DreINT0068488 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000051768 | fhod1
Description
formin homology 2 domain containing 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110623-4]
Coordinates
chr7:34281853-34288238:+
Coord C1 exon
chr7:34281853-34281959
Coord A exon
chr7:34281960-34288173
Coord C2 exon
chr7:34288174-34288238
Length
6214 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGAGTAAGA
5' ss Score
4.36
3' ss Seq
ATTTTTTTATTTCTCTACAGAAA
3' ss Score
10.44
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTGAAGAGTGTGCACTGCAGCTGGCTTCCAATGGAAACTACCTGGATCTGGATTCTTCACTTGCTGAACAGAGAGATGATGTGGAGCAGCTCTATGATGACGTGGA
Seq A exon
GTAAGAATGGATTTCACATCTTTTATTTCTTTCCCCTATTTATTTTTCCCCCTCTATAGCTGTCTTTGCTCAACAGAGATGAAAACTTGCATCAGAGATTCAACTTGACCTGAAAACAACTGGTTTGATTTGTTTCATAACTGAGAAAATTTATATTTTATTTATAATTTATATATTTATAACTAAATTCATTTGCATAAAAAATTTCTCTCCTTTCCCTTGTAATAAAGTCATTCATTTTCTTTTGCGCTTGGTTCCTTTATTACTTTGGGGTTCCCATAGAGGAATGAACCGCCAACTTATTCAGCATATGTTTTACGCAGCAGATTCCCTTCCAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAACATTCATACACACTCATTCACACTCATACACTACGGACAATTTAGCCTACCAAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCAAACGTGAGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAACGCCAGCTGACCCAGCCAAGAATGGAACCCGCAACCTTTTTGGTCCTATTTTTTGGTACCTACTGTGCCACCGCGTCGCCCCCTTGTAATAAATTATAATGAATAAACTGTTAACAAAGCGTTTGAGATGGGAAGAAAGATCAAAATAATCCTGCAGAGTCTTAAAGTGTTAAATTGACTTAAATTTCAAAAACAAAAGTTAAGGTCTTGAAGAAGTCTTAAATTTACTGAAATATTGTCTTGTAGGTCTTAAATCGTTTTAAACTGGTCCTAATTTCCTTTATTGAAAGCTACCTAATCGAGCCAACATGCATCCAATCACCAACAATCCATCTCAATAAGTCAAGTTAAAGTCAAAGTCAGCTTTATTGTCAATTCAACCACATGTACGGGACATTCTGAGAATTGAAATTGCGTTACTCTCAGAGCCTATGTTATATTAACATATAATGTTAATACAAAAGGTAGAATTGAAAAAAGAAATTACAATAAATACAATTACACATTAATATAATCTATAAATATAAGTAAAAATAAAAATGTGTAAACAATACAATTACACTTAAGGGCACATGGCACAGTGTAAACCAGGGTTGCAGATGCAGAACAGTATATAGTGTAAAAAGCTTATAAATATGATAAATTTGATAAAGCGACGGTGTCTTAATAATATACAGGGAGGTAGTATGAGGCAACTAGCAGTCCAATGTTACACAAAATGTTAAAAACATTTAATCAAACTATATTTATAACTAATATTACAAAAGTCTGTTGTGCATACAATTAGTTTTTAAAGATTTTTTATGTTTTGTTGTGATGAAAAACATATGTAGACAACTAGGGTCTGATTGTTTTGATGCAATATTCAAAATATGTGGCTAAGAAATAACTAGAATGAATTTAATTTAGTTTTTAGATGGGGCAAGTTTTTTTTTTTTCTGCTGGGCGAATAAAAAATCCTTTATAAGTTTGAAATTTCATTCTTCATGGTCTTGAAAAGGTCTTAATGTCTTAAATTTGACTTGGTGAAACCCGCAGTTACCCTGAGAAATACCTTGATAAAATGGCATTTATGTAGGACAAACTAGTTAGTCTATTAAATATTAAAAGTCATAATAAAAACTATAATCAGGTGTTTAAAGTCTCAATTCTTTCAACTGATTGTTCTTGAAAGACTGTAGATTTAGTTTCAGAGGCTTTTAAACGTGTGTGCCTTCTTCTTTTCCTCCCTATTATTTTAACGAATTGGAAAAACATGAGAAACAAATCCATAAAAGTGAAGGAATATTTCCATTCTTGGGTCCGTCAGAGATCTTAGTCATATTCTAAATCCCAAATTTGGAGAATCGTTCACAAGGTGAATGTTACTTGCTCGCACTCTCACACAGATATTCTTAGCGAGGCCAGAGGGAAGGAGTGGACAACATTAGTCACAGACGCTGGGAACGTTGGCTTTATAATGATAGAGCATTCAGACTGGATAAGAGAAGCTTGCAACACTGGACTGATAAATCTGTTTCCTTCAGATGTGCAACAATGTGAAGTTTCAACAAGATTTGACCTCTGGGGATTTTATATTTTGGATGTTTGGACTGCATTTAGAATGATCTCTCAAAAGACAAAGGGTAGTTTTTCAGAAAAGCCCTCTTTCATGTTGGTGTCATCAGACAGTGACAAACATTGGGTAACCTCAATGCTCTCAGATCTAAAAAGTCAACATACTCTTTTCAGGACAGAAAGAAATGTTTTGAGACTTAAACAGTTGTTTTTGGTTTGTTGACCTAAGAATAAGGAAGTTAGAACTTTGTTTCAGATTGTGATGATGTAGCTGCCTCATTGTACTGTATGTCCTGTGGGACACTCGCGCTGACTCACGTTATGTCTAAAATCACACACTTCCCTTCTAAGCAAAAATAGTTCATAAAAAAAGTATAGCTTTTCCACATCAGTGGTGCTCATGTCACGGCAGCTAAATATACATGGAATACTGGATAGTGAGGATACTCCCACAGGGTCACAGGAGATGATTTGTTATTGTCAGTAGAGACAAGCACCTGATTTTGGTCGCATAATAACATTTTGTACAATATGACAAGATGATGAAGCATCTTAGATCACATTCATACAACATTTATTCATGCTGTTCATTAAATATATTTAATTGGTTATGAATCAATGCTAATCAAGCATCTTCTCAGACAGTATGTGATTTTGAATATAACCAATTGATTTTAGTCAAAACACTAGACATTATAATTTGTAACTCTTTATTAGTTTGGCAAATTGATGGGCAATTCACATGAATTTGTGCAATCTCATTAGTAGTTAAACTTGCACAAGAGGTTTGGCAAGAGGAGAATGGTTGTGCCCAACTGTGCCTGGTTTTTCTAAAGGTTTTTTTGTCAATTGGTTTCGTCACAAGTTTTGTTCCTCACCACTGTCTTGCTTGGTTTGGGACTTTTAGAGTTATGCATCGATGGATTTGCTCTTTAGTATTTGGACTTTCAGCAGTGAAATTTAAACCACACTGAACTGAACTTCAACTCTGAAGTCTGGACTGACAAAGTTTTTATTTACTAGAACTTCAATTGTCTAGCACTCCTATGTTAAGTTGATTTAATACAATCTACATTGTAAAAACTATAGAAATAAAAATGAATTGAAGTTATATTTCCAATATAAATAGCATCATATCGTACAAATTCATACGAGATCACCACCTTATTAATGGGTTATGTTTTTCACAGTCCTTTTATTAGATTTAAATTTAGCAAGTGCATGAGAAAAGGGCATTCTACGGAATTAGTCTAATTAACATGAAACAATCCAAATACAAAGTAAATACAGGTTACAATAATATGCAATAAATCATTCAAAATATTGTTTGTTAGTTTCTAGTTAAAACAACTACGTCTGTGTCACTCCATCTTTAATTTTTATGAGATGAATTTGACTGCATGACTGTAAGGTCTGAGAAACAGTGACGCTGTTTTTCTTTTCCTCTCTGCTGCTCTCTGTTTCCCCTCTGGCTCACTCTTGGTTTCTGGTGTGAAATGGTCAGCTTTCCTCAGAACTGCACAGATTGTTCAGCGTGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTCTGCGTGTCTGTCTGCGTGTCTGTCTGCGTGTCTGTCTGCGTAACTGTCTGTGTTTATAGACTTATCTCATTTCAGACTTGGACCTGCCATTGTTAGGTAGGTGTGTCTGGAGGAACAAAGTAAAATCAAGAATATAAATATATTTTTGTACATTTGTAGTCTCAGTTCCTGCATATCCATCCAATTGTTCCTTTGACCAGATATAACCAAATCGAAACAAACATTTCTAATTCTGTTATATTCAGGAAATTACTCTGTTCTCTCTGTGTTTGTTTTTGTCTTTAGCTATATAGATTCCCAATTTGTATTAGAGTTCAAATATTAGAGTTCCCCAATTTGTGTTATTTGTTTTGTAAACTAATGTCAGTGAATTATTTACAACAACTATATTCTATGGCATTTCATTAGGAAACATTTTGTTAAATACTCAGGCATTCTTAAAATTTGGATGTAATCCAATATTTTGCATTATGCAATATTACTTCCTATTCTGGTGAACATTTATTTTATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATATAGCAGTTAAACAGACAGTAAAGCTAAACTGTCTATTTATAAAAACAGTTTATTTAACCATATAACATGTTGATTTGATCAAATATTTATGTTCATTAAGTCATTTGATGTTGTTCAAAAAAGAAAATTTTACAAAAAACACTTGACATTCGACATTTCTCTTTCAGTAGACATCACATATTAATGGTGTCCATAATGTGCCTGCAGATGAATAAACTCGTAGACTGCAGTGCAGACAGTGTTTGGAATGAAGCCATTTATTCTTAAGAATAATCCTTATTTATTATGCATATTATATAATTCATTATACTGCACAAACTTTGCCAAACTCTTAAGTAGGAGGTCTGTGTCCCCCTGAGTGTACTATCTATTATGACAGGTACCGGTTTCACTAAATCATTTATTAGGGTTGCTTAGTAACACACAGTCACTGGACCCAGCAAAAGACGAGGGATTTCATATGGGCAGAGCCAGTTTGTCAGTATGTGATCTGACCGCGGCTTAGGCTGACAGTCTCAGAATACACCGAATAGAGCTGAAACGCCGAACCGCAGATCTAGAACTCTGAGTCAGCTTAACTTGAGGGATTGCATAACTTGGGTCTGTAATACTACTTATACCCAGGCTGTTATTTGTGGATTTGTTCAGCCTTTTTCTGCAGAACCACTTTATTTTCTGTTTATAAAGAGCTGAATTGTAACAGCAAGTACACTGCGTTGTTAATTGTAATTGTGCATTACCATTCAAATGCTTAGTGTTAGTACAATTTCTCTATTTATTTGCTTGCATTGATGCTTTCATCAGAAGTGCCCTTAAAGAAATTCAAAGACTTT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Seq C2 exon
AAAAGGAAAAAAGCCCATCTTGATTCTCCGTACGCAGCTTTCAGTGCGAGTTCATTCTATTCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000051768:ENSDART00000073447:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]