DreINT0066742 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016156 | fam53b
Description
family with sequence similarity 53, member B [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2495]
Coordinates
chr12:46914202-46921771:+
Coord C1 exon
chr12:46914202-46914860
Coord A exon
chr12:46914861-46921055
Coord C2 exon
chr12:46921056-46921771
Length
6195 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAC
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
CTGTTGATTTTTCCCAACAGAAG
3' ss Score
9.93
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTCTGGGCGCTGGGCAGATGTTGGGAGTGTGTGTGGCGTCCAGCAGCGGCCTGTGGGCTCCAGTCTGGAGAGCCTGTGGGACAGCATGCGTGAGGCGGGCGCCACTGGCGGCATCAGCGGGTTACTGCGGGATCTGAGTCTGAGCGAAGCGTCTCCTGCCAGTGCTGCGCCGCCCAGCAAACGCCAGTGCCGCTCGCTGTCCTGCTCGGATGAGCTGGGCTGCCGCTCATCCTGGCGTCCGCAGGGTTCGCGCGTCTGGACAACGGTGGAAAAGCGGCGCTGCCACAGTGGAGGGAGCGTCCAGAGAGGAGTCTTCAATCCATCAGGCTTTCCTGCAATGCAGCGCAGCTCCAGCTTCAGTCTGCCGGCGCACAGCAGTCATCTGGAGCCCTTCACTCACGGTTTCCCATTCCAGGCATTCTCCGAGTGTCCGCAGACGCCGCAGACGCTGTACCGTTCACATGAGCAGATCTGCCCGGCGGAGGCCAGCTCCCCTGAATCCACCCCAGAGCTCCAGCGCCGCAGCGGGCAGAGCGGACTCGCACGCAGCCGATCACAGCCCTGCGTACACAACCATCAGAAGATCGGCGTCAAGCGCAGGAGACCGGCCGACTCGCACAAACAGAGGCCCTCGCTGGACCTGCTCAAGATGACACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAGCTGCAGGATTTTCACAGTCTCAGCTGTCCAGGATTCAGCGGCGACGACAAAACTCTGCCGTCCAGCAGCCCGGCACTCCTCAACGACACATGTGAGCGTGCTCAGAATGACAGCTCAGCGGATGCCCCCATCCACCAATCAGAGAGCAGCTCAGAGGACGCCCTCATCCACCAATCAGATAGCAGCTCAGCGGACGCCCTCATCCACCAATCAGAAAGCAGCAGGCCCGCAGGAAAGGAGCGCGAATGCTTGTGGGCGGGGCTTTGTAGCAGAAGGGGCCGGGACTTATTCCAGCTGGGCGGAGAACTGGATATCGAGCAGATTGAGAGGAACTGAGAAGCATTTCTTGTTGGATTATTATGGGATGTACGCTTCAGTAAGTGATGCAGGACACATGTAATCGACTCAGGGTGAAGCACATGGAGGACGTGATCCGAGCTCCGTGTGGCGCAAGAGAACACGCACACATTTAGATTAGCAGAGCCATTTGACATTATAAAAAAAGAGATACGACTCTGACGTTCACACACACAGACATACACACACGTTAAAGGGCTTCAGATGTGTAACAGTAGTAATATCAGGTAATTCAGTTCCTCACTGGTGAAAACAAAGCTATTAGATCTATTTTTGTCTTTTTACATTGAATAACTACAGAAGTAAATGTACTTATTTCTCTACAATAAACAGCATTGTAATGTGTTTGTAAGAGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016156:ENSDART00000008312:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.381 A=NA C2=0.652
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF152421=FAM53=PD(77.6=69.1),PF152421=FAM53=WD(100=37.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]