DreINT0047550 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000070584 | clic5b
Description
chloride intracellular channel 5b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2542]
Coordinates
chr20:44063947-44067071:+
Coord C1 exon
chr20:44063947-44064053
Coord A exon
chr20:44064054-44066889
Coord C2 exon
chr20:44066890-44067071
Length
2836 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGC
5' ss Score
9.55
3' ss Seq
ATGTGATGATGTTTTGTTAGCTC
3' ss Score
2.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACCCCAAACTTGCAGCCAGGCACAGGGAGTCAAACGCAGCAGGGAATGACATATTTGCAAAGTTCTCGGCTTTCATAAAAAACACGAAGCCAGATGCGAATGAAG
Seq A exon
GTATGCATGTCAAACTGGATCGAACTGATCGAATGAAGGAATGAGTAGATAGATGCACTCAAAAATGATTTCTGCTGCTTGCAAATGAGCTGAAACAACAAAATTCATGATATGATTTTTAATCCACTTAAACTTAATTTAAAGCCTAAGTTTTAACCTAATCTATTTGTGTTGGGACAAAATGAAGGAATTTTGTGAAACCCAGCAGTGTACACTGTAAAATAGCTGGGTTCCAAACAATCGATTTGTGTTGGGACAACAAGAAGGGACTAAGTTAACTTAATAGTTTTGCAAGTTTAAGAGGATTTAAATATAACTTTGATCTTTTGGAGCATACTGAACCAAAAATATATACACAGCCCACCCAAAAAACTCAAGAATTGTGTTATTTCAGCTCAATAAGTAGTTTGATCAAACAGCAGATGTCGTCTTTTGAGTGAACAGTGTAATTTTTTGGTGTCAGTATGCTCCAAAAGGTCAAAGTTATATTTAGTCATGTACATTTCCTACATACAGCATATAAGCATTTATGTTTTAGTTTACCATATTACCAGAGTATATACAGGAATTAGAGAGTGAAATCCAATACCTTTTAAGACCTTTTTAAGACTCTTTCCATACATTTTAAGACTTTATAACGACTTAAGGTTTCAAACAGAAACACTGATGAGATTTTAACTTACAGTATATTTATTAATTATTAAATTAAGGAACAAATTTAAAACTTAAACATTATGCATATACTGAGAAACAAATCTATTAAATCTAGCTAATTATGCAGGTTGGCACCTATAGAATACATAGACTTTACTTGGGTGGGCCGCCCAGGTATATTAACAGCCCTAAACATCCGCAATTGATTAAAAAGTGGAAAATATTCTCTCGTTTACCCGTTTCATTCTGTGCCCGCAAAACCGGTCAACAATTGTGCAGACAGTTTTACGTGCTCTTCACATACGGAGACGCAAATTTTTGGGACTTACCAAATTCGTCCGGGCCAGGTTTCTAAATCTCCAAAATGTCCAGAATTTACCTTTTGCTTTCGCTTTCTAAAGCTCTTTGCGTTACTTTTTTATCAAAGACTACTTTCTGCCAGTTTTACAGCTAAACGTACATGCACAGCCGAGATAACGGGAGAAAAAGTAAATAATAGATTTATTAGTCTAAATCTAAAAAAAACTTTACTAAATACTCAGAGAGGACGGAATGACTGGTCTACACTGGCTGCAAAATATATGTACACCATTAGTAATGGTTAATCAACTCATTTGCCTTATTTAAAAAAAATAATCTACCTGTTTTAAAATTGCAATTTTTTTTATTTTTAGAGCTATTTTAGAGCTGTTTTGGCTGTTGAATAGAATTGAAGGATATTTTATATTTCAGTCTTTTTTAACAGTCTTTTTTTACTTTAACTCATTGAAAAGAAACTGTGAAATTATGTTTTGTTTGTCGCATAAAGTAAACTTTTTATGTGATGTGGGTAAATGCCGTGTTTCAATCCGGCTACCATTGCAAATATATTTCAAACCTGTGGGAAGCACTGGACGATATTAAAATATAGTTTTGTTGGTGCAGTTTTTTAACAATAAGGAATGAAACCTGACAGAGACATTAAAAGAATAATTACAAGTAATAAAATAAATAAACAAATACAAGTAATCTTTAATACAAAATGTGACTTAATAATACATTTATTATTTTCCAAAAACTATTTATTTATTGTTTAATAAATTCATGTTTAGAAATATTTAATTATAAAAACAATTATGTCAACACCTTTAAATATTGATTTATTTATACAGTATTCAGTAATAATGTCTAATATTGAGTGCATCCAATATTAAGTTTAATTAATATTTCATAATAAGGATATTAAACAAAATTCATATAAATCACCAACGTATATCACAAATGTTTCCATATATTGTACTTACACCATAGTAGGGCTGGGTGATATGGCAAAAATGCAATCATGAAAATGATCTTCTATACTGATAGATAATGATATACAGTTGAAGTGAGAATTATTAGCCCCCCTTTGAATTTTTTTTCTTTTTTAAATATTTACCAAATGATTTTAACAGAGCGAGGAAATTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTCGTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATGAAGGCAGTTTAAAAAATTTTAAACACTATTTTAAGGTCAAAATTATTAGACTAAATTATAGACTTCAACTGTATATTTCGATATCAGTTGTTAATGCTTTCAGATTTAAGAGTACTCCAACAACAACTGAAGCCACAAGAATTAGAGAGCTTATTAAATGGCATAACATATTTTCCCCCAATTATATTTCAGTGGCCTCTAAAATCGACACACTTTTCGATTCACATGGTTGTACATTTCTGCTGAGAGACTGGCTTTTAGATCATTAGAGTAAAAAGTGCATTGCTTATCATTGTTATTGACATACATTGACATCGCGATTTGATATAATATCGTTTATCGGCACAAACGTTTATCATTTAACTTTTAAATAACGCTGATTTTGCTTGTTTTGGGAATGCTCATTTGTTCTTTATTTGTTTATTTTGTTATACAGTCATTCACTTATTTAGTGTTTATTGATTTCATTTTTAAATTGTGTGATATCACAATATAATATTTGATATTGTGTAACGTTTAATATATGATGTAGATTTTTCCCTAAAATCAACATATAAATTAATCAAGTGACAAAAAATGACACATACTCAACACTAGTTTTTGAACACAGATTCTACACCACATACTCAACACCAGTTATTAAAAATCGATGTGATGATGTTTTGTTAG
Seq C2 exon
CTCTGGAGAAGGGTTTGACAAAGGCACTCAAGAAGCTGGATGAGTACCTGAACAGTCCTTTGCCTGATGAGGTTGATGCCGACAGCATGGAGGAGGAAAAGGCCTCCAACCGCAGGTTCCTGGACGGGAACGATCTGACTCTGGCAGACTGTAACCTGCTGCCAAAACTCCACATTGTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000070584:ENSDART00000037379:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.108 A=NA C2=0.262
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134171=GST_N_3=PD(0.1=0.0),PF134101=GST_C_2=FE(27.3=100)
A:
NA
C2:
PF134101=GST_C_2=FE(45.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]