DreINT0060110 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000028118 | dscamb
Description
Down syndrome cell adhesion molecule b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-031118-67]
Coordinates
chr15:6250157-6256525:-
Coord C1 exon
chr15:6256247-6256525
Coord A exon
chr15:6250433-6256246
Coord C2 exon
chr15:6250157-6250432
Length
5814 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGT
5' ss Score
10.74
3' ss Seq
TTTGTTTTTATCTTTCCCAGAGC
3' ss Score
9.48
Exon sequences
Seq C1 exon
AACCTGTGGATTCTGCTCCGGTGATTCTGGATGGGTTTGAACGGAAGGAGGTTATGGTGGGTCATCGGGTGGAGCTCCCATGTAAAGCATCTGGTCACCCTCCGCCCAGGTATCGCTGGCTGAGAGACAACAGTCCATTGGAATCAGATAGCCGGTACCATCAGAGTGTATCAGGCCTCCTCATCGAGGCCACACGACCCAGCGATGCAGGCAGTTATGTGTGTGAGGTGTGGAACAGCTTCGGAAATGCCAAAGTGGTCGGACGGCTGGTTGTCAAAC
Seq A exon
GTAAGTTATCTTTTACAATTTTTTTATTTAAAATCTCATTTTTGAGATCTACTTGTATTGTTTTTTGCACAATATCAAAGCTAAGTATAGTACGAAGTTTATTTCACAAAAACGTTTAGTTTTTCGGTCAAATCTTATTGACAGATATGACAATTAGGTCCCACTTTATATTAAGTGACCTTAACTAATATGTACTTACACAGGAATTAAAAGTTTGAAACAATGTACTTATTGTGTAAATACATGTATTTACTGTGTACTTATGCTTGATTAAATACCTGTATTTATTTTTTATGTAAGTACATAGTAGTTAAGGACACTTAATATAAAGTGGGACTGACAATTGTTTTAAGCAAGTACAAAAAGTATTTACACTGCTAGTCAAAAGTTTGGGGTCAGTAGGATTTTTAAATGTTTTAAAATAAGGTTTTCCTGCTCACCAAGGCTGCCTTTATTTCATCAAAAATAGAGTACCAACTGTGAAATGTTATTACACTATAAAATAACTGTTCAAAAGTAGTTTATCATTTAATTTAATATTTTATTCCAGTGATTTTATTGATGAATTTTCAGCTTCATAACTCCAGTCACATGATCCTTCAGAAATCACTCTATTATTATTATTATTATTATTATTATTACTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAATCAATAATAATTGGAGTAATAATTCCATTTTAAACTTCATACAATAAGTTATAAACAAATAAGTATTAACCAATTGAACTTTTTCTTTTTTTACATTTAATAAAGTTGCCTTGATGAACATAATAATTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAACATGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGACCCCAAACTTTTGACCGGTAGGGTATATATGACAGTATCAAAGGTTGAATGTATTATTATAAGTTTTAAATGTGCTCCATCCAAAAGAAAATCTGTGCAAAATCTTTCAACAACATAAAAACAAAATGGCTGCCAGTAGCTTTCATGGTCATTTTACGTAATTCCCTGTGATTTCCTGGTAATCAACTAAAAACTCTTCCAGGTTAAATGATGATAGGCTGTTTTTTTAAGTGTAAAATATCAACAGAAAAAAATATGTAAATTTTTTCATATTAAGGAGACTCACTTTGACTGGATCATTTGAATCTATGACCATATCCACATGTATGCAGGTGTTTTTATAAATGGAGATTTCCCTGATTTGATTTAAAAAACCTCTGTCTATATGAAAATGCAAAAATATCATGTTGGCCAATCAGAAAGGATTAAACAGAGTGCATGCTGATGTCATGAGGCGAAAACAACCACCACACTTTACACGGAATTTTGAAAAATCCTCAACCTGGCGTGCGTTTCTGAAAACCATGGTTATCAGACTAAGGTCTCAAGTTTCATTGTTGCAAACATAGTTCGATGATTTGGCATTTCCCAAATCCATCATTCCAAGGAACATTTGCAAACTGCACGGCAAACTTGGACGTTTCCAACTGCACCTCTGGAGCTGTAGTTGGAAGCAAAGTTCCCGGTTGTGTTCTATAGTTAGAAGCAAAGTTCCTGGCTGTGTTTTATTCCCAGCTATCCCCCTATGCCCTATTCATTTAGAACGTTCCAACAGTTAAACTTGGAATGATTAAAAAAGCATCAAGTCAACTCTCTTATGTGTAATTTGCTTTCAAACTATTTTTACAGTTCAGTTTTAGCGATCTTGACAATTACGCTCCCTTAGCAGTGCACTTTGAAAACACTTGTGCCATTTTGAATATGGCTCATGATGGAAGCTATATGTGACCTACTATTTATAAGTGGAACTTACGTTACATCTTCAAAACTTGTGAAAACAAAAAAAAATATAGCATATGTTATTGCTTTTAATATATTGTAGGTTATTTATTAACCCATTTAAGCCCACCGGCAACTATATGCCAAAGTTCAGAGTTGCCATTTTCCTTTTCTAAGTAAATTTCTACATGTTTAATTTATTAAAGACATGCAAGCAAACAACCAAATTAAATATTCCAAGAAAGAAAAAAAGGATTTACTTTGATTTACTTCCTGTCATATGAGGCCTTAACCTTCCAACCCCTAATTTCAGGATGCAAAATGGATGCAAACCCTTTTAAATGAAGGCCATTTTCATGATACTAAAAATTATTTTTTGTTCACCAATATATATCGACATAATCATGAAGGTTTCTAGATTCATCCAAACAAAACAAATCTTTCAAGAGATCTGAGGTTTTTGTATACTGTGTCAAATGTTCAAGCGGCACCTATAGTTGTCGGTGGCTGAATACCTTGTAAGTATATAAATCATGGGAAATTAGGGAATAATGTGTTAATAAGTTAATAAATGAAGGTTATTGTCCTTGTTTAATGATCTTTGCTTTCATAATACCCCATCTAAACAAAACAAAACCATTTAACTGATATATTTACTTTAAAGGGCACATAGTTTACCCCTTTTTTATGATTTAATATTAGTATTATGGTTCTTCTGAGTGTGCCAGTTTAGGCTCAGTTCAACACACAGTTCAGATTTGTTTATTATAATGTGTTCAAAAGTGTCATGTTGGGGGCGTTTACACAGTTTGCTGTTTTAGAGGCGTGTTGCTTCACGTGAAAATTAGTTTCGGCTTCCCGCCCAACGTAACAAGGAGGCGGAGCCAAGAGCTCGCCCACTCTGTGTCTTCAACAGACAGGCAGACTGTGAGAAGGAGCAAGAGTGAGAGGATAAGCATTCAGTCGTACATGTACAACTCGGACACAGACCAAGCAGAGAGTACACAATCATTTGTGTCGTTGTATAGTTTTACAGACAGCTGTGTGCTAGTTTAAAGTGCCGAGCTTGACTGAGGCACCGGATGCGCACACCATACGGCAGAGACATGAAGTGTCGCGAATCGTCGCACTAAGCATTTTAGAACTCTAAACATAGGTTTCTATCAGGGTAAACACAACAGTGCTTGAAGCTAGGTTCCGTGGACAGCCGCCGACTTCAAGCGCCGGTGTGTTTACCCTAATAGAAACCTAAGTTTAGAGTTCTAAAATGCATGGTGCTGCGTCAGTGTCGCGCCACGCAGAGCGGCGTTTCTGGTGTGCGACCTGCAGGCAATTTGTTATTTTTTTCCAATGGAGAGACGTGCACGTGATGGGCATGCACTTTACAGCTGTCTACTTTAGTGAACAAAACCTGCATATGATGTGAGTAACAGGTAATAAAGTTGTAAATAATATTCAATTTGTGGCACAGAGTGATCGTTTGAGAGTCGCGTGCGAAGTATGAGCAGCATGCAGCAGTAAAAATAAAACCCAAAGTGTGCACATCATTTAAATAATCATATCTCATTTTGTAGTTATGACTGCGACAAGCATTTGATCAGGGCCGGAGTGGGACTCATTTTCAGCCCTGGAGTTTCAAGCCAGACCGGCCCACCTCAGTTCACGACTGATTCCAATTCAGTTACTAATGGCACTATCACGTCTTTTTCAAGAAAACTGCTGCTTTAGAAATTCAAATGTTCAACAGCCCTAACAGTATTTTATGTCTTAACAATAAAATCTAAAAAAAAAATTAAAAAAAAGATATTTCAAGGTAGAATCGATCACAGTTCTGCGTCATTGAATTGCAATGTGCTTACCACTGGACCACATTGGCGCTAATACAGGGAGTGTAAAAAATAATTAATGACTTGCGACCCTCAAGACACAGCACTACTTTCTTTTGATGGCTCAATCTTTTTCTCCTATTTTTAGATTTCTGATCAAGTTATGTCAGATTTATTAATGTAGTGAATCATTTGATTTTCATTGAGCAGGTGTATTGTTCATTTTATTCGAATTCTTATATTCACTAAGGTGCCGCTGTTTGGGGTCGATAGTTACATTACATCATCGTCATTAACGCTAACCTGCAGGTTGCATTTTTCTCACGGGGCTGCGAGAAAATAAATAAAAAGAGCGGCACTGCGGCAAAATAATGATTAAAAAGAGTAAAGCTATGGTCAAAAAAAATAAATAGAAGAAAAAAGTGTGACTGCTGAGAGTGCAAGCAGCTAGGGACACCGGCCCTCGCGGCCAAAAAACAGACCGGCCCACCCCGGTCCTCCCGATTAGCCAATCCGGGCCTGCATTTGATATATACAGTGTCAGTATGACTTTTCTAGCCTGTTGATTTTACCAGTGAATTAAATGGTCTAATAATGTTCTCAGATTGCAAGCATAGGCCTATATCTCAAACATAATTCAACATCAGAATTATTATAAGTAGAATAGAGCTATTTATAGAAACCAGTAGACCGACAGATAATATTAATATTGTTGTTTTACCACATGTTTGAGAAAAAAACAATAATCTCACATTAAGCTTTATTTTGCATCTACAGCATCGTGAGAGAATCTCGATCTTTATTTTAAGCCAAAAAAATGCGATTCTCATTTTAGCCAGAATCGTGCAGCTCTAGTATTTATTATCAAATTCATTTAACAATGAAAGATCAAGTTGCATGTGGTGTGGCTTTGCTCCACTTGATTATAAAATGTGTTCATATGTCTGAAATATCTGAAACAGTAGTACTGTTTTGCATTGTTTCATGAGATTCCTGATTTTGTAAAGAGGAAAAAAAAAAAGCTGCTTCTCGCCGCTTATCGCCGCCGACTCTCATTGAAAGTTAATGACTTCCGGCTACTTTGACGCTCTCGCCGCTTTCGGTGTGAACGTACAGTTTGTTATAATGTAAAAAGTCCATAATGATGATTAAAAGAGGGTGGAGTGACAACTTCATTAGAGAAAAAAAAAAAACATATTTTTTGGTCAAATTATATTTGTGTGAGAGTGTTATTTTAACTCTTTGTAGGAATGAGACGAGTAGGAGATGTTAATTTTACTCCTAGGATTTTGCTGTATATCAAATTGTATGTCAAAAAGGCTACTTTTTCGTAAGCTTTCCATTGAAAAACAACAGGCTGCAAAGGGTGCTTAAGGGGTTGTAGCTTTAAACTGATGTAGAGTTTTTCAACATTACTCTTGTCCTTTTTGGTGTAATCTATTCATAAACATTGACATGTGGAAAAACAGCGCCTCAGTGCGTCCTCGTTGGGGCGCTGGGGAAAGGGTTAAAATGATGTGCAACAAGTTTTTTATGAAATGTTGTGGAGTAAAAAGTCAGATATTTTGCATTGGAATGTGCTGAAGTAAATTTATTCAAAATAAACTTGCACTCATGAAGATAATTTAAAGATCCCACCCTGCAAGATGATGGGAAATGGGTGCACCTCTTTACCACTATGAAAATGCTCTGTAATGGGGGTTCACTCATGGTTCATTCATTCACTAGAATGACATGTAAGCAGGGTGGCTCGGTGGCACAGTCGCCTCACTGCAAGAAGGTCACTGGTTCGAGTCTGGCTGGGCCAGCTGGAATTTTGATCGGAATTTGTCTTTTCTCCTTGTATTCGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACGGTCCAAAGACGTGGTATAAGGGAATTGGATGAACTAAATTAGCTGTAGTGTTTGAGTGTGTGTATAAATGTGAGAGTGTATGGGTGTTTCCTGATACTTGGTTGTGGCTGGAAGGGCATTCGCTGCGTAAAACATATACTGGAATAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCTGATAAATAAGGGACTAAGCTGAAAGAACATGAATGAATGAATGACATGTAAACGTGTTTTAAAGCATTGGTTTAATATATGTGCATTTTTGTTTTTATCTTTCCCAG
Seq C2 exon
AGCCTCTGAAAGCAGTGGTGAGCCCACGGAAGGTGAGGGGCAGCGTGGGTAGCCAAGTGTCTCTGTTCTGTAGTGTGACTGGCTCAGACGAGTTTGACATCACCTGGTACAGGAATGCGGAGAAGATCTATCAGGGTATAAATGTACGAATCACGGGCATTAACAACGAGAACCTGGTGATGGAGGGAATGGCCAAGAGCGATGGAGGAGCGTATCAGTGCTTTGCTCGAAATGGAAAGATGTCCACCCAAGACTTAGTTCAGGTCGTCTTGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000028118:ENSDART00000148350:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.043 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0767911=I-set=WD(100=91.5)
A:
NA
C2:
PF0767911=I-set=WD(100=95.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]