GgaINT0039477 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005935 | EVI5
Description
ecotropic viral integration site 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3501]
Coordinates
chr8:13042654-13053429:+
Coord C1 exon
chr8:13042654-13042749
Coord A exon
chr8:13042750-13053324
Coord C2 exon
chr8:13053325-13053429
Length
10575 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATG
5' ss Score
9.43
3' ss Seq
GAGTAAGATTCTTTTTTTAACCA
3' ss Score
-6.7
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTAAAGAAGAAGTGATGGCAGCACGGCTCCGTGAGGCAGACAGCATAGCAGCTGTGGCTGAACTCCAGCAGCACATTGCTGAATTAGAAATCCAG
Seq A exon
GTAATGAGTGATGATACTAAACATGTAGCTTCATACTCCTTACTTTTTGTACTTTTTTTCCTGTCCTTTTGCTTACTTTCTTTTTTTAACCTGTTGTGAGTACAAGACAGTACTTGCCAAAATAGGATAACGCTGTCTTGCATAGTTGTGCCTCCTTTATAAGCTTTACCTTCTGGGCATCCTGGTGCCCAGGATTTAATAATTGTTTCTGTACGAGCACCACATGCCTTCTCTTTGCTTTTACTTGTAATCAGTAGTTTTCAACACTATCTCAGGTTGGAAGCATACTATCAAAAAAAAAACCCCACATTTTGATTTCGGCAGACATTCTTGTCTGCATGTAATTTTCTGCTATGATCAGTATAGGACGATTTGTTGCAAAACTTACATCCATTATTTACTTAAACCAAAACTTTTAATACTACATATCACTGTAGGATCTGAACATGCATTCTGTAGCCCTTGTGCTGTTCCTTGTACTGTTCCATTTTTTGTCTTATGAACTCACTGCTCCATTAATGAGAGAACCCTAAGTGATTTCTATTTTTTTTTGGCTTGGAGAAATCTTGATGGGTTACTGTAGTCAGTCTTTCATGTATTCATACACTGTCTCCCTACCTGAATTTTGTTGCCTGTCCATGAAGGTTTTCTTGATTATTAATCCCAGATTCTAAGCTATTTGTTACCTAATTTCCTTTCTTTTTTTTTTAACTGGCAATGCTAGTGTCTGATTTCCTTCTGACATCTGTTTTTCGAGATGACTTCATTTTATGGTGTCAAAGCTCAACTACTTGTGTTTTTTTTTAAATCTTCATGTATGGTATCGCTTCATAAAACAGCTTTTTGTTTCTTAACTCTTGGTTACCATTTTGCTAACAGCATGAGGAACATGTCAAGTAACATGTTTGCGTATTGTTTCTATAAGATCAGCTTGTTTTATGTTGATTACTGTAGAAATAAATTTGATGGAGTTTGCATAATGAATTTTCACTTTGAATATTTTTTCCTGTAGTGAAGCAGGCATCAAATCTATTAAAGATAAAGCAATCACTCGATCACATAATGCTTAGATAATGCTGTGATGAGTACATTAGAACTACTTAGATAAGTTAGTATTGCATATGACTCAGTTATCTTCTAGAAAGATAATAAGAGAATAGCTGAGTTCAGGTCAGTCTTTTTCTTCTATGTTAGCAATCTATCATTAAAATAGTTGTTTTTTATTTCAAACTATCTGGTTTTGCAGGTGAGGAAACAGTAGCCTTAATTGCTTTTTTCTACTTTAACATTGGCTCTAAATGACATCCTCATAATGTTCTTTGACTATAACGGATCTTCCAAAAAGTGCAATAATTCTGGTTTTATGAAAGAGTATGCAACAATCTCTTGGTTTTTTTCTCTCACTGAATTAGAATTGCATTTTTTTTATGTAAACAAGTCTATTTTCTATGGATTGACTGATCAAATCATCAGTGCATAATCATCTTAGAGCTCTCTCCTGTTCCCTATCCATACTTCTACCTAAGCTACGGGTGTCAGAATTACATGCAATTTTTTATAATATCATGGGCATTTAAAGAAGGTAAGTGCTAGAAGGATAATGTCTTTTGTAAGTCTGCCTTATACATGCAAAGACTTCACTGTCCCTGTTTTGTCATGATATTTCAATCTCATTCACTTGTTTCTCTCTCCTTCCTTTTAACAGTCACTTATTTGCATGGTGCAATCTTTATTTTTTTCCACTTTTCTCAATTTCTACGTTGCTTTCTTTTGTCTCCTACTGAAATGCATTTCAATTTCCAGTCTTTTTTGTCATCTTAGATATCACCTGTTACTGATTTCTTCATCTGTAGCCTCTTAAGATCCTTTGTTTTCTGTACAAATGAGAGTGACTGTACTTTGTGTATAGTCAGAGCATGAAGTCATTCTGTGGTTGTGGTATGTACCTAGGAGTTTCCATGTGAGAGTTTGGTGAACTACTGATCTCAAGCTTATATTAGTCTGAAATATAGCTTGTGTAATTGTGCATTACATGTTTTGATTGTTGACTTTATACATACATTTAAAACACCAGTGGTTTAATAGAAATAAGTTCCTCTTATGTCTTTCACACTGCAGGCTTGTCTTGAAAACTTCCTTTTGTGCTGTGAAAGATTGTGCTAATAGAACCTTACACAAATGGATATTTGGCTGGTGTTTTGACATCAAATATGAAACTTAAGATCAAAAGATCCTCTTAGGTGCTCAGGCTCAAAAGCGTATGAAACATCTGCAACAACAACAAAAGTACTAATGGAGTTGTGAAGTCTTTACTTTCAAAGCTAGCAAGCTAAAACATGCTATTGATACTACTGCTTCAACAAAACCTGTTTTTTAAGGAACCAGAAAGTCTCAATATGGGGATGAGGTACTAGATAACTTTTTCCTCATGGGAGAAAGAGCTGCCTCATTCTTTTCCATTCAGCTTGCCACTGGAGTGCTGTGACCTGATGTCAGCAGTGGACAGCCTTTTAATCAAGGCTTGCCTTAATGACTTGAAATACAACATTTAATATAAAGTGCATGTAACTAATCTTGGAGCACAGGTGTCTCGAAGTGGTTATGTTGAATAAGAAGCATCGTAAATAAGTCTGCTTGTGATTATTTCTAAGGTGATGGAGCTTGCCACATAACTTTCACTTTTTTGTGTTTATGGGAAACGGTGATTTTGTAGGAAGCAGGGGAAAACCTAGGAATTCAGTGCAAGGTCCACATGGTCCATAGCAATGTTTGACTTAATATTTTTCATTTTAAATGTTTGTGTAGGTGTAGGTGTGAGACACTGGCATTAACTTCTACAGAGTATCACTACTCCCACATATGAACTGTTCTGACATAAATGCTAGATTTAAATCACAGTTTGAGGTCACTCTTAGTTTTGGTTAATAATAAAGACAAAGAGAAGGAGGTAGTTCTATCATTTAATAGTGGGTGAAACTTTGTAGGAAGATCTCAGTTCACTGATATTAAGTAGTTATTTTTATGTATTCTGAATGTCTTTTTATCTTAGACATTGAGTTCTTGATGCTGACCTGTTAGACTTCTGTGTAGATGTGTTGAAATGCGAAAATAATCCATGGACATTCTTAATCAAAAAAGTCTGAGACATCCCTTAATGATAATAACATAATTGGAATGCCTAACTCAGAGAGGTGATGCAGAAAAACCTTGAAGCTGTGTATAAGCAAAGGTGTCCTTTGTCAGCTGTTTTTTTCCTCTGCTCTTTTATTTTCCCTTACCAGCTCAACTCATAAAACCCTTAAGAAGCAAGCATTGCATCAAGTGCTTAGCAGGCTTCCCAGTTTTGAGTGGAATACTTTACCTAATCATTAAAAACGAAATGATATATTTCTAGATGTATAGGCTGATAGCTGACTAGTTTTGGCCAAACTATAGAATGCATGTCTCATTTCTATGAGAAAGTGAAACATCATATGAAGAGAACAGCTTATCCCCAGTATGGAGGTACAAACCCCTTTTGTCTCATCCTTTTGTAAGATACAGGCAGCTAAGACCAAAGAATGGATATTCTCTCTTTATGCCTGTAGTCCATCAGTAAATCCCTGGGTTTTCTTCCTCAGGGAATAAATCTTTCTTGTTAGCACTTGATCTGGTATAATAGCTACAAGCTGCAACAAGCAAATTTTTTAACTCCTTAATATCAGCCTTTAAAATACTGTTACTTCTGGTTTGTCTCTATACTTCTTTATAGCTCTCAAGAAAACCTCTCCCAAGCCTCACTAATCTTCTGGTCTGTAAGAGCAGATGTTCCTTCTGATCATGTATAGTTGGTCCTGTTGGTCATTCAACACTGGTGGGATTTTTGTTGTTGGCTTTTTTTAAGCTTTCCTTGTAACAGTTGAAGGCAGGACAGGCTAAAAAAAAAAAAAAGAGGGAGGAAAAATGTTTTTGGAGAAATTCAGGCAAGGTTAAATAAGTTGCAGTTACCAGTTAATGTCAGTCAGCTGGCCAAGATAAGCATGGTTCCAGTGAAGCGTGGACACTGGGGAAGCAGAGCTGGAAAGCTGTGGAACTCTCTGCATTTTAATCTGTTTCTCTCCATTTCCATTCAGATTACTGACTTTGCTATTCTCCTAAAATAGTCCATGACTAGTTTAAGATGTGGAGATGCAGAGCACATTTCTGTTATAGAAAACTGGTTTTATGTGTGAGTAATCTCAATAGGAAAACTCTTCTGTTGGTTAGGTTGATCTGGTCAGGGGAGTAACATCACTTCCTTCTTGGTGTGTTTCCTGGCAGATTCGGAGAATTGTCACATTTACCCATATTTAACCATGTCAAAGCTGCTTTGAGAACAACTGTAAAGGAAGTCCATGATTGTGCTAGTTCTCTCTCCCACAGTTAAACTTTAGCTCTGTTTCACTAGAATGAAGCCTTTCTATGGCCTCTGTTTAATAAGTTTTCCAAGTAGTGACTGCTGAGTAAAGAAATTGTTTCCATCTTTTCAAATTACAGGAAACGTTTTTTCTCTTATCAATGTTGGTATGTGATGTTGGTGATGTGTTTTTTGAAAGTTTAGAATGAGTCACTGTAAAGTCACTGAAAGGACACTAGTTACCACATTTACCCTTCTGAATAAACTCATTTACATCTTAGTGCTCCGTCTTGCCACAGAGGTAAGAGTTTAAAAGCCTACCATGAAAAGAGGCTGAGGTAGGTTGTTACTAAGTAAATATTTTTAAAGGGGGGTGGGGGGGGGGGCAATCAAGGGTATTGAGGAGATTCCTACCCCTTAGATATTTTTAGTAAAGCTGATAGATTATTATCTGAGAAACAACTGTCTCGTCTCTCTTCATTTTGACTGCCAGTAAAACCACTGATTGGGGTTTTGTTTTTCATAGTTATTAAAGTGAAAAAGATCCCTAGATATTCTCTTACTTAAATGGTGTAATTTCTGACATTTATTTTCATACTCTGATCATCAAGAGTATATTGGAAGA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Seq C2 exon
CCAAAACAGAAAGAAGAAGGGAAGATTCAAGGGCAGCTTAATAAATCTGATTCTAACCAGTATATCAGAGAACTGAAAGATCAGATAGCTGAGCTGCATCATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005935:ENSGALT00000009552:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.297 A=NA C2=0.664
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]