DreINT0075095 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000025728 | grin1b
Description
glutamate receptor, ionotropic, N-methyl D-aspartate 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-051202-2]
Coordinates
chr5:29003434-29011013:-
Coord C1 exon
chr5:29010868-29011013
Coord A exon
chr5:29003545-29010867
Coord C2 exon
chr5:29003434-29003544
Length
7323 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAG
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
ATACTGTATATTTATTTTAGGAT
3' ss Score
9.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGTGTTCATGTTGGTGGCTGGTGGCATAGTCGCCGGGATCTTCCTCATCTTCATTGAGATTGCATACAAACGACACAAGGACGCCCGCAGGAAGCAAATGCAGCTGGCCTTTGCAGCAGTTAACGTCTGGAGGAAGAACCTACAG
Seq A exon
GTACAGTCGCCTCCAAACTCTTGTCGGAAAGAATTAAAGTAAAACAGGCCAATCTGCTGCTACCCTATGGGTTTCAACACAGAGTGAAGAAGTCTCGTAGATTTCTTCTGGTCGCATGTCTGTCATCTGTTCGTGATGTGACTTAAAGGTCATGATGAAGCACAAATTAACACATTACCAAAAGGGCAAACTCAAAAAAAGAACAGTCAAATGAGGCAGTCAAACAGCAGTTAATGGTGCAGTGAATTAAAGCATGCAAACACATTAATGCATGCTGAGTTAATGCAGAATGAACTTCTGTTGTACAATGAATACTTAGGAAGTGTTTTCTTTGTGTGTGTTTTAATGCCAATGACCCACTGATTTCCTTCATAATAATCTATATTTATGTAAAGACTGACTTTATATTCCAAAGTTTAGAACTTACAGTAAGTCTAATATTATTAATCAGTTCAGAAATCATTGTACTATATTGTAATATAGAGTTTTGCTGGTCTTAGTTTAACTTTGAATCGATTTAATAGATATTGACCAAATAACAGTATTCATTTTGTTAATAAACTCTTCCTGGCCCCAAATTACTTTAATACCAATTTTAAAAATAGGTATGATGAGTTTATGATTATTGCTTCATTTGCACTGTAAAAAAATCCTAGTTGTCTTCAATTTTTAAGCTAAATAGAATGAACAATTGAGAACATTTAACTTATATTATGTTAAATAGGGTTGGGTCGATAGACAATGCCATCATCCATCGCCAAGGCAGATAGACCAGCTGAGCTGAGCCAGCATTGTGATCCTCTGCCTCGCCCGTCGCAGCAACCAGCTCGCAAAAATACACATATCCCTGTTTACACTAATGGCGTTTCAGGACACTTTCAGGGCGTGTCAGGACGCGTTTTTGCTAATTTAAGGACGGGAAATCTGCCTTGTGCCATGGCGCATGGTCTAAAAGGGTTGAGTTTATTTTCTTAATGAGTTATAGGTGTGTTTTGAGAATAAACCAATTAGAGTCTCATCTCCCATTCCCTTTAAGACCCAGCTGTGTCGCGCCAAGAGCGCATTCGCTATTTACAGGACGTAAAGTAAGTCTAAGTGGAAAAAATGAGAATTTCACAAGCAAACAGTTGACAGTTTTTAACAGAAAACTGTTAAACAGAGCATCTACTGCGTGAGAATGAGAGACAAATGATGTACTTTCACTTTCGCTCTTGGATAGGGAAACCTTTATGCACAGACATCAATTAGCCTATAAATAATTAATTTCGTTTGTTAAGCGCAAATATTTGTTTCAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCTAGCAAACAAATAAATGAACAATAATGACCAAGTGTGGTCAAAATACTGAGTTATATCCAAATACACCTGCCATGCCCCATATGGTCTTAAACCTGACAGGTGGGCAAATCTAAGCTTGTTTTTAATAAAACAAATATAAATATAATAAATAATACTGCTAATAATAATAACATTATACAAAAGCAAATTGTTATGAATGAACTAAAAAAGCCTCCCGAGATGAAGAAGACATAAAAGCAGTGATTTTTCATATTTATGTAGGCTAGAAAATAATATGTTTTGTAATATTTTAATCCTTTATATTTATATCCTATATCTATTCTTAGTATGTCCTATGTATATCCTTAATATTTAAATTTTTTTATATGTAAAGATATTTGCCTATTGCTCTCTTGTGCGTATTAAGCAGTGCGTAAGCGAGGCGCAACTCTGCGCCGGAGTTTAGACCGGGTTAGTTTTGGTCTAATGAAAAATCTATTATAGTTTCTCAAAATAGCAACGTGCCAGCAGTCCACCTCAGAACGCCTTCCTTTTTAGAACAGAACGCCTATGGGCGCACAAATGAGCGCTAAGGCATTAGCTATTTAAACAGCGTAGCGCAACGCCTCAAAACGACTCTTGCGCCAAGCTGAAACTACCTATTGCGACGCGTCTTGCGCCACACTGCGCCGGGTGTATTATAGGACCCTAATATGTCTTAGCTTTTGAATTTGCATTTGTCAGGTAACATGTCATAGCATCAGTACCCTGCTTCAATCTTTCGCTTTCATGCTTGTAATTTTAGCAAAAACCTCAGATACTGTTGGTTGGTTGCTGTTGGTTGTGCACCTTTTTACCAACCAAGTTTGTCGACAACATTATAACGACACAGATCACTCTGCCTATTCATGCCAGAGTCCCATGGAAATAGTGATTGACAGGGGTTAATTTGTGTTTGTTATCTTTATTTATTTATGTTTTGGTAATGGGTAAAACAAAGACCATGCGAGACAGGTAGTTGAAAAAGTAGGCAACAAATAACTAATTCGTTATAAATTTATTATTTATTCATAAGCCGCCTACAACAACGATGCCATCATCCATTGCAATGTTTCACATTAGACATCTTACGATGCCAAATTGGTCAACATCCCCCAACCCTGATGATAAACTGACTTAAAACTGTTTGCATAACTTATAAAATTAAGGTAGAACATGATTAGTTTAAGAAGTTACAATGAAGTAAAAACACACATTGTCATGACTAATTGATCAGTTTTTTTTACAGTGTAGGAAACTCTATGCTTTTTCTATAATATTATTCTTACTACATTTCTCAAAGGGTCTTTGACATTAAAATGATTTTTAAAAATCATTCATACCCAAAAAGAGTATTTAAAAATAATAAAGAGTTATGTTTTGTTTAAAATGCAATATAATTGTAAACATCTGCTGAATTAATTTAACCTCTCAGTAGTGCAAAACATGCCTCAAGGTAAAATACATGAACATCTGGCCATGCAACAGCACTGAGGTATCCAAAAAAAAAGAGTGGTTCTCCATGCAAAGACACATCCCTAACCATCCAGTCGAAATGCTCAGCATGATAAAGCAGCTCCTGCAGCCTCACTACTGCCAGTGGCCTTGCTTTTATCGAGCAGCTTGACAAATTCACACACACATATTGTGCACACACATACACAAAGAGCCTGCGATGCTGCTGTGGAGCGAGGAAGATGCTGAGCAGATCGGCTCAATGTCCCCGCTGGGCTCCAACCGCGATTAGAGCGTCCTTGCGCCCTATACAGATCAGTGTCTGTCTGTTCACTGCTGGCTTCCAGCTGCATCCATGCACAATGGGTCACGGGCCAACAAGATACTCGGATGTTGGTGGAAAGTAACAAGGTCAGCTCGTTTGAGACTTGACCGCAGCTCTAAACTGTTGTGAAAGTTACTGCGTTGTTGAAGCGAGATTACTTTACTTTTCCTAATGGGATGCAAGTCATTGAGTGTGGCCTTGTTACTTTAGACCCATTATGAGCAGGCATATATTTCACCACAAGGCAGAATTGACTAAATCTAGTTAATGCATCAAGTGTCAGTGCAGTATCGAAGCCGACAGCGATCTGATTGACTTCACACATCAGAGAGTCATGTTATAGGGAGTTAAGTGTTTTAACCTTCGGGCTTTACCGCCTACTTGAGTCACAAGACAATGCTGTGTGGTTAATACGCCCACGAGCGCCACCCACGTCAAGTCAGAGGTCCGGCATTGTTGAAGCCTCATCATTCGAGTTGAACAAGAAACTATATTTGACCACAGACGAGGTCTTCTTGATGGATTTTCCTCCCACCGTTTATTGAATAAAGGAAATATAATGCTTATATAATTTAACAAGCCTGCCATGTAATCCCCATCAGAATGGTGAATATGGATGTTTAACTGGTGCTAATGGCGGCCGATACGAGTTGATGAATAATTCCTCCCTGAAAGCGAGAATCAATTATTCCATGCAAACCCCGGCACCATCGTTCCAGGTGCACATGCGATGTACTATGCAAAAGTCGTACACACAACTGCTTCCTGAATGCATGAACAGGCAGATCTGCCTAGGGTGGATTTGCATTTCAAACCGGAGAGAGCCAGAAGCAGATCAGGAGCCTGTGTGATGTGGGCTGGCTGCCCACTCCAGAGGCTCTACCTCATCACAGGGCTTTGAAATGCAACGGATGAAAGCACTGATGGTTAAAGGAGCTCGTACGGTCACCGTTTCTAAAAATAATAATAAAAAACAATGACAAGATGCATTATGCGAAAACAGATGAAAATCTTATTGTGGGCATTTTTTGTGTCTTGTTTCTTTTGCGATGTTGTTTGAAAGAGCAAGGCAGTGACTAACAACTCACAAATGAATTGAAGAGCTGTTTAATGCACTTTACTTTACAGAAGCATTTTGGTTGGTTTTGGTCTAAAATTCATTCATATGTAGTTGCCGTAATTGTCTCAAATTATTTTAGAAAGAAAATGTTTTCAAAAATATAGAAATCTGATTGTATAGATGTGACTATTTATATACAAGTTCCCCTATAATGTAAAAGGTCCAAAGTAGGACAGTGCGATTTGGGGAAAAGATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACATTGCGATTTTAATTTGATTTTCGATTTAATTTTGTAGTCAAGTTTCAGCTCAATATTCTGTATTGTAGTTTTTTACTTACTGTGTGTTAAAATGCAGTGAGTATTAGTTAAAAAAGGAACTGAAAAGATATTAACTTACTTAAGCATTTATTATTTTTTTTAATACTCAGAAATGAAATCAGTAAACACAAATAAAATGACCATACCTTTCTGTAAACAAGTTGAACTTGAATTAGGAGATAATGTAGCTTATTAAAAAAAAAAAAAAAACTTAGCAAACTAACGTGGCTGACACAATTCTAAAATTGTACTTTGCTGTTTCTTGCAACTAGATTGAGTGTCACTGGCAATACTTTCAGTTGACTTTTTAGCAGGACTCTTCATATAGCTGCCTGTGGTGCTTTTTTAAGTGCTCGTTCTTGTATTTTCTCGTGCTGTGGCAACAATTCTAACAAATAACCTGTTTTTGTTCTGTCTGTGACTTTGAAACCAAAATATTCCCATATTACCGATTTCCTGTTTTCTTTTATATATTTCATG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Seq C2 exon
GATAGGAAAAGTGGTAGAGCAGAGCCCGACCCCAAAAAGAAAGCCTCTTTTAGGTCCATCAGTACCAACCTGGCCTCCAACATCAAGAGACGTAGGTCGTCCAAAGACACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000025728:ENSDART00000034849:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.703
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006021=Lig_chan=PD(3.4=18.4),PF105624=CaM_bdg_C0=WD(100=59.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]