DreINT0061182 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060877 | edil3b
Description
EGF-like repeats and discoidin I-like domains 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-42]
Coordinates
chr10:43536597-43543689:-
Coord C1 exon
chr10:43543505-43543689
Coord A exon
chr10:43536753-43543504
Coord C2 exon
chr10:43536597-43536752
Length
6752 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
CTCTCTCTCTCTCATTACAGATA
3' ss Score
12.51
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGTTCAGAGCCCATGGGGATGAAGACGGGACATATCCAGGACTATCAGCTCAGCTCGTCCAGTGTGTTTCAGACCCTCAGCATGGACATGTTCTCCTGGGACCCGTCCAAAGCCAGACTGGACAAACAGGGCAAGGTGAACGCATGGACATCCGCGCACAATGACCAGTCACAGTGGCTGCAG
Seq A exon
GTGAGGCTCTGAGACTCTTCACTCCAAAACAATTCTTACTTTTGCTGCTTGTTCAAACGACTCAATCAAAATGAGCTGATTCAACGCAAGTTTTTCGAGGACAACTTCATTCATTCATTTTCCTTACGCTTAGTCTCTTATTTATCAGGGGTTGCCACAGGGGAATGAACCGCCAACTATTCTGGCGTATGTTTTACGCAGTAGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCAGTACTGGCAAACACCCATATACTCTCATTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATACACTACGGACAATTTCTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGAAAACCCACGCCAACACAGGGAGAACATTCAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGGCCTAGCAGGGACTTGAACTAGGGACCTTTTTGCCGTGTTAACCACTGAGACATCATGTCATCATACCTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTATATATATGTGTATATATATATATATCACACGAGTAGCAGTACGATATGGCTGTATATCGGCACTTGTGGGAGGGCGTGCCTTAGTGCCCCCACCAGTGCCGATATACAGCCATTTCGCACTGCTACTCGTGTGATATTGCGTTTATACAACAGTTTGACGGCATAATTGTGAACTACTTTCTTCCGCATTGGATTCAAATCATAAGCTGACAGGTAAACAGCTGAGCAAGCATCTTTTAAACTTTAGATTTGTAGTGTCTGCTTTCTGCTGGCTGTATGTGGGCAGAGTGATACACAAAGGGTAAAGAGGCTGTACGGGTGCTGATATTACTTAAATATATCATGGCTATCAGCCAATCAGATTCGAGAACCAGACAAAACTGTTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATAATCTATGAGTGATTCTATAGGAATGCAGATATGTTTTGCATCTCCGAGGTGTATCTTTATTTAATTTTTCACAAATTATTTTGAATAACAAAACTTAAATGAAGATATCCCTTAAATAAAGTGTTTGTATGTGTATTTAAGGACACTTGGACCTATTTTTGATTGTCTCCCCCTCCTGAATCTTACATTCAGCTTCAGTTATCATCAAATAATTAAGTCTAATTTTCAAATGTTTGTGTGTGTTTATTATACAAAGTTAAATATTTGCATGAAACATCACTTTTTTTTGTATTATTTGTAATTCCAGTTATTTAAAAAAACATGGAGCATGCGAAGTAACCCACGCCACGCAGGCATTTTTTATCCAGCATAGTTGCAACTATGGTTATATAAATGTGATATTTAATCAGATTTCCCTCAGTCAATCAGCAAGTACAATATAAAGTTTTTCTTGGTGTGCTAAATTTTGCATTGTTCTAGGTTTCATGAGTTAATAACACTATTAATCCTGGCTCATGAACCCCTGCTCTGGAATTGCAGTGTCAAAGGTACTCAAATTTTTTTGAGTCATTTGGCAAGATAACCAATCATAAACCAAACACTGCCTGCCTCATTAAATATTCATGAGCTTGAGCAAAATCTCCTGTGTTTGCACAAACTGGAATGACAAACAGCTGATTTTATTTAAAGAAAACCACAGCACTTTTCTGAGGTAAATTCAGAATGTCTAAGCATCCACCAGATATATCATTATTTCAGACAATGGGATTGTTCGCTTAAGTTTGATGCGGTGTTGGTGTAAAATCAGCCACATGAATAAACACTACAGTCATTTATAATAACTACAATTGTGTTTCTGAACCATACTATAGTAATACTGTATATTATAGTATCTACAACACTTATGAATGCTTCAGCATGATAGAAAATAGAATCACCACAACAGATGTATTTGTTCATATTACTATAGTTATTGTGTTACCGTAGCAACTAAATATTTTATTGTATTACTATAGTTGTTGTTCCCTTAGCAACTATAGAATCATCACGCCAGATTAATTGTTAATATTACAATAGTTGTTGTGTTACCATAGCAACTATATAATTACCAAAACAAATTTAATATGTTTATATTACTATAGTTGATGTTACCGTAGCAACTATAGAATCACCACAACAAATGTAATTTGTTTGTTACTATAGTTGTTGTGTTACCATAGCAACTATAGAATTACCACAACAGATGTATTTGCTTATTTTACTATAGATGTTGTGTTACCATAGCGATTGTAGAATCACCACAACAGATTAATTTGTTTGTATTACTTTAGTAGTTGTGTTACCATAGCAACTATAGTTACCACAACAGATGTATTTGTTTACATTACTATAAATTTTGTGTTGCCATAGCAACTATATAATCACCATAACAAACGTATTTGTTTATATTACTATAGATGTTGTGTTACCATAGCAACTATAGAATTACCACAACAGATGTATTTGTTTATATTACTATAAATGTTGTTACCCTAGCAACTATAGAATCACCACAACAGATACATTTTGTTTATATTACTATAGATACTGTGTTACCATAGCAACTATAGAATCACCACAACAGATGTATTTGTTTATATTACTATAGATACTGTGTTACCATAGCAATTATAAATTTACCACAACAAATTTAAATTGTTTGTATTACTATAGATGTTGTTACCATAACAACTATAGAATTACCAAAACAAATTTAATTAGTTTATATTACTATAGTTGTTGTGTTGCCATAGCAATAATAGAATCACCACAACAGAATAATTCAAATATTTGACTTGGTTAAAAATAAAAAAACTGGCAACGGGTGAAAAAATAAAAACATAGTAGTATTTGCTATAAATGACTATAGTATTTTTTTTTCCTGTGAGTAAACAACACATGCATCCTTACTCAATATACGTCAATAAAATCCTTAATTTCCTAATCCTCCAAGTTCACACAGGGGTCAGACTGAGGGCAGTTACTGTAACATCAACATCTCTAATCCTGTATGTTCATACATAAGTCAGACTTAGGTCAGACTGAGGTCAGTTACGGTAACATCCACATCTCTAATCCTGTATGTTCATATATAAGTCAGACTTAGGTCAGACTGAGGTCAGACGGAGGTCAGTTACAGTATCATTGACGCCTCTAATCATATGTTAATACACGGGTCAGAATAAGGTCAAACTAAGGTCATTTTGAGGTCAGTTACTGTAACATCAACATCTTTAATCCTGTATGTTCACACAGGGGTCAGTTACTGTAATATTCTAATTTCTAATTCAGATGAACCAATGGTTGTTATCAGTGTGTGAATTATACATAATGACACATACCCGGAGGTCAGCTTTTTTCACTAGCAGTTTGTGTTATTCATGCGCATGCTTCAGTGAACCTAATTCATTTATGTAATAAGGTTTATAGTGTTTTGATTGATAATGAGCAGATGGCTTGCCCTCTGATGGGCTGTTTAAACAGACATCACTGCAAGGTTGGGTCAAATGTGGAAAAACCCAACGTTGATTTAAATTCAATTAAATTGAAATGGCAGGTTTACTAGCATGTTGTCAATATTAGCCTAATGTTGGGTTAAAACAACACAGTGTTTTTTTTTTTCAGAGTGATGTAATGCTCAAGAAATCTATTTTAAAATAATATGGCACATTTTATCACAATGATGACGTTGTTAATTTGACTTATAAATGAATGATCATGAAAGATTGGGCTAACTGTTTACATTGTGAAAAATGCTGGGTTGTTGTCACCCAATGCTGGGTAAAATATATGGACAAACCCAACTGTTATTAAAGTATATTAATGGGCTAACCCAACATTGGGTGACAACAACCCAGCACCATCTGCTCCTGTTTTATTCATTAGTTTAAAATGATATTATATGACATTAACATAATGGGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCACCTTATAGCAAGAAGGTTGCTGGTTCGAGCCTTGGCTGGGTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCACGTTCTCCCTGTGTTTGCGTGGGTTTCCTCTGGTTGCTCTGGAAGAAGTCCAAAGACATGCGCTATAGGGGAATTGGGGAGGCTAAATTGTTCGTATCGTATGAGTTTGAATGAGTGTGTATGGATGTTTCCCAGGGATAGATTGCAGCTGGATAAGTAGGCGGTTCATTCCTCTGTGGTCACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATGAATGAATATATTAACATAATATAATATAGGTGGCACATTGGTGCAGTGGTTAGCACTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTTGCTGGTTCAAGCCTTGGCTGGGTCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTTTCCCCATGTTGGCATGGGTTTCCCACACAAGTCCAAACACATGCGCTATAGGGGAATATTTTAAGCTAAGTTGTTTGTAGTGTGTGTGTGTGAATGAGTGTGTATGGGTGTTTCCCAGTGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCACCCGCTGCATAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCGATTCATTCCACTGTGGCGAGCCCTGATGAATGAAGGGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATGAATGAATAATATAATATAACCTATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTGGTCTAATGATAAAGCTATTTAACTAAGTCTGCTTAAACAAACAGGCATACATAATTAAATATAAATAGTAGTATGTTTTTCTGTTATCCATATGCATCTACATAAACACATTGAGATCGACTGTGATATTTACAATCTGCACTATGCAGATTCGCCTATTTGTAAATTTGTAGAGTGGTAGAGTACACTGTGGTTTCTACAGTCAAAACTAAGTGGATTAATCAGGACTGTGTGTTTCAGTAAAACAAGAGCAGATCAGTCTTAGAGAGTAAAAGACAGAGTACAGGTTGAAAACAGCAGTTTTCACTTCAGATGTTGCTTTGCAGAGGTTTAACCTACTTTCCACACTGACACTTTTAGACATGAGCAGAGTCTGATGCCCTGCTTCTAATTTTACTCTCCGGAAAAATTGACTTTTACTCATTGACTTACAGTTGATGGCAGAATTATTCGCCCCCCTTTGATTTTTTTCCCCTTTTTTAAATATTTCCCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGAAATGTTCACAGTATGCCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATCTGTTTTATTTCTGCTAGAATAAAAGCAGTTTTTAAAATTTTTAAACACCATTTTAATTAGCCTCTTTAAGATATATATTTTTATAATTGTCTACAGAACAAACCATCATTATACAATAACTTGCGTAATTACCCTAAACTGCCTAGTTATAGTCAACTATAGAAGTGTCATGAAGAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAGATGAGTTATTAAAACTATTATGATTAGAAATGTGTTAAAGAAATCTGCTCTACATTAAACAGAAATTGGGGGGAAAAAATAAACAGGGGGAGAATAATTCTGAAGTTAACTGTCTGTTATTACTGCCGAAATTCCTACTTACCAAATCGTTTCCTCCACTGACTGACATTCAGGTTGTTCTGTTGTTACGACTCTGCTCTAGGCCAAGGACGTAACATAAATAATGCACTTGACAAATAAATTTCACTTTCATGAACCGCATGAACAAACAAAAACACCCACAATAAAACTACCTACACTCACAAAGAAAACAACAGAAATACAAATACAATACGGTAACACTTTACAACAAGGTTCATTAGTTAATGCATTTACTAACATGAACTAATCATGAACAACACATGTACAGCATTTATTAATCATAATTGAACATTTACTAATGCATTATTAACATTCATGTCCATGCTTGTTAACATTAGTTAATGCACCATGAGTTAACATGAACTAACAATGAACAACTGTATTTTCATTAACTAACGTTAACTAACATGAACAAATACAGTAGTAAACGTATTGTTCATTGTTTGTTCATGTTAGTAAATGCATTAATTAACATTAACTAATGATCCTTATTGTAAAGTGTGACCTACAATGCTAAACTTAACTTCCTACATATTAGTAAAAGCTGTATTGCTGACAAAATACAATTTTCTGCTAAATAATTTAAACATAGGCAGCACGGTAGCTCAGTGGTTTGCACTGTGGGCTTACAGCAAGAAGGTCACTGGTTCAAGCCTCGTCTGGGGCAGTTGCCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGTGCTCTGGTATCCCTCACAGTTCAAACACATGCGTTATAGGTGAATTGGGTAAAATAAATTGCCCGTTGTGTGGGAGTGTGTGTGAATGAGTGTGTTTGAGTGTTTCCCAGTACTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGTGTAAAAGATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCACTGTGGCGATGCCTGATGAATAAAGGAATTAAGCCAAAGAAAAATGAATAAATGATTTAGCTTACTCAATAGATTTGTGTTGGGACAACATGATGCAGTGATGTGGAATCCAGCATTTAAAGTTATAATAATAATAATAAGATTTTACTGATACCATGTTTCGTTTCCCTCAGAAAACGCACAAACTCTTTTTCCCTTTCTCTCTCTCTCTCATTACAG
Seq C2 exon
ATAGATTTGCTGATTCCCACTAAAGTCACAGGAATCATCACACAAGGAGCCAAAGATTTCGGACACGTGCAGTTTGTGGGTTCATTTAAACTGGCGTTCAGCAACGATGGAGAGAAGTGGATCATTTATCAGGATGAGAAACAGCACAAGGATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000060877:ENSDART00000142872:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0075420=F5_F8_type_C=PU(32.1=72.6)
A:
NA
C2:
PF0075420=F5_F8_type_C=FE(36.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]