Special

RnoINT0058700 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
family with sequence similarity 53, member B [Source:RGD Symbol;Acc:1310799]
Coordinates
chr1:204717833-204762505:-
Coord C1 exon
chr1:204761727-204762505
Coord A exon
chr1:204718404-204761726
Coord C2 exon
chr1:204717833-204718403
Length
43323 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AACTGTCAGACCTTCAGCAGCCTCAGTTGCCTGAACATGGGGGTGGACGAGCACAGCTCTCAGAGCCCCTTTGCCCTCGTCAGCAGTACCCGATCCTGGACCGCATTGCTCTCAGCCTCCAGCCCAGGGGGCAGGACTCCCGCTGGGACCCCAGTTCCTGAGCCTGTTCCGGAGCCTGTCCCCCACTCCTTTGATGACCAGTTTACGGGCCAGGAGGACCTATCCTGTGATGAGTCAGATGGCTGCAGTCTGGATGAGGATTGCTGCAGGAAGGGGGAGCCGGCCACAGCCTGGCGGGACAGGGGAGCCTGCAGGAACAGCCTCTGCTCTCTGGACGGCGAGCTGGACATTGAGCAGATAGAGAACAACTGAGGGCCATGGCCATGGTCTGGGGAGGAGGCTTTCCTCTAGGCACTCCAGAGGGGCTCCTGGCTCCTGGGTCTGGCAAAAGCTCCCCGAAAAAGGAGCCCAGCCATTTTCCAAGGAACCAGCCAGCACCCTGCAGTGCCCAAATTTGTGAAGGCAACTTGGCTACACCTCACAGGCAGCAGCTGGCCTCCCACCAGTTCCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000061348:ENSRNOT00000077956:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.464 A=NA C2=0.358
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF152421=FAM53=FE(85.5=100)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
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GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]