DreINT0058779 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010042 | dnm1a
Description
dynamin 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-27]
Coordinates
chr5:1258400-1263463:+
Coord C1 exon
chr5:1258400-1258560
Coord A exon
chr5:1258561-1263320
Coord C2 exon
chr5:1263321-1263463
Length
4760 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
TTCTCTGTTTTCTCTTCCAGCAA
3' ss Score
12.01
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTACATTGGTGTGGTGAACCGCAGTCAGAAAGACATTGACGGAAAGAAGGACATTAACGCTGCGATGGCGGCCGAGAGGAAGTTTTTTCTGTCTCATCCCAGTTACAGACACCTGGCCGACCGCATGGGGACTCCATACCTGCAGAAGACACTCAACCAG
Seq A exon
GTGAGACTGTGGAGAAACCCAGCACATCTTCACTCCTCAACGTGTGGAAAACTGCTTGCTTTCAGTCACATGCACACACTGTATTAGGATTGATGTGGGTGGAGCTACCCGGACAAATGTGATCGGGGGTGTGGCCAATCATGCATATTAAATTAGCTGTTTACAAATAACACTTTGCAACTTTTTTATGTTTCGAGAAATAAGACGAATATGTATTTATTTGATATTTTAATCATATTCTGTAACTTTTGTTTAATCTAAAGATTTGTATGCCACTGAATAAATTTGCATATTTAAATTGTGTGATATTTTTGGTCTAGTTTTAGTACTTTTTTAATTTATAAATTCAAATATATTTTTTTATTTAAATAATGAATGTAATAAACCATAATTTTTGTGGATTCAGTGGGTGGAGCTACATGCGCTAATGACATGGGGGTGTGGCCAATCATGCATACTAATTGAGTTGTTTTACAAATAACACTTTATAATTTTTTATGTTTAGAGAAATAAGACTATATATATATTTATTTCAAATTTTAATAGATTTTCGTTGCAACTTTCTTTAGAAATTTTAGAAGATTTTAGAAATCTAAAGATATCTATGTTACTGGATTCATGGAAAAATTTGCATATTTAAATTATGGCTGATTTGTTGGTCTAGTCAGTTAATTTTTAGTTTTATATAACTACAGATGTATTTTCTGTATTTAAATACCCAGTTATTATAATGAACCATAATTGCTGTGGATTCAGTGGGTGGAGCTACTTGGGCTAAAGAGATGCAGGTGTGGCCAATCATGCATGTTAATTGACTTATTTATAGTTAACACTTTACACTTGTTAATGTTTTGACAAATAAGACTGTATATAACTATAAGATTATTTATCTTAGAAATTTTAATACATTTTCTTGTAACTTGTGGTCTGATTAAAATTTGTATGTCACTGCATAAATTTGCATATTTAATTTGTGTGTGATGTTTTTGGCCTAGTTTTAGTACATTTTTAATTTATAAATTCAAATGTATTTTTTTATTTAAATAATTAATGTAATAGACCATAATTGTTGTGGAGTCAGTGGGTGGAGCTTCCTGGGCTAATGAGTTGTGGGTGTGGTCAGTCAGGCATATTAATTGAGTTGTTTAAAAATAACGCTTTACTTTTTTATGTTATAATAAAAAGACTATATATATTTATTTGATATTATAATTGATTTTCTTTGTACTTTTGGTCAATCGAAAGCTTTGTATGCCACTGGATTAATGGATAAATTTGCATATTTAAATTATGTGTGACTTGTTGGTCTAGTCATTGTCCATTTTTAATTTTAAACAACTACAGATGTATTTTCTATTGTTAAATACCCAGTTATTATAATGTTGTGGATTCAGTGGGTGGAGCTACTTGGGTTAATGAGAAGCAGGTGTGGCCAATCATGCATATTTATTGACTTGTTTATAGTTAACACTTTACATTTGCTTATGTTTTAATAAATAAGACTATATATAATTATGAGATTATTTATCTTAGAAATTTTAATAAATTTTCTTGTAACTTTTGGTTCAATAAAAAATTTGTAAATTGTAAATTTGCATATTTAATTTATTTGCGACTTCTTCGCCAGTTGTACTACATTTTTAATTTATAAATGCAAATGTGTTTTCTTTTATTTAAATAGCTATTGTAAATAACCATAATTGTTGTGGATTCAGTGGGTGGAGCTACTTGGGCTAATGTGATGGGGTGTGACCAATCAGTGTATTGGGTGGGGCCAGCTTGAAGTGAGTGGAGCCATTTGGGCTATCATGCATATCAATTTATTTGTTTACAAATAACACTACAACTTTTTATGTTTTAAGAAATAAGACGAATATATATTAATTATATATTTTAATATTTCTTTTTAACTTTTGGTTCGTTTATAAATGCAACTGTATTTTCTATATTCGAAGTCTATTGTAGTAACATAATTAATAGTATGTAAATAGTAAATACTTTAGTATTAAACAATTGTTTTGGATTCAATGGGTGGAGCTAACTGTGCTAATGAGATAGGGGTGTGGCCAATCATGCATATTAATTGAGTTTTTACAAATAACACTTCACAATTTTTGAGAAATAAGACTATAAATATAGTTAAGGCTATTTATCTTCGATATTTTAATACAGTGGTTCTCAAACTTTTTTCACCAAGTACCACCTTAGAAAAAAGTTGTCTCTCCAAGTACCACCTTACGACGCTATTTTTTAACCAGTATTAAAAAATAGCGTCGTAGGCCTAATTAAGCAGCTACAGGTGTGCACATTGTTAAAAACAATGCAGATTAATTTCTATTATTTAGAATATGTATTATTGTCAGTCACTTTAAACATTTGAAATAGTCTGAACATTAACTGTGCTTGCAGGTAAAAAAAAAAAAAAGTTTTAGTTAAAATGGGCTTTTAAAAGTTCATTAAAAATGGCGCTGTTCTTAAAAAGTAAAAAGAAAACTGCTGTACTTAAATCTAAAGTTTTCATAGTAGCCTATTCATCAAAAGTTGGAAATGTTGCTTGGACCTCATAAATATAGGCTAAATGTCATATTCATACACTTTCAGACAAATCTTGAAATATATGTTAAATGTACATAACAGGGTTCATACAGGCACAGCCTAATGAAAATCAATTCCAGCACCTATTTTTTTCAAGACTGACATGCTATGTATTGAAGACCTGAAATGTATTGTCAGCAACCCATAAAACATTATATAGGAATAGATACAAATAAAAACCATTAATAATAATAATAATAATAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATATTTATTAACCATATATTAATAATATAATAAACCTGCACTAAATGCTTGTAAAATCTTTTTTGTACTCAAGTAAAAATACTATTACACTGCTAAAATAACACAAATTTTAGTAAATAATACTAATATTAGGTAAAAGTACAAAGTACTCTTTTAATAAGTACTAGTTTAAAAAATCTGATTTTCATTATGAAATCCCTTTTTTAAGTGTAAACTTGATTGAATGGTTTAATTGCTTAAATCCCAAAGCTACATGTATAGGAACTTGCACTAACAAAGGAAGTATAGTCAATTTTTCCTTTCATGACAATTAATCTTTTTCAATAGCACTGGCAAAACTACCACATAATCTTTAAGGCCATCCAGACAGTTTTTGCCCATTTTTAAACAATATTTGCAAGCTTTGAAAGGTTAAATTAAAGTATATGGTAAAAAGATTTAAATTTAGCCTTTTATTTGCTTATTTTACACTATTTTTCTTTACAATATGGCAAATTTATTTTCTTAAATAGCTGTACATCACATGGAGATTTTATTTTACACTTGATCTTAATCTAAAATACAAACTTTAAAAAATACAAGTACACTGTCAGTTAAAAAAAATAAAACAAATGACTTAATTTTACTTGAGGTATTTAAAATATGACAACACTACATTTATCAAAGCAGTGCTTTAAGAGCCTTATTGTTAATTATGATAAATAAACAATAAGTAACAACGGATTGCTTTGACCTGTAATGCTTTAAGACAGATCAGAATACAGCTAAATGTATAAATCACACAAATACCTCATCCAGAAACATTTCCAGCATAATTATTTTGTCGTAAAGAAATAAAAAAATCCACCTTTGCTAAAAGTAAGTTTCACTTCACAACACAGCCAAACAAGAAGACCATTAGCATTGTCATCGATTATGCATCAATCTATTTCTAAATATTTGATAAATTTGAATACTTTTGATTAAATTTAGTCAAGGAGCAAAAATAAATGTCTACTTTAATAGTGGAAAGATCGCGATTGTATTCAATCTGAGCACACAGGCGATCATGAGAGCACTTGCAGTTCATTTAAAAAAAAGCATATTTAAGAGCTCGCATAACTGTTTTAGCGATTTGCGTACATTAATGCGCTCTCGTGATAAAACAAAGCACTCGCCACATTTGCAGAAATGAGTTATTGCGCAATACCTCCATTCCCGCGCCGCCATTCAGACTGTATAGAGGAGTGACAGGTCAGAGGCGAGTCGACTCGCTGTCGGAGGGCGTAACGTGTATGAAGATCATAAAATAGGCAGGAAATATGTCCGCGGTTTAATAACTCTGCTAGACATTTCTATAGTGAAAACATCCGAGAAGCAACTAAATTAACAAAACATTTGTTTTTAAGTTGTTTTTTCTGTCTCTGCAACACAGAAAGCCTTTGTCCCGCCCTTACGTTTCACGCAAAACTAGACAAGGTCGACTGTGATTGGCTACTTTTCATGTCAGTCAAATCACGCTTCAGAATCAATTCTTAAACTTCGGAAACTGATTTTCAGCAGCTTATGACACATTGCACTAATATAAACACTCTAAGCAAAGAGCTGTGATCGTACGCTTCACAAAACAGCCAATGCTGATCACATCAATGTTATATTACGCATCAAAGGATTAAAAGTGTTAATTGTTTATTTCATTATTTGGCGATTCCTCCGCGTACCACTAGGAGGAAGCCCGCGTACCACAGTTTGAGAACCACTGTTTTAATACATTTTCTTGTAACTTAAGATTTGGATGTCACTGCATAAATTGATTCATTTGCATATTTAAATCATGAGTGACTTATTGGTCTAGTTTTAGTCAATTTATAATTTATAAATGCAAATGTCGTCAAGATAAACTGACTTGTCTTCATCATTCCTCTCTGTGTTTCTCTGTTTTCTCTTCCAG
Seq C2 exon
CAACTGACCAATCATATCCGCGACACGCTGCCTGGGCTGCGCGCTAAGCTCCAGAGCCAGCTTCTGTCCATCGAGAAGGAAGTGGAGGAATACAAGAACTTCCGTCCAGATGACCCGTCCAGGAAGACCAAAGCCCTGCTGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010042:ENSDART00000147972:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.037 A=NA C2=0.115
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0103115=Dynamin_M=FE(18.0=100)
A:
NA
C2:
PF0103115=Dynamin_M=FE(15.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]