DreINT0065065 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000070839 | evi5b
Description
ecotropic viral integration site 5b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041111-244]
Coordinates
chr6:29032153-29043557:-
Coord C1 exon
chr6:29043462-29043557
Coord A exon
chr6:29032249-29043461
Coord C2 exon
chr6:29032153-29032248
Length
11213 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TTATTTTTTTTTCTTTTTAGAAA
3' ss Score
11.27
Exon sequences
Seq C1 exon
AATAAAGAAGAGGTAATGGCAGTGAGATTAAGAGAAGCTGACAATATTGCTGCCATGGCTGAGCTTCAGCAGCAAATCTCTGAGCTTGAGATTCAG
Seq A exon
GTAAAAAAAAAACAAATGGCACAGAATTCACACACCATCAATTTAGTGCGGTGTTTTCACTGACTGGCACAACACATCAGCCTCTCTATAGCACAGCTGTTCAGTACCCTTTCATAATATTGCTTGTGTGTTATTTAGTTCCTTGAATACTCATTTTATATTGCTTTTCCACTCAAAGTGGACTTAGTACATTTGTTGGCAGCTTGGTTCTACTGTGAAATAATCTAACTCAATTTTATAAATTAGGGTTTGACTCAGGAATTCTTTCTCTTTTATTCAGTCTGACAGTAAGTTTATTGTCATGACTATCCAAATGCCCCAAAAGATTTGTTAAAATTTCAGTAAAGAAAAACAGCATTTGTGGTATCAACAAAACAGATGTGTGAATGTTTCAAGTTCTAATTACCCTCTCCAACCACACCAATTTGTTATATATCATGTTTTGTTATTTTTTCCCCCTTTTTTTGCAAATATTGACACGTCCTAATTATATTGTGAAATATCTGATATTATGATTCTTAGATATATGTTGTAAGAACATGCATTTTGTTTTTTAATCAGCTTAATATTAATCCTATTTGATCTATGATGGGTGATGGGCATCGCTATATTTAGTCATTTTATACTTTTTTTTGTTTGGTCTTCCAAAATACATGAAAGTGGATGTTTAACTGGGAGAAGAATAAGGTAAATGTTCTAGTAACATTAATTTTGTGTGTCTTGCGTGCATAAAGCACATCATCCGGTTATATTTCAAAATGATAATAAAATAAAATCAAATGTGTATTTGAATATCTGAATATCTGAAACCTAAAATTTGTTAGATGACTGATAAATTTTCATTTATGACGAGCACCACGCATCTCTTTCTATGCCTCAGCAAGAGCCATCAGATTAAATTTTTAGGATTTGATTACAATGCTTTCTGAACTTTTTAATCACACGGGTGTAATCGAACACGTGAAAGGGTTAAAAATCACAAAGGGAAAATCTGTGTCCATATTTTTAATACATGCAGCAAACTGCAATTCCTATTAATGATTGGTATTATATATAATACAAGGTGGTATTTAACTTAAAGTGAAATCTAACTTGTTTATATCCGTAGACATCCTGTAGGTGCATATAACACCAGTGAAATGATTACATTGCTTTGTAATATATGCCAAAAATCTGAAATGAGTGGTATGATGTGTAAATGTTTCAAGTAAATCATTTCAGAATTACTGTAAGTACTGCAGCTTGTGCATTACAGTAAACAGGACCACGTCTACCGTGATTGAAAAGCTGGTGTGTTTTGATTTGGGGGAAAGATTATATTAGTAAGATCTTCTGGATAAAAACGAGTAGTGAAATGAGGTTTTTGATCTTTTCAGAGGAAACACTGCTGTTTGAAAGTTTACTGTTTCCCATGCAGGAAGGCAAATTATTTTAAAGATTAGCTCAGTATGTCATCAGCACCCTTTTATATCTGTGTGGGGTGTTTGGTTTTCCTTCCTGAATCCGATATAAGCTGGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAATATGAAACTAAATCTCACCTTTATGTGAGTTTGCTCATTTCTATTGCAAGCTTTTCTTTTCATCACTTACTTTTACTTGTCGACGATGTTTGATGTTGGACAGTCTGCATCATTTCTCCTTTTGTTGTTTCCTTTCCAGGATTTTACATGAAGGTTTTGTATTTTGCTAGATGTACGCGATTGCTGAAATTGCTTCAGTTTGCTACATATCAGATTAGACAAGCATGCTTCTCTCAGGCAAGTGCAGCTCTTAGCTGTGGTTCTGTGGTTTTGGCTACCTACATGGTTTTTACCCTGAGGGCTGTGGGCAACAGATCTGGCTCACCATACTTTAAATCCCTTTTAGGCTGCTGGCACTGTACAGCGAATGAGAGAAAGAAACTACCCATCGTTTATCTATCGGTTGTGAATATCACAGAGTGAAGGCTTTTTTCATTATTGAAATTCATCTTAATTCAGACTGACAGCATAAATGCCTTTTATCGCACAGTTTACAGAGTTAACATGTAATAGCAAACAATTAAATGACCTGTTTTAAATCAGAATATGTTGTGTTTATCTCAAAAAAATCAATACATGTATTTTAAGTAGAAGCTGATTACAGGAGACACCCACAAAAATGTCAAGGTAAACATAGCTTGTACATCAAAACGTATGAAATATTTATACTTTCACAAAATTCATCATACCACAAAGATTTTTATAGTAACATTTATAAAATAATATTTGTGTATTTTAAGTGCTAGTCAGAATAAGTTTATAATAATGGAATAGATGTAATTTCCTTTTTAAGTAAACACGTCTTTTCAATAGTCATACACTTAACTTAAAAAAAATAATCAAATAAAGTGATCATTATACTGAATGACAATTTTGTAGTTTTGAAAATGAATTCCGTCATATTATTGTCAACAAATGATTTTTTAAACTCATTTTACTTTAAAATATTGAACGTTTTCTATGTCTACGCAAACACCAAAAGGAGATGTCTGCTCTTTGACCCACATACTTCAAACCTAAACACGCATAGCAGCTCAGCAACATCTTCACATCAGATGTAGTCCACAAGTTGCTGAGAGTAATATCTATCTTGCTTTTGTTGCCAATTGTATTTAAATGCAGTTTGGGATATAAATAAACAACACTCTTGCAAATGTGCGCCAATTGGTGTTGACGCAAATCGATGCACAATTAAAATGCTAATTACTTCCACCCTAATTTGAATGAATTATGACGCCTTTGGAATTTGAAATTGTTTTTCATCATTGTTACTGCATCATGTATTCACTCACCTTTCACCCACTCTAAACTTGTCATGTTCCATTGCTGGAAAATAGAACACCATGATGTCACCCCAGATTTTTTTCTCTTTAGACTGACTCTCTGACTCACCTGGTGTTAGTGTGGTTTTTATTTCATTCATTGGAAAGATCCACTTTAAAGCGAACCTATAGCTCTGTCTGACACCAACACTAACACTCTAAACCCACTCCCCAGCATACAAGTGATGTAGATACCCATGTAAACACCCACACAACGTGTCAGGCCCAAGTCTGTTAATAGTACTTTTCACTGAATGAAGCCAGCACAACCAAAATGTAGAGCATCTGCACTGCTCCTCTTCAGCATTACGATTGTTTAACTTGTCTAACTTAAAAGTGTGAAGGAGTGGAGTTTTTTTTAGTTTTAACACCTAGCTGAGCTCAGAGTTGAAACGGCTGCTTGCATGGCCCATGGGGACCGCAGCTTAGCTATCTTCTTTACCAGATGAGAAACCACTTCCTATCAGGCATAGAAACAAACTGAGCTATAATCAAAGCTCACATTTTGCTTTATGCTTTACCGCTCTGGATGCGCATGATCGATTGTGACAGAGACGTTTAGCCCTGCATGTGTTTGGAAGATGCATGCATAAGCGAGAATGAAGAAAGGGCAATAAGAGAAATCTCAGTAGTATAGTAATGTGTATGCAGAGAGGAACGGTGACATTTAGTAGGAGTGTTTCAAATCACAAAAACCCGAAACACTTTGGTGTCTGTGTTTGTTGCCATACCAACCTGATATAGAACAACAAATACATCCTATACATTTTACCTGTCAAATATTCCAGACTGTCTCAAACCAGTTCGTTTCAGTCTTTCAACAAATACACAGTAACTGTTACTGTGATGATTCATTTTCAGCTAAGAAAGACGTCATAATAAAAAAGTTACATATTTTGCCTCTGAGCTGATGTGTATATGTACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCCTGTTTATTTTTTTCCCAATTTCTGTTTAACAGAGATTTTCTCAACAGATTTCTACACATTTTTAATAACTGATTTGTTTTATCTTTGCCCTGATGACAGTAAATAATATTTTACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGCAGGCCCGGATTGGCTAATCGGGAGGACCGGGAGAATTCCCGGTGGGCCGGTCCGTTTTTTGGCCGCGAGGGCCGGTATCCCTAGCTCCAGAATCGGTTGCTCTCAGCAGTCACACTTTTTAAATTTATTTATCTAAGTTATTTATTTGACCACAGCCGTTTTATTCATTATTTTACCGCAGCTCTACTCTTTTTATCTATTTTCTCGCAGCTCAGTGAGCAAGTTGCAGCCTGCAGGTTAATGACGATATAACTTGGTCAACATTCACTGAACAGCTGTTATGGTTTGTGGTTAGCACGTTAGTTTTTGACCCCGCAGACCCGGGTTCGATCCTCGTCTGAGTAATTTATTTATTTATTTTTTTCATTTTTATTGTTAAGACATATAATACTGTTAGGGTTGTTGAACATTTGAAGTTCTAAAGCAGTTGTTTTCTCAAAAAAAGACGTGATAGTGTCATTAGAAACTGATTTGGAAATTACCTTATTTTAATATAGTCAGTCGTGAACTGAGGTGGGCCGGTCTGAGGCTTGAAACTCCAGGGCTGAAAAGGAGTCCCACTCCGGCCCTGGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACGAGGTTAATTAGGCAGGTTTGGGCAATTAGGCAAGTTATTGTATAACGATAGTTTGTTTTGTAGACTATCAAAAAATATAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTAATAATTAAGCGCTTATAATCCTTAAAATGTAAATAAAAAACTGCTTTTATTGTTGCTGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAAATATAATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTGTATAGCTTGGGAAGCTGTATGTGTGTATGCACTCTATACAGTACATCAGATATTTTTTTAAAAAGCATAATGTCACAATAGGGTTAGTTCCATCAGATAAGAATTGCTCAATTTAACGAAGTTATATCTTCCCCAGAATCAGGACAACAGTTCAAGTTCATCAGCATCACCATTTGATCAA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Seq C2 exon
AAAGAGGAAGGGAAAGTCCAAGGTCAGCTCAACAACACCGACTCCAGCCAGTACATCCGAGACCTCAAGGATCAGATAGCAGATCTCAAGCACGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000070839:ENSDART00000124947:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.260 A=NA C2=0.677
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]