MmuINT0061814 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000030956 | Fam53b
Description
family with sequence similarity 53, member B [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925188]
Coordinates
chr7:132712082-132760167:-
Coord C1 exon
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Length
43386 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
AACTGTCAGACCTTCAGCAGCCTCAGTTGCCTGAACATGGGGGTGGACGACCACAGCTCCCAGAGCCCCTTTGCCCTCGTCAGCAGTACCCGATCCTGGACCGCATTGCTCTCAGCCTCCAGCCCAGGGGGCAGGACTCCTGCTGGGACCCCAGTTCCTGAGCCTGTTCCCCACTCCTTTGATGACCAGTTCACCTGCCAGGAGGACCTATCCTGTGACGAGTCAGATGGCTGCAGTCTAGATGAGGATTGCTGCAGGAAGGGGGATCCGGCCACATCCTGGCGGGACCGGGGAGCCTGCACGAACAGCCTCTGCTCTTTGGATGGCGAGCTGGACATTGAGCAGATAGAGAACAACTGAGGGCCCTGACCTGGGGAGGAGGCACTCCTCTAGGCCTTAGGTCACTCTAAGGGGGACCTGGCTCCTGGGTCTGACAGAGGCTCCTCCAAAAAATGGAGCCCACCCATTTTCAAAGGAACCAGCCATCACCCTGTAGTGCCCAAATTTGTGAAGGCAACTTGGCCACACCTCACAGGCGACAGCTGGCCTCCCACCAGTTCCATGGAACTACTGTAGCCCAAAACAGGTTTTCGGTTTGGTATCCTCCTCTTTGTTCCTTACGGAGTGCTGGGTAGCCACCATTTTCCAGTAGGGCTGGGCCAGCTGCACCCTTCAGGTAGGATGCCGGGGGCCTGAGCCCCCTTATAGCCTTGCTCAGGTTCCTTCTGGGGAGTTACCCAAAGCCTCCTTTACTTAGTTTACTCCGTGCCTTCTCTCCCAGGTCTCCCTGGCCCAGGCTTGGGAAGGTTCGGGAGACACCTCTTGTAGTGACAGCAGACCGTGTGGCCTTAATCCATTTGGGGCACTGGCAGGGATTCTGGGATAATCCATGTCCCATTTTTCGGGATCAGGGGATAGTTAGGAATGACCAGAAGCCATCCATATTGGGTAGGCATTTGGTGGTTGTGTTGACTGAAAGGTGGGCCCACCAGCTCTCCCATGTCACCAAGAATCACCCACACCTCTGCCACCTCAGGGGCTGCCTTGGCAAGGCTGACATTGGTAGCCTTCCTTCTGTCCCCAGTCCCTGAGAGCTGAGCTCAGTGAATTCAGCTGTGTATAGAGATGTCAGTGGCAAGATGACCTCTTCATAGTGTCCTCAGGATCTACAAACAGGTGCAGAAGTCTCGGCCCTGTGTACATTCCTGGGTAGAGGGATGTCTGCTGGCTGCTTTGCAGGCTAGCCACTCTGCAGGCTCCTCTCTGTAGCAGTCTATGTTGGGGGCCTGCAAGCCTCCACCACATTCCTAGCACATTGTTGCTTGTTCACAGACACTGCTGGCTTTAATGAAAGCATACCACCGTTGGCTTCAAGACACCCCCCACCCCCAGTCCACTGATGTGAGCCTAGCCCCAGGCTCTCCTCTGCAGGCCCAGCCACAGCATGGCTTGAATCACACTCCCCCTTGCAGCTCCTCACTCCCAGCATAATTCCCAGAGGGCATCCGTTCCGGCAGCTCCCCTCAGTCCTCCCTGCAGACATGCTACAGGGCTCTGCACGCTGGGACTCTGGCTTTTAGCAAACTTGGCATCTTCTGCAGACAATAGCAAGTGGGCTGGCTTACACAAGTGGCTTGTTTTCCCATAAGGCTAAAAATAACTGGTGCATTCTCTTGGGTTTGCGGACATGTGATCTAGGCACATTTGTAGTTGCTCTGCTGTGCCTACCCTCTGAGATTTCACTGTCTGCTGGCTGAGCCCAAATGGCTGTTACCTTTCTCCTAAAGAAAGACCTTGATGGGAACCTTTTGTTTCAACTTTAATTTGTCCATACACCAGAAGAACCGAGGCTCAAGTTCTGATGTATAAGGCAATGTTTCTCTAAAACCAGACCCAAAGTACAGGAAGCCCCGCTCCTATAACCCCAGGTTGGGTAGCCTGGTGGGTCCCTGTGGTGGTGGTCGGGGCCCAGCTGGCCTTGGGGGCACTGAGAAAGCAAAGTAGAAAGCTGGTGGAGGCATGACCTACAAGCCCTGCCTGGTGGATCACAGAGGAAGGTAGTTGAGAGGGCGTGGGATGCACACCCCAGTGCCCTGGTTCCCAGAAAGCCCACAGTGAGGGATTCTGTTATCTGAAAGAACTTTATGGTCCCTAAAGCTATTCCCACTCCCCCACCCCCCAGGAAAGGAGAGGCTGGGCTCTGTCCCCTGGTCTGCTTCACACAGGCTGTTAAGGCCAAAGCACAGAACAGTTGCCAGCTGCCTCTCCTGAGGACTGGGACCTGAGCTCCTGGTGGCAGGTGTGTGTCTTAAGGCTGATGTGTGGCCGGCTTGTCCGTAGACTAGCTCTCTTGAGCCTGCTGGCGGAAGGACAAACAGGAACTTGCTGAGTGACAGCTTCATCTTTGCTTCCTGCCTCTAGGAGACTGTTCCCTGGGCGGCAGTACTCCAAACCCGGGGTGGGGGTTGGCCCTTTGCAGTTTCCTCAGGCTTTTCTTGATGTCCCTGTCCCACTAAGGCCTCAGTCCAAGCACCCAGCAAAAGCAGCCAGAAAAGATGGTGGTAGCTTTTCTGCCTAGTGTGTTCATTTGCTTTCTGATGTTCTTTTCATCAAGTAAAGCAGGTTTTGTCTAGAAGGTTTCCAGTCAGCTTTCAGCAGTTGTGTGACCCAGACAGACCCATTCATCCACCCCATTCACTGGCCCCCAGACCTCTGGTCTTGGATCTCCTGGAAGAAGGTTCACCTGGGAGGTCCACTCTGTCTCCTGTGTGCGTGGCAGCACAGGCAGCAGGCAGACTGGCTCACCCGAGTGCCACACCCCAGAGAAGCTGAGGGTGGGCTTCACCACTCACCTGCCTAGGCAGCCTCCACCAAAGCCGACTGGGCCTCTTAGCACGTGACATCCCGTTCACTCCAGAAGCCACTGAACCGACAGAGTTGCCCTAAGCCGGGTACCTGACCTGAGTTCAGGGTAGCAGCCTAGACAGTTTACATGACTGCCCACTCCTGCCTTACTCCTGGGTGGTGAAGGTAGAAGCTGGCCAGCACCACGGGCTCCCTTCATGTAGGTCCATGGAACTTGTTCTGCCCACACATGCAGATGTGTATTCTCAGAAAGCCTTACTTTAAAAAAAAAATTTTTTTTTGTAGCAGGAAAGTTTTCTAAATTTGTATGCAGAAAGTTAAATAAAATGAAGGCCCACATTAAACAGGACATGCTCACTCCCCCAGTTTCTAGATGGGTCTCCTATGCAGACCAATGGCCATATTTTATTATGGGTTCATTTAGTGTTCACAGCAGTTAGAACTCACCCCTGGATCCTGCAACCCATTTCCACTGATGTGGTTAAAATTACTTGAATGATGGCCACTTAAAACGTAAGCCAGGGGCCAGGGCTCAGGGACGCTCCGCCCATACAACCCATGATGCTGCCCCTTGCCATGCCCATGCTGCTGGTCCCACCCCTGCCCCTGGTGCCAGGCCTCTGAAGGAGGCAGAGAAAGATACTCTAGAATTGCAGACTGATGGAGCTCCTTTAGGCTAGATAGGATAGCCTGACGTAGCATAGTCTCATTGGCAAATGAACTGCATCGTCAGTGTTTGGGGGCACCCAGGGGTCAGGGACAGATGAGCCCACAGGCCGTGCTAGGGCCACGTGTGCCGTCCCAGCCAGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGTACTGTTTGAGGCAGTGTGGTGAATGGCGTGGTGAGCCAGAACCCATCAGGGCTGCAGCCTGTAGGCTGCCCATGCTGGGTCTGCTCGTTAGCACCACGCACCATCGCCTGCCTCCCCCCCTGACAGGCCGTGACTGTCTTGCACTACAGCCACTCTAGTCTCAGGAATTTGCTTGTTCCTTTTACTGTGTAAATAAAGCTTCCTGGTCCAACACC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000030956:ENSMUST00000097999:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.480 A=NA C2=0.292
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF152421=FAM53=FE(85.5=100)
A:
NA
C2:
NO
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types