DreINT0061785 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000026634 | ehmt1b
Description
euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080515-3]
Coordinates
chr21:14557657-14560710:-
Coord C1 exon
chr21:14560556-14560710
Coord A exon
chr21:14557822-14560555
Coord C2 exon
chr21:14557657-14557821
Length
2734 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTGAGT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
TCTCTCGTGCCTCCTTGCAGCTT
3' ss Score
10.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGAGAATATCTGTCTGCATTGGGCCGCTTTCTCTGGCTGCGTGGAAATAGCCGAGATCTTTCTGACTGCCAAGTGTGATCTCAACACCATGAACATCCACGGAGACTCGCCGTTGCACATAGCGTCGCGAGAGGGCCGGCTTGACTGTGTAAA
Seq A exon
GTGAGTAAACCTCCTCTAGGTTTTATCAATCAAGATTGATTTGCCTGCATCCTTTCAGTCTAGTGCCAAGGCTTATTTACAACCTAAGAATGTCTGAGCCATCCTCCTGGAAGATAAGTGTACTGCAGGATTACACCCGTATCCGATGTACTGCAGTCCTAATCAGGTGCTTGTGTAGATCCTAATCAGCTTAAAGCTGCAGTTTTTTGGAGACAGGATTAATGTCATGTAGATTTATTGGAGCTGGACGCTAACAATAAAGGCTTACGCTCATCATTTCCTGGACAAATTTTATTATTGATCTGTTAGCAGGCAGTTACATTGATTGGTTAGAGTCCTGAATGTAATATTGCCAGTGGAATAGATGGATTGACGTACATTTTATTTTCCAGATAATTTTGTTCAGGCATGTTTTATCAATGTACGTTTTATTTCCAGCTCAGAATTAAAATGAAAAGTGTACACAGCACATTAAAATTTGACTGAACACATGCAGACACACATGCATGCACACACTGTTCTTTTCTGTTCCAAACTGGTATAGAAATAACAGTGCATTGCAGTAAAAACATTAAGAATTTGTTAGTTTGGTGATGGTGGTGATTGTAGTATTAACATTTCTCTGTAAAATTCTATATTATCAGTAACTACTGCAACTGCTACTAATCCTACTAATAATAGTTGTTATTGTATAACAAAATGTCATACTTATTTATTTGTGTCTGCAAATACAATGATTTATACTGGACAATAAAATCTACACCTAATAATCTATCTGTTCCAGTGGCAATATTACATTCAGGACCCAATCACTGTTAACAAATCAATAATAAAATTTGTCCAGGAAATGATGAGCGTAAGCCTTTATTGTTAGCCTCCAGCTCCAATCGTTCTTAATGAAATTGATGCAGTATATATTTATGTATTATAAACTTTATAAGTTGTACTATATATATTAAATTTTACATTTAAAGATTGTTAAAATATATTAAATAATTGTATTTGTTCCATTTTGTTCTTAAGAATAAAAAACAATTGCATATTAATATCATATTTATTCTTATAAATATTATTATTATTATTATTATTATTAATAATAATAATAATAATGTGTATTATTATTATGATGATGATTATGATGATGATTATGATTATTATTATTATTATTATTATCATCATTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTATTAATAATAACAAAAATAATTATAATAAGTTGCAGTATATTAATTAAATATTTAATCAATTATAATATTTTATTAAATGTATGCTAATTATAATAATATAAAAACAATGTAATTAGCATTAAATAAATTCATAATCGTAATAATTAGGGATGCTCTGATTAGGATTTTTGCAGCCGATACAAAGTACCAATTCTTTGTCATGGTGATCAGCCAATAAGAGGTACCAATTCTGATGCTTTAATCTTTATAATGCAAAAATCTAATTTTCACTCTAAGTATATTACAATTTTTTTTTTTAAGATTTATTTTTGGCCTTTTTGCCTTTATTAGATAGGACAGTAATGAGACAGCAAGCGAAGCGAAAGAGAGAGAGAGAGGGGTGGGGTTGGGAAATGTCCTCAAGCTGGGATTCGAACTCGGGATGCCCTGACGTATGTCGACGCACTAACCACTGTGCTATTGAGCCCACTCCAAGTATGATACTTAAGTGGATTTCTTGCCTTAGTAGAAGAAATGAAAGCTGTTGCATATAATGCCTTAAGCGCATATTTGATGCACACCTATAAATCCATTACTTCTTTAATAAAAGGACACAGGCCTATAAACTACTTTTTGTTCAAACGTTTATTACAATAAGTGCATTACGATAAGTTATTATTAAATATTCAAATTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTCTCCCCTAATGTTCCCAGCCTGTTTTTAATGAACTTGCAATATTGTTGAAAATGCATAACTTTCAGTTCTTGCATGTAAAAAGATTTTAGCTGTTATATATCCTCTGCTTGTAAACAAATAAACACTTGTGATCAGTTCAAGAGATTGGCCAGATTAACGACTGCAGATCGAGTCATGAAATGTGATTATTAGCCAATACCAATCTCTGGCTGATTATTCGGAGCTTCCCTAATAATAATATTGTTGTTGCTGTTTTCTTCTTATTCTTCTTCGTATTTATGATCATTATTATTAGTAAGTTGCAGTAGATTTAATTATACATTCAATCAACAATAATACTGTATTACTATATTTATACTATAATATTAATTAAATGTATACTATTACTACTACTACTACTACTATTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTATTACTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAGTAATATAAAAACAATAACATTAACAGTAGATTCATTAACATCATAACAATATTGTTGCTGCTGTTATTTATAATAATAATGATAATAATAATAATAATTATTATTATTATCATTATTATTTTCATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCATTATTATCATCATTATTATTATTATTATTATTATTTTGTTTTTAGTTGTAGTTTAAAATTGTAATTTAGCGATTCCGTAACAGTCATGTTTGACTCTCTCGTGCCTCCTTGCAG
Seq C2 exon
CTTGTTTTTGTCTCGTGGTGCTGATGTAAACCTTAAAAACAAAGAAGGAGAGACGCCCATGGAGTGCTGCAGCCATAGCTCGAAGGTCTGGAATGCTCTTCAAGCCAACAAAAAGCAGAGAGAAGCAAACCGCAAAGCTGGCGCCACAGAGAAGCTTCTCAACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000026634:ENSDART00000124223:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.071
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PU(50.5=90.4)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=PD(48.4=80.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]