DreINT0071044 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000015537 | gad2
Description
glutamate decarboxylase 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030909-9]
Coordinates
chr24:6103818-6113436:-
Coord C1 exon
chr24:6113347-6113436
Coord A exon
chr24:6108335-6113346
Coord C2 exon
chr24:6103818-6108334
Length
5012 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
ATAAAAATGTTTCCTCCCAGGTT
3' ss Score
7.96
Exon sequences
Seq C1 exon
CCGCAGCATACCAATGTGTGTTTCTGGTACCTTCCACCGGGCGTGCGCTACCTGGAGGACAAAGTGGAGAGGATGAAGCGTCTGCACAAG
Seq A exon
GTGAGAGAGAAATTGATTTGAACTGAAATGAAAGGGGTTTAAAGATGCTCAAATAAACCAAAATGGCGGATTCAAAATAAGGAAGAATGCATCTCTCTTTTTTTATTTATTTTTTTTATTTATTTTTTTTGCCTTGCTGAGTCTTCTAAAAAATCTAACATTACTGTTAATCTGTTATTGGTTGCTTCTACTGAGTGGTACAGTTTGGTACATTACAGCACTCACTTATTTCCATGTCCACTGTCAAAAGTACCAAAAAAAGCCAGGCATTGCTGCAATTGCATGTGGGAGGGACTGTAACACAAGTAGGCTGGGTTTGGGGTTGGTGTAGGTGTCGTAGATGTTAATAAAACACAACATGTTATTGTGAGGTTGGGTTTAAGGATGGGATAGGTGTAGTAGACGTTAATAAAACACAATAGGATATTGTGAGGTGAGGGTTTAGGGTTGTGGTAGGTGTAGATGGTAATAGGCAGGGCAAATTTATTTATTTATTTAGCACATTTCATACACAATGGTAATTCAAAGTGCTTTACATAAACAAGAATAAAAGAAACAAGAAAATAAAGCGATTAAACGAATAAAAAAATATTAAAAACAGATTAAATTGTGTGAAAAAACAGCTTTTTAAAAGAATGAAAAAGAAAAGAAAAACATAATAGTGTAATCTGTCGGATATAGTACATTGCTCATTCAGTAAAGACATTAAATAAATAAAAACTCCAGGGGCCTCATGTATCAACGCTGCGTAGGCACAAAAACTTTGCGTACGCCAGGTTTTACGTTTGGATTTACTAACGATGAAATGAACGTGAGAATGTGCGTTAGTCCACGCCAACTTCATGTCTGGCGTACGTGCATTTCTTGTGTGTGTTTGTTTTATTTGCATTGGCGACTCCTAGAGGCAGTTGATTTGCACACTACAAAGTGTATTTGAGCCGTGCAATGGCAGCTGTATGAGACAGGTTCATCCGCATGTCTAGCAGGTATATAAGGTTTCTATACTATGCAGTTGACCAGCCAAACATTAAAGCACAATTTGCAGCGTTCGCTGTTGTTTTCTATTTTTACGCATTTAAATTTGAAATAATGAAACTAAAGTTATATGTGAACAGCTCAAGTGGCTTTCGTTTTTCAACAAGAAAAAGCGACTTTCTGCCATACAGACTTGTTCCCCTATTATAACCTACACATTTTATAAAGATCTGATTAAGATCAGCATCACTGGATAATGCTTTATAATAAAATACTAACACAGTTTTACTACAAATTCAGATTTTCTTTTTAAATTCAATATGTTTTATGTGTTATTTGTCAATTCCCTGTCATTGTGTGCAATATGTACAATTTCTGACAAAAAAATGGTACTAAAACCAGTTATATTACTGTACAAACATATAACTCTGGCGTAAAGTATAATCAGTCCCTCCACATGGTGCTTAATGTGAAGTCTGTCTGTCTGATATGTGGGAGAAAAAATCTCAAATGGCACCCTTGCAGTGATGTCATAGTTGGGGGAGGGGCTGCTCATCAGGTGTCCTTTTATTGGCTGGTTGCTCATAAGTCACTCCCATGGTAGAAAAGCTATAATGGGCAATTAGACTGAGCAGATGGCACTCGTGCTGGTCATACATAGGAGGCCTTTAACAAACACTACTCACAAACCCCTCCTCGTTCGCCTGAAGCTACACTATGAATGTGGGTAAGTTATGCACAAAAACAACAGTTGAGTTAAAAAATGTCATTCAAAAATGTAAAAATAGTAAGTAGGTTCACCCATTTTTACCCATATTATGGACTAAAAGAAGTGAAGAAACCTTATGTTTATCTTTTATATAATGTTTTGGTAAATCATTTTAATAGTGAAACTGTGTGTTTGTTTGTCTTTTAGGCATTTATGAAAACACATTTTGGCAGGTTCTAGTATATCAGATCCTTTGTTTGCATGCAGCTAACAAGTCAGTAATCAGATCGACAGCTCTATTGAACAGATTTTTGTGTGTGGAAACACTTTAATCAATGTAGTTCAGCTCAATTCAAATCAAATTTCATTCATACCGGAAAAGGTGGCGTAACCTTTTCTAATCTGACTGAGAAAACAAGTAAACACTTGTAAACAAAAACTAGAAGGTATGAGAACACAATTTGTGTGAATCCACTTGGGTTTAGAGTTGAATATTTTCACTTGTGTAGTTTAAATATGTTGTCCTTTTTTATAATAGCACACACACACACACACACACACACACACACACATTTTTCTTCGTAATTCACCCGAAAAAAATTAAACATATGTATAGTTAGCGAAGCATTAAAGTTAAAATCTGTCTACTCCGTAAACTAGTGTAAATAAATACACTAAAACGGGAAATTACGGGATACAAAAAAAAACCCTACCCAGAAGATTTACTAAAATGACCCCAAACTCCTTAATCTGTTAATTTAGAGCAGTTTAATTGTGTTTAAGCGTAATTGAAACTGTTACAAATATGGGGAGGAAATTAGCTTCAAATGATAGAATTCATAACAAACATTACAACATATTGACAATAAAATAAAAGGTTTAACTTATTAAAATCAAAGGCCTATACAAAAATTAAATTGTCATAAAATTGTGTTCACCTTAATTAACTGTATTTAAATATTGAATAAAGTTACTTGGTATTTAGTGAAGAGCACTTAATAACCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAGTGGAGCAAAAAAAAACAGTCAAATCAGTCCTCACAGCTTATTGTCTGCCACAAATGGCACACTTATTACAGGAATGATTTTTACTTTATTTAAAAGACAAGCTTCATTCAAACTTTTGTCATCTGTTAATTCATTGTTAACATTAAGTTTGTTTTTTAAAATGATGAAAATGATCAATGATACATGAATAATATGAGCAAAAACCAGAACATATAGCAGTGTGATCAGTTGATTTATTTAGCATTCATGTAAAATATCACGTTCAGAATCATCAATTTAAAGGATTCTTCTCCTGTTGAAACAAAAGATGTCTATGTAAGTGTAGTCACTGAGACTGAAGTAGATATATAGGCGCTGGAAAAAGGCCACGGCTTAAAATAACCGAACACCTGCAGAAGATTTGAGGGGAAGTGGGTGTAATTATGTGATGATGATGAGCAGCTGTGGGTCTTTCAGCTTTTCAGATTACGGCTCCACATACTGTCCAAAACTACTGCTCTAATCAGTTCAGCCCATGCTAAGCCAAGGACAGACTGAAGAACATCAGGTTAGGTTTAGGAAAACTGTAGATTTTCTGATGTTTAATTTCAATACAATTGTGAAAGAACTTGAACTGCTTTGTGTTGAAGTCGGTTTACTTCCAGTGCAATATTACAATAATTTGTATTTCTTGTGTTATTTTGTTATTTATGTTACTTGGATTTTATCTTGGTATGATGCAAGTTTTATTTTACTGTAAAGCATTTTGTGTCTGTGAAATGTGCTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATATTCGAATGTGGTTCAATCTCATTCATTTATGATTTGCTCATCCCCAATGGCAGTTGGTTTTGGGCAGCTAGGGGCGGAGTTTGTGGACATGCCTCTTGAAAATCCTATGCAATTGTATGAATGAAATTGAATAATTTGAATGAAAGCACCACTTTTCTGGCAATACATAAAATAGTAATGTTTCTTTGTGAGATCGGGTCCATACTTTGGGGAAATACATCTTATGCACTGATGAAAAACATCATTAAACATAGTTTTAAATCACTGGAGTGCATAAAATGCTGAAATATTCACATAGAAAACATCATTTAAATAATGCTGTTTGTGGAAATACAAAATAATATATTTTGTCTGTATCTCAATGGGATTTTGTTGTTTTAGACTATGAAAATATATATAATTGTACATATACTTTAAAAACTGCTGGGTTCCACACAATTTATTCATGTTGTCCAAGCTCAAATCAGTTAAATGGTTTTGACAAATTGAAGTGGACTGAACATAAAACACTCAAGAATTGTGTTGTTTTGACTTATTTAAAACAAGTAGTTTGAACAAACAGCAAAAATTACACTATTTTGAGTATACACACACACACAAACACAGAGAGACATTGGGGTAAATGAATAGATATTAAAAACTTAACCGTTTTTAATTACTTTAATTTCATATTATTACATAATTATACATACAGTTTATACATACAGTATATACACTTACAGTTAATGTCTGAAATTTTAGCCCCTTTTGAATTGCTTTTCCTTTTTTAAATGTTTCCCAAATTATGTTTAACAGAGCAATGACATTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTTTTCTGGAGAAAGACTTTCTTGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTAATCACCATTTTAAGGACAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATATTTTTTAATTGCCTACAGAACAAACCATCTTTATATAATAACTTATAATTAAATATAATTACCCTAACCTGCCTAGTTATCCTAATTACCCTAGTTAAGCTTTTAAATGTCACTTCAGTTATTAGAAATGAGGTATTAAAATTATTGTAAAATCTTCTCTCCATTAAACAGAAGTTGGGGTAAAAATAAACCTAGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATGTATATATATGCTGAAATATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTGCCAAGTTCTCATTCTGTTTTTAAAAAAAAAAAAATCTAACCTGTCTTTTTAGTTTAAACCAACATGCTTTAACAACAGTAGATGGCACCTTATCTACGCGAGATTAGCTGAAACAACGTAAAACTGATGGATGAAGACTAATAGAAAAAGTTATTTCTTCATGCCTAAACTAATAAAAATGTTTCCTCCCAG
Seq C2 exon
GTTGCCCCTGTAATCAAAGCCAGAATGATGGAGTACGGCACGACCATGGTGAGCTACCAGCCACAGGGAGACAAGGTCAACTTCTTCCGCATGGTCATCTCCAATCCAGCCGCTACCTTTGAAGACATTGACTTCCTCATTGAAGAGATCGAGCGACTGGGGCAGGATCTTTAAAACTTACCGCACCAAAACCTGTTACTCCCGTGTCCCTGGATGGATTGCATATTTGTTGTGAATGTAACGGTAAATCTCTGATTCCTCTTCTCCAAAGTCACATTTAAACAAAAAAAGGATAATATGAAAATATCTAGAGTATAGTATTGTAGCGTCGTTGTGGGCTTCATGGTCCAGAGCCCTGTAAAAGTGTTACCGTCTGCTTTTACTGTCTATCTTAATGTCTTTGACATGACTTTGTTTGTTTACATGTTTATTGAGAATATGAAGAGTTGTTTGCTTCTATTCGGTGCAGATCATATGTTTCCATTTGAACAGTTATTCAAGGTGCCAGATTACATTGATATGTATACGTGACTATAGTATGATAGTAGAGACATATTAATCCAAAAGCACTTCATCATTTCTATCAAGATTTACAATTATTCGTTTTTAAAATAGTTTTTAACTATTATTTTACCAAATACTCAAAAATCAGCCATTTTTATTTGAAAAAGTGTCAAAAAAAGAGATAAAATTGGGTGCTTTATATAGTTTTACACTTCTAAAAGCTGATTAAAATTAACATTAAACATACAGTTGAAGTCAGATTTATTAACCCCCCCCCCCCTGAATTATTAGACCGCTTGTTTATTTTTTCCTTAATTTCTGTTTAACGGAGAGATGTTTTCAACAAATGTCTAAAGATAAGAATTTTAATAACTTATTTCTAATAACTGATTTATTTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTTACTTGATATTTTTCAAGACTATATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAAGCTTCACTGGGTTATTTTGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATGATGATGGTTTGTTCTGTAGACTATCGGGAAAAAAAATAGGTTAAAGGTTCTAATAATTTTGTCCCTAAAATGGTGTTTTAAAAATTAAAAACTGGTTTTATTCTAGCCAAAATAAAACCAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAATATTATCAGACATACTGTAAAAATGTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGAAAATATTTTTAAAAAGAAGAAAAAATTCAAAGGGGGGTTAATAATTCAGACTTCAACTGTATTTAGAAATGTAAATATTAACTTGTATCTTCTAATAAACACATCCCAAAATATTTATCCTGATCACAATATAAGAATTACCTGTCCACCTTAAAATATGTGCAATCATCAACAATATTCAATGTTCTTTTGCCTTGAAATGTGTAATTTCCAATTGAGTAAAGTGCAATAGTGGTTAAGTAAAGTAAAATGAGAATAAATATAATATTAATTCTTTAAACAATAGCATATGCACATCATATACAGTATTTAAAAAAATAAAAAAATAAATAAAATGACAAATTTAATATAAATACCTTCGCTTCCCTACATTACACAATAGCATTAGATTTCTTAATTTACCAACCCATCCATGCACTTGTTTAGCTTTCCTATACATAATGATAAATATTTCAGGGTATTAACAGAGCTAAATTTAATGTCATATATATATAAACTCCAAAAAGAAAAGAACGCATAAGCATACGTGGGGTTATGCCCTATGATAGTGTGTAAATAGTCTTTTAAGATGTTCTTGATCGAGTACATATCTATGTGAATACATCACTGTATTGTATATACGCAGAGTCTATTTGTGTGGTAAATAACATTATTTTCTCTATTCAAGAAATATTTAATCCTAAATGGTAGATGCGTTCTGCTTGTGTGTGCGTGCGTGCGTGCGTGTGTGCGTGTTGAATATGATGATTTATGTAACTGCAAAGATATGTGTATGGAGGATCCAGTGCATTTTAACACACTTACTCGAAATGATTATTATTATAGCACATTTGGAGAGCCATTTCTGAACCGATGCTGGTTGTATTCGTGCCCAAGTGGTTAACTTGACATCCTGTGCCGATTTGTATTTTCGTGTGTTTGTAACTGTATTGCCTTAGTATTAATTGCCAGTATTGTCTAGTTCTCCTAAAGAGGAGCTTGTGCACTTTAGCTTATATGTATGATGATCTGTCCAATGGATGTTCTTAGTTTGATGTTTTAAGAAACTTAGCGTTGTCTGAATGTGTCCAAGGCTTGGTCATCCGTTTGGGATGAGAGTTGCTTTATTGCTAAAATCATTTGTAGATTTAATGCTATGTTTCTACCTGCTGGAAAAGCACAACTGAAAGTTGCACTCCAAAAAATGATGTCGTCACCCAATATTTTTGTTGTTTTTCCAGTACACATATCGACATTTTAAAAGCAAGAAGCATCTACTTTAGAATGACTTGAGATAATGAGTCTAGTGGTCTTGAAATATCATTTTAAATTAGCTAAATTTGCTTTGTAAACAAAAACATGTGTGCCAAAGGGGTCAGAAAAATGTAAATAGAAAGAAAAGAAAGATTATTTTTCTCACCTCATTGGCAATCAAAAATAAATTACATTTTGAGACATGTTTTGGTAAACAAGACTAGTAAACAATTGACTTGAATACTCTCCTGTGAAAGCAGCCTACTGATGGGAGTGTGCTTTTGATTCTCATGATGGAAAACGTTTTAAGAATTTTGGTTGTCATTTATATCAGTGGTCCCCAACATTTTTATCACAGTGGATCAGTCAACGACGATTTTACCGCGGCCTGGGTGGGGAGAATCGGGGGTTGACGTATGATGGGGGGCTTGGAGGTTGGGTGTACGTACAGTAGATTGCTAGGTGACCATCAACCGTTTTCTCAGGGAATGACGGGCTGACAAAACATTGCTGCAACTCTGATACAAGTTTTATTTATGGAGAAAATTAAAAAGCACTGGAGTGTTTGGCTATTAAGTGTTTAGCCTCCTGAAATGTGTATATTCCATACAAAGTATGAAGCTAATTAAATAATTCTTGTCACGTGACTTGCGTTATTCTGAAAAACTGAGATGTTTTCAACTAGGTGAGCCTGGAAGACACGAGCGCATCGCTTCCAATTCGTGCGCACATGCGGAATTGCAGTATGAGAAAATTGTACTAAAATGTACAGATGAGATTGTACAAACTCATATGAATTAGCCACTAAATCAAACATGAATTTCTATGGGCTTGTTTTGGAATCACCAACAAATAAACCATATATGAAGCTAGGTGTTTCCTCGCTTCATCATCAAGTTTTCTGCAGTGCATCTTTTAAAAATGCCAAGCTACCAGTTAGTAAATCTGACCCTTAATATGTTACCTTGTCTGTTTCTTAAGTAAATGTTTCCTTATTTAAGAATATATAGAAATGTATACTGGAAAACAAGACGAAAGTACTGAGCACATCATTTTTTTGCAGTGAGCTAATATGGTTCTAGCTAGCAACAAGCTAACCTAACAAGCTATCTTCTTTTTCAGCATGGAAGGAATGCTAAGTTTGTAGTTTTTTGAGATACCAGTGTTTTTTTTCTGTCTCTTTTCAGGATCGACAAGCTGTGTCACATAGTTTGTGTAATTTTATGCTCTTGTAATCATGACAAACGCATCGACATCCTCACTGTGGTAGTCTTGGAACGCCTTTGTGCCGTCTTTCCCCGCTGCTGCTGCTACAAACCTGCTCTCTTTGCACGTGCATGAACGCCTTGCCTTCCGAGCTTGTGAAATACAATCCCAAATATTCATATATATCTATCTATCTATATATAGTGGAACCTGGTGTTAGTTTTAGTGGCAATATGGATAGCTTAGCTTCAAATATATAGTACTCTGTCGCTAGCTTGCTCACTCTGTGTTAGCATTACCCAACGTATTTATCTGCTAAGCAAGCATGTTCTATGTGGCTAGAAATTGTAAGCTTTCGCGACCGTATCTCTATCTTTCTCTCTGTCTTTCGCTCGTTCTTCCGCAGCTTTACTATTAGCGTGTGTAGTTCCTTGGCATGCCTCTATATAAGCATATTTAACGTCTGGATGTCTCTCTATCGCACTTTTTCTTCTTCCTGCGTCTCTCTTTCTCTTGCTTTGCACTGTAGCAGCTCTCAGGCCTTTAAGAGCAGTGTTCTTCCTGCTGGTTCCCGGCTACCCATCATGTCCATCGGTTTGTCGTATGAGGAACGTCATGAACCTGACCAAACAGGGTAACACCATGGTGAATTCATTTCTGTTTTCTTTCCTTCTCACTAAACATTGCTTGAAAGGAAAGTGATCATTTGAGAAACTGTCGTTCAGATGAAAGTTATAAACGCTAGCGTGTTGAAATTCTATAGCAAGAGGCAGGTAACAGACCCTCTTGAATTGTGTTTTACTTTCATTGGAAACACCAATAAATGTTACTGCCAATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000015537:ENSDART00000021609:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0028214=Pyridoxal_deC=PD(2.7=33.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]