DreINT0063364 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061108 | ep300b
Description
E1A binding protein p300 b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080403-15]
Coordinates
chr3:24884627-24887268:-
Coord C1 exon
chr3:24887029-24887268
Coord A exon
chr3:24884716-24887028
Coord C2 exon
chr3:24884627-24884715
Length
2313 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
TCTTTTCTTTCTTCTCTCAGTTG
3' ss Score
10.25
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTACTTTGACATTGTGAAAAACCCCATAGACTTGTCCACTATCAAGCGTAAGCTGGACACGGGGCAGTACCAGGAGCCCTGGCAGTATGTGGATGACGTGTGGCTGATGTTCAATAACGCCTGGCTGTATAACAGAAAGACGTCACGGGTTTATAAATACTGCTCCAAACTGGCCGAGGTCTTCGAACAGGAAATAGACCCTGTTATGCAGGAGTTGGGCTACTGCTGTGGAAGGAAG
Seq A exon
GTCAGTGTGTCGCTTGAGGGCTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTGCATGTTCAAGTGGGTTTTAGTAAAGGAATGTGGCTCAACAATATGATTTAATCCCTTTAAAAGAAGCCATATTAGGGCTGGGCGATATGGCTAAAATGTAGTCTCGATAAATTATTTTCTATATTGAAAAATACCGATGTATATTTTAATATCAGTTGTTAATGCATCCAGATTTAAGTGTATACCAGCAATGTCTGAAGCATTATAAATGAGAGGGTCCGTTAAAATAACACAACCTATTTTCGGTGGCCGAAAATTTTTTGCATCCTTAATAGCAAACACTTCTAGATTCTAGGGTTGCACGATACTGGAATTCGGAACCAATCGATAGTGATATTTGAAAAATGTTCATTTACCCCTGTTTAGCATGTTCATAAACAGCACTGATTTGCCTTTGGGTTTGGTGAACTGATGACCTTCATGGCCAATCACAGTCCTTTTCTGTTGAGCACTTGAACACAATGGCATATAAGCGCTGTTTAAGAATGCTCTCAAATGTTAGCGGGAAATGGATGTTTTTAAACTTTCAGTATTGATTGGTACTAAATTCCAGTATCGTGGTAACCCTACTAGATTCCCATTGTTGCACATTTGTGCTGTGTGATTGGCTCTTAGATCAATATAGAGTAAAAAAAAAAGTCCAGAGCGTATCATTGTTATTGACATAAATTTTATCCCGATACAATATTATCGTTTATTGGCCCAACCCTGCATCAAATATATTACCATACTACCTTTCATTATTGATTTCATTATTGATAATAATATGAATCTGGGTGTTAGTAATCTTTGTCTTATCTTTATTGGTTATTATTACTTCTAATGACATAATTTTTTATGTAATATAGATCTAAATAGATATAACATTTAATTTATATTTATACATACTACTTGCATTAATTATTAAATTTATTTGAGCAAGCAATATAATGTATAGTACTATTATTGATAATAATATATTATTATCGTTACTAATATTCACAATAAACTACTAAACACAGTAATACAATAATAAACTAATAATAAACTGAATAAGACAATATTTATTAATTTAACTTAATAGCAGTATAATAATCATAATAATAATCATGTTAATAATAATATTGTCATTACAAATGCTCAAAATAAACTAATAATACAATATTTAAATAATAATGAATAAACAAACTCAATAATGCAATATATATGAATGTAACTTAATAGCCTTATAAGTAATAATAATAATGATCATAATATTAATAATAATAAATATTGTCATTACAAATGCTCATAGTAAACTATTGAATAAACTAATAATACAATAATGAACTAATAAAAGTAAATGAAACAATATTTATTAATGTAACTATTAAAATGTATAAGTAATAATAATCATAATTTAAAAATAATAATTATTGTCATTACAAATGCTCCCAATAAACTACTAAATAAACTTAAAGTACAATAATACACTGATAAATAAACTAATAAGAACAATAAACTAAATAATACAATATTTAAAAAGGTAACTATTAATAGATGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAACTATAATAATGATGATCGTTTTAGGGCAGCACATTTTTGAAAAGATCCAGCATTGTTATTTGTTTCTATGTATTGCAATATGCATATAATTATACCAGATGGCTTGAATATCTTTATTTGAAAATAATTTGTTAATTTAAGTTGGTGAGGGTGGTGAATCACACATAACATATAATAAACAAATTCAAGCATAAAAGTGAAACAAACAGTGCTGTGTGATTTTCTGGGAAGTCTTACCGTGTTCAGGTACAAAAATTGAATAATCAAATGTGAAATAGCACTGCGTAGTCTTCACTATAAATAATTATAAACAAACAATTCAATAAAATTTATCTTTAATAAGTTACGAAAAATGTCTGAACGCTTTGAACTCTTAAAAATGCTAACAGGCCTTAAAAAACACATGCAAGTGATCAACTATGATTCTATTATGGTTAACCCTGCAGTGACTCCTCAAATCATGCGTTCTTAACTGTGGATACTGGTCAACTATAATCCCAACTATTTCAAATCCTACAATATGACCGTTACAGATACGCACATTGCCATATAGACGCTGAAACAATATATTGTGCAGTCTTAGTTTTAAAAAGAATTAAACTGTGGTGTTTGAGGTGGATTTATTTTTGCTTTAATATCAAAAGCTGTCTCCAAAATAATTTGTTATTGCTGCTCCTGCTCTCTCTTTCTCTCTCCCTCCTTCTTTTCTTTCTTCTCTCAG
Seq C2 exon
TTGGAGTTTTCTCCTCAAACTCTGTGCTGCTATGGCAAACAGCTGTGTACCATCCCCCGAGATGCTGCGTACTTCAGTTACCAGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061108:ENSDART00000156459:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043920=Bromodomain=PD(64.4=70.0),PF060018=DUF902=PU(28.6=15.0)
A:
NA
C2:
PF060018=DUF902=PD(66.7=93.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]