DreINT0067451 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000087398 | fbn2b
Description
fibrillin 2b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090112-3]
Coordinates
chr22:4225545-4236388:-
Coord C1 exon
chr22:4236290-4236388
Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
10649 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
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3' ss Score
7.64
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
TCCAGTCCTGCAGCGTCAGATGTATGAATGGTGGGATGTGTAATGAAGACGCCTGCTCCTGTCAGAAGGGATACACAGGAACTCACTGTGGACAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000087398:ENSDART00000125302:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF126612=hEGF=WD(100=39.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]