DreINT0068540 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060393 | fibcd1
Description
fibrinogen C domain containing 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070424-245]
Coordinates
chr5:33466438-33474635:-
Coord C1 exon
chr5:33474456-33474635
Coord A exon
chr5:33466707-33474455
Coord C2 exon
chr5:33466438-33466706
Length
7749 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAC
5' ss Score
7.29
3' ss Seq
GTGTGTGCACATATACGCAGGCG
3' ss Score
5.08
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTGAAACAGATCCATGCTCTCTCTATCCAAGGAAACTATGAACTGCGCATTGATCTGGAAGACTTTGAGAACAGCACAGCTTTTGCACAGTACGGTGTGTTTGGAGTTGGGCTGTTCTCTGTTGATCCAGAGGATGACGGGTACCCCCTCACCATTGCTGATTATACTGGCACTGCAG
Seq A exon
GTACACACATGCATATTTACATAATAAATACATAAAACTAAAGATAAAGGGTCAATATCTTGAATATCCTGAAATTAGTATGCCTTGTTGAAATCGCATGCTTTATATTAAAGTAACTTTGAACAACCCGCTATGCAAATCAGTTAGGAAGATAAAATCTCTGTCAACACTATTAAATGCTTAATCATTCAGATAATTGATCCATTTCAGCGCTTGATGGCATACACAGAATATTCATGGCACTTAAGAAACTGTAAACACTCCACAGCTCCAAAAAACACAAATTGTATCATGCTCCCTTTGCAAATCAACACACAACCAAACACTAATGCTAGATACCAGAACAGATTCCCAAAATTCAGTTTCATAAATCAGACTACTCCACTCCCTTTGGAATGAATGATTTCAAAGTGTGCAATAATGAGCAATCCTTTGATGGGATGATTGCATAAGAATAATATTCATGAGTATCATTTGTAAATCAGACCCCATTGGTCACGTTGTGTATCGTGTTGTATTTTCCATGTGGTCTGCAAGGAAAACTCAATAGATGTGTTTTTTTTTTGTTTGTTATTTTGTGGCTTTTCATAATGCTTAAGATACTCAAGACTCCTAGCTTATTCAAATTTAGTAATTTTATGCAACTTTTGAATAAATTGCACTATTTTACATTTAATTGTAACCGCTTTCACAGCTGTGAACTCACACAGATAAGGGTGGGCAGTAAAAAAAATGACTTTATTTACTTTGTTACATCTATTTGACGGTCTTGGGGTAAATGTGTACTTTTAAAAGTAGATTTACTTTTAAGAGTAGATTTAAAGATTTAACTGTATACGCAGTTTGAGGCGTCTTCTCGTGATGACGCCAAAAAGAACGTAAAATACACTTTTAGTTTTGATCATACAGATAGATCTGTATAATTATACATCAATCGAATCTGTTATGTGTCTACGTTTTTGTGTACACTCAAAATAACAACAAAAGTGTGTGCTTTTGCAAAATAAGGAAAATAAACAGTGTTTGCATTCTTTATTTTCTCCACAAACTAAAAGGTCTTAAAATATTATTTTGATGTAAAGTTTTTCATGTTTAAAATATTATTTATTCTTATGTTTAAAGCTTTTGTCATTAAGCTACTTCTGTGTCTCGGAGTCATTTAGAAAGTATTATTAAATGCTGGATTGATGCACAAGAAATATTTATTATTACAACAGTTTTGCAAACACATTTTATACTATTTCAAATATATTTTGTGCATGCTGTTTAAGTGCACATACATTGTTTACCCATAGTGTTTACATGGCCATAATGCAACAAGTAAAACAACAGGCATTTAGTTTGGGCTAGCTTTTGCAGCTGGACATTGCTTTAAAATGCCCTTGATGGGTGAACATTAGTGAATGGGGGAGTGTCTTTTGTCTCTCCAGGTGAATTATTCATGACCATAGTCACTCACACGCATACAGCTGAGCTGACACAAAACAGACTTTGCAAAATGTAAAATGTTGCAATGTTTTCCTTGAATGAGAGAAGAGAAATTTTTTTGCATAATTGTGAAGTAAATGTTCTAGCCTTCAAGACTGGTTTCTCAAAAGTCTTGTTCAGGCCAATTTAAATTGGCTTTTTGAACCTTTGTTCGGCTACTTTTTTTTTTCTCTAAAACCTACTAACCATGCATAATTTTTGGTCACACTTTATTTTGATGGTCAGTTTGTTGAATGTAAGTTACATTGCATCTAAATGCAAAATAATTCTCATTAGATATTAGATAGACTGTTAGGTTGGGGTCAGTGTTGGGGTTAATGTAATTTGACATCTACTTGGAAAGGTTCTTATAGTCAGTTAAATGTCTGTTGAAGGAGCATATCAACAAATATTAAGCAGACAGTTTGCTAATACTCAAGTGGACCATCAAAATAAAGTGTTACCTAATTGCATGCACATCAGTATTTCTCACAAATTATTGTAGTCCAGTTTGTGCTGAATACAAAATAAAAATACATGTTTCCCAATACTATGTAATAAGTAGCTGAAATAAGCACAAATGTCAGGGCATGTCAAAACATCTTAGGGACCCCAAAATCACCTCAGACCCCAGAGGGTTAAAGGTTGGCACTTTTGCTTCATTTGCTGTGTTAATTTTCTGATTTATTAAAGACAAAAAGAAACTTTTTACTCTGTTCCTTTCTCATTAATAATATATATATATTTATATGCTCAAAAGTAACTAGAAACATGCTTCTTTACTCTTTCTCTTCTTTTTACATGTGTAAACGTTTCTCAATCCACCACTGCATTCAGAAGATGAAATGTCTTCCAGTCAATTATCACCACTGACCTAGACAAATGTCAAAGATGTCAAGACAAATGTCAAGAACACAGACACAATTTGAAAGCCCCTCAGAGTCCTACAAGAAACAAGAGGGCGCGAAATAAGCAGAAATAGAAAGAGCATTGCGAGTTTGAACTTGAGGGCTGGAGCTGAGGAAAATGCAGCATGGAGGGAGCATAAAAGAGAGGGGTGAGAGATCTCCTGACGGTACAGCAGGTATATCCGGCCCTGAATTGGATCATGTCTGTAGCGCTGGTGTCAGGTGAGCAGGTGGTCTCTGCTGGGCAGCGTCTTCATGCCCTTGAGCTGCTGGCTTTCTTGTTTTCTGCCTGACAGGTCTCCCCTAATCACAGCACTGAGAGTATTATTGTGATCATTTGCATTGAATTTTGACAGGCAGTTGTGCTCTGGTCCAGTCTGGTGGGCTCTAATACGTCTCAAAACACAAACAGTGTCAAGGTGACTTCTTATTCTTGCTGGCTTGTGAGCAAAAAGTAGCCCATGTATGTTTGTGGACTTATGTTTTGGGCAGGTTGCATGTTTGTGCGGTGTTTTTTTAGACAGTCACACATGGTAATAACACATGAAGCTTTTCTGAGATTATAACATTCTCTTGACAAATGAAAAGTGTTCCCAAGAGTATGTGAGCGAATGGGAGAGTCTGCAAGGACATGTCTGTGCTATAACACTCTTAATGCAGAAGTGTCAACGGCAGCAATACAAGTATTTTCAATGGGCTTCATGCGACCCTAGTGTGACTAATGGCTTATTCCCATCGCTGCGGACTAAATCTGTCAAGCTTGAATGACGTGTGCTTCCAGGGGGAAATTGAGCTCCGGTCTGGGATCCGTTTCTCGCTGTATTGTCTTTGACGTTATTGTGTAAAACTGACTGCGGATCAGAAAGCTGGAAATCTTCAAGGTCACGAGCTGTTCAGGAATAGGAATGGGGTTTAACGCTTTCATTCCGCAAATGTTATCCTCTTCTGCGTATCATCTGTTGTATTTTAGGCTGGATAAAAGGTTAAATACAAACGGGTTCTGAAGGAATCCCAGTGAGGTTTGGAAATACCACCTGACATTTACCTCTATTGTACTCATCCTGGTACACTTTCTTTTTTCTGCTTTCTCTCTCCATCTCCATGGAACACTGTGTTCCAGCTTTTGTTTGGAATGTAGTCTGTGTCCGTGTTAAGCTTACAATAACAGTTTACAGGGCAGTAAACACATCACCATCCTGCTCTTCTGCCAAAAAATTCAGCAAAGTGGACAGCAGGCCCGATGGCTTTCCAAATTCTCCTTTCTGCCACGGAAATGGGGAAGGTGTATTTCTGTTGCTCAACAGCACCTGTTGCCATCAGATGAGACTGATACTACAAGAGGGAAGGTGGCATTGAAGTCAAATTGTCATTGACTCACAGGTTGACTCTTTTTATGTTCTTGCCACACTTTAGGTCTGAAAGACATCACTCTTTCCTGGCCGCACAAAACAAGTGAATATAAGTTGAATACTTTGGAAATTGTTTGTAAAGCAAATGCTGTGTGAGGCTACTGTGTTCTTTGGACCAGGGGGGTTTGAAAATGTATTATGAAGGAAATGAAAAGTATAAAAACGCAAATAAGTGGAGGGAAAATATATTACTGTTCCATTATTTTCTTTTTAATACTGAATATTATGTTATGCTCCTTCCATGCAGCGTATTTAATTTCAGTAATATTTTGGCTGATTATTCTCACTATTACCTTAATTTTCTGCTCTCTCTGAAAGTCGTCATATGCACTAGTAAAGTGGTTGTCAATTGGTTTATCCCCGTGACCCACATAATTCCATGGTCATAACCCACTTTTTTACCAGCGGGTAAATAAAGTATTGAACATGACATTTTTCTGATAAAAATATTTCTAAAGGAGTTGTTGACCCAGATTTTAATAAAAACACAATGTTTTAATAAAAACATACACATTAAACGTCTGAAAAATTTATTATAGAGTTGCTCAAGGAGAAATCACCGAATTGATAAAATGCATTTAATACTTTGTATAAAAGACTTTTTTTGGTAATGACAGCTTCACGATACATTTTTTATAGACTTAACTCATGGAGTTGCATGCTTTGCTCAGGTGTGATTTTTTTTTTTTTTTACAGACTTCAACATTCTAAAACTCCTGACTGTTCTCTGTGTTTCATCCATGAACCCTAATGCTATGTTCACATTAGACACGACATACGTGACTAAATCATGCTATACGCACATAAGCAAATGTGTCAACATTTTTATTTTTCTCAATTTATTCACGCATCAAATTTACTTCATTCGTGCATCAAATTTTATTCATGGGCAGGGCTTCTGTCTGCCTGGTGACATTAGCTTCATTGCTAATTGGCTAACATGGATTTTATTGAGATACTGTAGTACCTGTGCCTTTATGTGCTTTAGGAAGGCTGAAAAACAGCGTAGATTTGTTCTGTGCAGTGTCTGTGTCCACTAGATCCTTTAGAGGTGCACTAACTCCTCCAGAGACTATACCTGGATGATGGACGGTTCAGTGGTGCTTCAGACTGAGCCAAGCCCACTTTGATGAGTTGTTATCCATTGTCGGCAAGAGGATTTCCCTCTTAGTACACCAACAACTACATCATAATCACGTTCCTACAAGAGCAAGCT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Seq C2 exon
GCGATTCATTACTAAAGCATAACGGAATGAAGTTCACAACTAAAGACAGAGACAACGATCATTCAGAGAATAACTGCGCTTCTTTCTACCATGGTGCCTGGTGGTACCGGAACTGCCACACCTCCAACCTGAACGGGCAATACCTGCGCGGGCAGCACACCTCTTACGCCGACGGCATCGAGTGGTCGTCCTGGACCGGCTGGCAGTACTCACTAAAATTCACAGAAATGAAGATTCGACCAACACGCGATGAGAGAGAGACCAAGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000060393:ENSDART00000146321:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.135
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(27.9=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=PD(37.7=90.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]