DreINT0078083 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101482 | hk2
Description
hexokinase 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2017]
Coordinates
chr5:13426115-13430502:+
Coord C1 exon
chr5:13426115-13426298
Coord A exon
chr5:13426299-13430340
Coord C2 exon
chr5:13430341-13430502
Length
4042 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTGAGT
5' ss Score
7.39
3' ss Seq
CACAATTTGTTTTCCTGCAGATT
3' ss Score
10.86
Exon sequences
Seq C1 exon
GGACAGGCACCAACGCGTGCTACATGGAGGAGATGCGGCACTTGGAGCTGGTGGATGGTGATGAGGGCCGCATGTGTGTGAACATGGAGTGGGGCGCGTTCGGAGATGACGGTGCCCTGGATGACCTCCGCACCGAGTTCGACCGGGAGATCGACGCTGGCTCTCTCAACCCCGGCAAACAGCT
Seq A exon
GTGAGTGACAGTTTGAGCCACTCCTGGCACTTCTTTTGTTGACACAGAAAGCCATTGAAGCCTTTCTCCCTGTAGGGCAGCGGAGTCAGCCGGTTGTACAACTAGGCAATTACGGAAGCAGGTAACAGGGTTGTTGTCACCATGGGCACATACAGCCACAAGAGGATTGTTGCATACACGTTTGTCCTTGGGAAGCAGTTTTGAACCAGCATACGTTCCTGCTAGAAATGGAGTCATTAGATGAACTCTTACACCATCATTAACAATGCATTAGCTTGCTTTCCCATCAGATCTCCTGGGTCTCGGAAGTTTTAAAGCTGCTGTTCTTAACCCATAGTGTCGCGGCTCCACAGGTGGTTTCATATCATTGTTAAGAAGCAGCAATTTAAGAGCTTAAGGGATGCAGATCTGAAATCAAATACCATGATGCTATGAGTGCCTGTGGCTGAGCTCTCCAATGGCTTTCATTGATGGAGTCCAGCAATTGATTTCCTGATTTGATTTGCTCCTACATATGCACTATTGTCTTTGCAGAGCTTCTTTTTCTCAACAGAAAATTGAACTTTGCTTCATTGATTTTGAAGCTTCTTTGATTGCAAATCGAATCTCTAATTGTGTAACGCACAATAATCTTTAGTGAGACCTTCGTTTTTTGGTCTCAAGTTGACTTAATGTAATTTCTCGTTGTTCACTGAGGTTATATAGTAATATGGCATTTCTTTAAGGTTGAAAGCCAGTGCTATTGTTCTTCTGGATACTCTGCTCTCTTAAGGGAACATTGAATGTTGAGACTAGATTTTGAGATTGAGTACTGTAAACATCTTCACATTCCCATGGTTGAGAGTTTTAACTGCCCTGTGGAAAAAGACGTTTTTTTTTCACTGGTTCTGTGGAGCACCATATGAAGCTGGCTTGCTGTTTGTGGTTTATTTCTAGAAAAATATAATTGGTGTTTTTTTTCTTTTATATCTGACTTCTACAAACCTTGTAGAGAAAGCATCCTGTCAGGGTCAGAAGTGAACTTTTCTACTAAGGTTCTGTTTTCACACCATGGCAATTGTTTCCAGGGAGTTTTTTCTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTGGATCTTTGTAGAGACAGTTTTCTATGGAGCCAGATCAGTCTCAGAAATGATACATTTCTAAAATAAAATTTAAACATGCACAGCACAATCCACATTTCCCAAAATCCAGTTTGTAAATTCAAAATATACTTCATAAATACAACACACAATTTGTGAATTCACAATTAAAAATAAATTATTTTTGCCAAATATTTTTGAATCATCTTTTGAATTTACGGGTTGCATGTTTACTTTTGAATCATCCTTTGAATTTGTTAGCTGGATATGTTTATTTCTGAATCGTCTTTTTGAATTTGCGAACTAGATTTGTGTATTTTTGAATCATCTTTTAAATTTATGACTTGGATTTGTGTATTTTTTAATAATTAGTTTTTGAAATTACAAATTAGATTTGTGCGTTTTTGAATTGTCTTTTGAATTTATGAATTGGATATTTATTTCTGAATCGTCTTTTTGAAATCGCAAATTTGTGTATTTTTTAATCATCTTTTGAATTTGCTAATTTTGTGTATTTTAAAATTTGTATAAAATTTTTTTTGTTTGAGTTGGATTTGAGTGTTTTTTTTTAATCATCTTTTAAATTTACAAATTGGAATTGTGAATTTTGCAATCATCTTTTAAATTTACGAATTGGATTTTTGCATTTTTGAATCGTCTTATAAATTTAAGAATTGGATTTGTGTATATTTGAATCGTCTTTTTGAATTTACGAATTGGACGTGTGCATTTCTGAATCGCTTTTTGAATTCACTAATTTGGTTTTTTAGTCGTCTTTTGAATTTATAAATTAGGTTTGTGTATTTTTGAGTCGTCTGTTGAATCTATGAATTGCATTTGTGTATTTTTTTTAATCGTCGTTTAAATTTGCGAATTGGATATGTGCAGTTTTGAATCTTTTGAATTTACGAAGAGTATGTATTTCTGAATCATCTTTTGAAATCGCAAATTTAATTTTTGGAATTTTTTAATCGCCTTTTGAATTTGCAATTTAGGTTTGTGCATTTTTGAATCTTTTTTTAAAAATTTACGAGTTGGATTTGTATGTATTTTTGAATCATCTTTTAAATTTACAAACTGGATTTGTGAATTTTGCAATCGTCTTTTGAATTTACTAATTGGATTTTTGCATTTTTGAATAGCCATTTAAATTTACGAATTGAATTTGTGTATATTTGTATCGTCTTTTGAACTTATGAATTAGATTTGTGTATATTTGAATTGTCTTGAATTTACTAATTATGTGTGTGCATTTCTGAATCGTCTTTTTGAATTCACAAATTAGATTTTTTTAATCATCTTTTGAATTTAGGAATTAGGTTTGTGTATTTTTGAATTTGTGAATTGGATTTGTGCATTTTTAATATTTTTGAATTTATGAATTGGATATGTGAATTTTGGAATAGTCTTTTTAAAATTGTGAATTTGAATTGTGTATTTCTGAATTGTCTTTTTGAGTTTGCGGATTGGATTTACATATTTGTTTAATATCTTTTTTTGAATTGGATTTGTGCATTTTTTAATCGTCTTTTGAATTTATGAATTGGATATGCATATTTCTGAATAATCTTTTTTAATTTGCAAATTGGATTTGTGCATTTTTTAATCATCTTGTGAATTTGCAAATTGAATTTGTATACTTTTTAATTATCTTTTTATTTTTAAATTAGATTTGTGTATTTTTAAATCGTCTTTTAAATTTACAAATTGGATTTGTAAATTTTGGATTCACCATTTGATTTCATAAACTGAATATGTTTATTTCTGAATTATCTTTTTGAATTTGTGAATTGGATTTTTGTATTTTTTAATCCTTTTATTTTCTGAATTGGATTTGTATGTTTTGAATCGTCTTTTGAACTTACAAATTATATTTGTGTATTTATGAATTGTGTTTTGGGAGTACAAGTTGGACATTATAACTAAATTGTGTTGTGGATGTATTATATTTTGTAAACGTATTATTTTTTAGACTAATCTGTCTTTAGCACATCGAGTCAAATATGTACAAAAATGTACATATATGTACAAATATATTTTAGTTTTCATATTTATATCAGTAATTTTGTATATGTAAATGTTTATGCAATTTATGTACAATGCAGTTTGCAAAGTTATGTTTTCTATAGTTTAGTAGATGTATTATATAAGAGACATACTATGCCACACAAGTGGTTCTAATTGGATTTGCATTGTAAACCTTATGAAAGTTAAAAAAATGCATTTGTTTAATTTCACATATTAAGTTTTTAGTGTTGTACTCTCCAAATCATTCTGCATAAATCTGCCGATTTGTACACAATTTTGAGAAAGAAAAACTTTTGAAGAGTGTTTGAAAAATGTTGAAAGTCAGCAAATTCTGTCTGACCCTGCACATGAGCAAAAATTGCATGAAATATTTCGTTTGATAACATTTTTATGTGCTCAAACTTATTATAGTGTAGGTCTACAGTAGCATAAAAAAATAATTGGTTATATTCTAGAATGTCAGTTACCATAATGCATAAAATGTGTTTGTGTTTGCAAAACAAAAAAGCTGTTTGTTATATCTTAAATAGAAGCGTATCTTGGCAGTGTTCCGCTTTGAACTGGAATCATCTTATAACCAGTCGCAAAGTGAAAATCATAGTCGAAATCAAGTAAAAAGTCATTTCATTTTTTTTCTCACCCTTGCCGCCAGGCATACAGCTGAGATAAAATCTCCTTTTTTATCAATTACTTTCAAGGACATGTCTTTTTAAAGAGTTTCAAAAAAAATTAGTCATCATCACTTGTGTGAATGCACCGCCAAAGCCACCCGGGGTTAACTGTTAATAATGGTGATTGGAGATCTCTTTAGTATGGGGGGTTGTCCCAGTATGGCATCAGCGACCTTGAGATGACCTGTAACGGTGGACTCACATCGTTCATAATCCTCATCAGCACAATTTGTTTTCCTGCAG
Seq C2 exon
ATTCGAGAAGATGATTAGTGGGATGTACATGGGCGAGCTGGTCAGACTCATCCTGGTGAAGATGGCCAAAGATGGGCTGCTCTTCCAGGGTCACACCACGCCAGATCTGCTCACCACCGGACACTTCCAGACTTCCTTCGTCTCTGCCATTGAAAATAGGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101482:ENSDART00000160690:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0372711=Hexokinase_2=FE(25.2=100)
A:
NA
C2:
PF0372711=Hexokinase_2=FE(22.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]