DreINT0058316 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062630 | dnah9l
Description
dynein, axonemal, heavy polypeptide 9 like [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050506-1]
Coordinates
chr6:10413042-10416259:-
Coord C1 exon
chr6:10416127-10416259
Coord A exon
chr6:10413170-10416126
Coord C2 exon
chr6:10413042-10413169
Length
2957 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGTGT
5' ss Score
4.84
3' ss Seq
CTTTTTTTGTTGGTGCTTAGGTC
3' ss Score
9.59
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTTGAAGACGCTTCATAAGACCTACTCTAACATGAAACTGAAACCTATCTGGACTGACATCAACCCTAAAGCTGTCACCACTGATGAGCTGTTTGGCTTTCTCCACCCAGCCACACGGGAGTGGAAAGATG
Seq A exon
GTGTGTGTGTATGTGGGTGTTTATGTGCAGTCTCTTAGTTTAAGGATCATCTCTGTAGACAGCTGTCTGCTGGGCTGTGATTGTGTTTATATGTGATTGTTTTACTTCACTTTTAAAGGTGCCATTGACACAATATGTTAAGTTGTTCTCTGGTATCTACATAGCATGTGGCTTAGGAATGCTCAAAAATTTTCCAGAAATGGTTTTATATGCTAATTCATATCCAATAGAATTATTCCTAGAATGAAAAGCTCAGTTTTGACCATATTTGGAATGGTCATGAATATTAATTAGCTCTGCTTTGATGTTCTGCAGTTCATATCAGTTCCTAAAGCAATCTCTTTCACATACACACACACAAACACACACATAAACACAAACACAGATTGATGTACTGTGAAATAACCATGCAAAATAACCATACATCAGTTTTCCAAACTATTTTAACAAATTAAGTAGATTCCTTTTTTGAAAATCTTTTCAACGGAAGTGTAGAAAGGTTTATTTTTACTTGTTTACTTTAGCTTAGTTTATTTCCAATTTCTATGGGCTAGAAAGTTCTCCAGCCTCTCAGTCATGTTGTGGATAAAATATAGGATACATTACATTAAACTATAATAAATTACAGCTGAGTTTATTAGCATCATTTTACTCCAGGAAAATGTAAGAGCTGAGAGACATGAGATGATACAGTTGAAGTCAGACCCCCCCCCCTTATATTTTCCCCAATTTCTGTTAAATGTAGAGCTGATTTTTTATTTAAGTATTTCTAAACATAATAGTTTTGTAACTCATTTCTAATAATAATAATAATTTTATCTTTGCAGTAAACAATATTTGACTAGATTTTTTTCAAGACATTTCTACACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGCTAATTAGGTTAACTAGGCAGTTCAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAATGATGGTTTGGTCAAAAAATATATAGCTTAAAGGGGATAATAATATTAACCTTAAAAAAGCTTTTAAAAATGTTAAACTGCTTTTATTCCTGCCTAAGTAAAACAAACAAAACTTTCTCCAAAAGAAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTGCTCTGATAAACATTATTTGGGAAATGTTTAAAAAAAGAAATGCAAGGGGGGGGCTAATAATTCTGACTTTAACTGTATATAACATGCATTAAGCACTTATATTCAGTGATGTACATTATCCTTATAATAAACCAGGGTGTCCGCTGGGTCTTAAAAGTTAAAATGTTTTAAATAAAAAAAAATAATAAAAAAAAGGCCTTAAAAAGTCTTAAATTCACTGTAATATAATGTTGTTGGTCTTGATTTAATCAGGTCTTAATTTTGCTTTAAGAAAGCTAATCAGTTGGGCTGACATCCATCCAACGACCAACAATACATTTCATTCATTCATTCATTCATTCATTTGATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTATTAATCTGTGGTCGTCACAGCGGAATGAACCGCCAACTCCATATCCAGCATATGTTTTACGCAGTGCTTCCAGCTGCAATCCATGACTGAAAAACAATACATCTCAATAAAACCTTATTTTTTATATTTAAGCTTTTTATTGCAGAGAAATACAATTCACAACAACTGTTAGACATTTTAACAGCAAGCTCCCCATTAAATTCCCCAATCAGGGGAGGAAAACTAAAAACAATTAGACGATCCTTGATGATAATACAGGGCCATTAGAAAAAATCCTTAGCGTTTAACCCTGTCTAAATCTAAAATGTAATTCTTAATGGTTTTAAAAGTGTCTTAAGATTCTTAAATTTGACTTGATGAAACCTGCAGAAACCCTGTAAACGTTCATATGTGTCTGTTACCTCATTACAGACATTTGATTTCACAATATACATGCTTTGTAAAACATAATTAGGGAAATATAAAAAAAAAAAATAATTAAAAGGGGGCTAATAATTCCGACTTTAACTATGCATATTAATTTTAATACAGTCTTAGACAAACTTCAAAGGGGAAAAAAATCCTTGTTGTAATCTCAGTAGTAAACGTTGAGGCCAATTGAACACAGCCATGGCGTGCATATTAATAATCCCATGTCACAGCACGTGAAACAGTTGGTGTTTGTTCTGATTGGTCTGCCTTTCACTGGGATTTTACACTCACTAGATTTACATGAAAATGAGGAGTGTGTCTCGAATTTGTTCATTGCTATGAGAAATCGCATGTTCCATATAATACAGTTGGGACAAACACATGATTTTAGTTCAGTTGATTTTTGGAGGATCACTGAAGAATGATGCTGAAAATTAAGCTTTGAATCAAAGGAAAACATTACATATTTTGACCATTCATTCACTCATTCATTCATTCATTTTTCTTCAGCTTAATCCCTTTATTCATCAGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTATACAGCGGGTGCCCTTCCAGCTGCAATCCAGTACTGGGAAACATCCATACACACTCATTCACACATACACTACGGTTAATTTCAGTTTATTCAATTGACTTATACCGGATTTCTTTGGACTGTGGGGTAAAATGGAGCACCCAGAGGAAACCCACACGAACATGCAAACTCCACACAGAAATACCAACTGACCCAGCTGGGACTCGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGTGCTAACCACCGAGCCACCGTGTTACCCATATTTTGACATGTTGATACAATAAAACATGAAAAAGTTAAAATGGTAGCTTAATTCAAAAGCAACAATAAGATATTCAAGTATTAAATCCACTGATATCTGTTCTGAATATATGTTGGGGCCACTTTATATGTGTACAAACTCATGAATAGCGTGTTTGTGTGATCAAAGCTTTTTTTGTTGGTGCTTAG
Seq C2 exon
GTCTATTTTCTTCCACTATGAGAGAGCTTTCTGGCATCTCTCATGATGGGCCGAAGTGGATTGTTCTAGATGGCGACATTGACCCCATGTGGATTGAATCCCTGAACACTGTCATGGATGATAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062630:ENSDART00000150908:33
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF077289=AAA_5=FE(32.1=100)
A:
NA
C2:
PF077289=AAA_5=FE(30.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]