DreINT0078075 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101482 | hk2
Description
hexokinase 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2017]
Coordinates
chr5:13478716-13488203:+
Coord C1 exon
chr5:13478716-13478899
Coord A exon
chr5:13478900-13488047
Coord C2 exon
chr5:13488048-13488203
Length
9148 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGA
5' ss Score
8.94
3' ss Seq
ATATTTTGTGTCTCTTTTAGATA
3' ss Score
11.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACGGGAACTAATGCGTGCTACATGGAGGAGATGTCAAACGTTGAGCTGGTGGATGGAGATGAAGGCCGCATGTGTGTGAACATGGAGTGGGGGGCATTCGGGGACCAAGGGGAGCTGGATGACATTTGGACAGAGTTTGATCGAGCTGTCGATGACCAGTCTACTTACCCAGGGAAACAACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATATGAGAAGATGATCAGTGGGATGTATCTTGGAGAGATTGTCAGAAATGTCCTGTTGCACTTTACTGCCAAAGGTCTGCTTTTCCGAGGCAAACTTTCAGAGAGACTGAAAACTCGCGGGATCTTCGAGACCAAGTTCTTGTCGCAGATTGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101482:ENSDART00000160690:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0372711=Hexokinase_2=FE(25.3=100)
A:
NA
C2:
PF0372711=Hexokinase_2=FE(21.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]