RnoINT0056972 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002039 | Evi5
Description
ecotropic viral integration site 5 [Source:RGD Symbol;Acc:2322879]
Coordinates
chr14:2991065-3011669:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
chr14:3011574-3011669
Length
20413 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
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Seq C2 exon
AAAGAAGAGGGTAAGCTCCAAGGACAACTTAACAGGTCTGACTCTAAGCAGTACATTCGGGAGCTGAAGGACCAGATAGCAGAGCTGACTCACGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002039:ENSRNOT00000061630:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.031 A=NA C2=0.328
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]