGACAAAAGCGTCAACCATCCTTCTTCAAAATATATATATTTTTTGTGGGTTAAAAAGAAGAAAGAAACTCAAATAGGCGTTGAACAAGGGAGGAAAGGTTGATTGAATGATTGACAGCAAGGGCATGGCATTGGAATGGACTGATATCAATATCCACCAATTGCTAATATCCACCAATCGCCACCAATAATTTAATCACCTTCAATGTAAAATAATCCTCCATTAACCCTTAGTAAACCTGGATGTGAAGAAAGGTTTCAATTATGTTCCCTTCTTGGGTCCTCCCTCCCCCAAAAAACATAGGGACAGTGTGATTACAGTGTAATAGCAACCTGCACATATATTCATATATTGTCAATCTGTTCATAGCTTATCCAACCTGTATATAATGTTCATAGTACATCCATCTGTAAATATCACCATAGTTTTCTATAACTGCACTTTATAACTTATTCCTGTATCCTGCACTTGCTGCTATTGCACTGCTGGTTAGACCTAAACTGCATTTCGTTGCATTGTACTTGTACATGTGTAATGACAATAAAGTTTAATCTAATCTAATCTAAATTGGCTGGGCCTTTTTCTGCTGTCAAGTGACTGACAGCTGTAGTTATGTTTGGATGTATTTCAAAAAAAAGTGTAAGTCGCTTAAAGTCAAGTGTGCTGGTAGTCCACTATAGTAATATTAACCAAGGCTATGCAATTAATCGAAATTCAGATTAGATTTGGACTAAATGATTATGAAAAACAATAGTATAAAATAGTTAATTTGTGTCACATGCCTCTTTAAATTTCCCTAAATTCACACCTTTTTAAAGCCTGATTGCAGTAAAATCATGTAAATTGACTTTTGCAGCATGGGGCATGCTTCATTAATTGTTATGTGTATTATAAGGCGCTTAAAGTCTTTATTTGTTGCAAAATATAGTGCGAAAAATAATTTGTGCTGTATGTCCCCACTAATGTCAAGAGCAAATATACACGCTTGGATGACAAAGATTTCATTTTTGGGTGAACTATCACTTTAAATTTTGTATAAAAGTTATACCATTAAGATTATAAATAGACTTTTCACTTTCTTTCTTTTTTTCAAGTCATTACTTTTGTAACATTATTAATGTAATTTTTATCTGTTATAAAGTTTAGCTATCTAGGCAATGGTAAATTCATCAAATAATGGAAAAGAACATTGTAACTATCATGTTCACATATGTGCAGTTAAGTATTTAAGAGGTTGATTCCAGTGCCTAAAACAACCCTTTTTTTATGATCTTTTCATTTTGTTATGCTTTATTTCACATTTAAAACAGCGAGCAGAGCAGCCAGTGGCAATTGGAAGATAATCCCCCACCATATTACTCACAGCAGCCTTGCTTTTCATTCCCTCTTGCAG
Seq C2 exon
CCGGCAGCCGATCCAGTTCACCAGGGAAGCTTTTGGGACATGCGTATGGCAGAATTCCTAGAGCCACTGCGCCAACAACTCCCTCAGACAAGTACTCCAGAATCCCACGAAGCCAGGGATGCAGCCGTGAGACCAGCCCCAATAGACTGGGCATAGGTAGGGGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010280:ENSDART00000137955:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]