DreINT0079152 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000088140 | hsd17b7
Description
hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 7 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061013-378]
Coordinates
chr6:34963951-34968467:-
Coord C1 exon
chr6:34968273-34968467
Coord A exon
chr6:34964056-34968272
Coord C2 exon
chr6:34963951-34964055
Length
4217 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAC
5' ss Score
7.29
3' ss Seq
TTCTGGTGATCTGTCTGCAGGGT
3' ss Score
7.76
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAAGAACTGGAGCCTTTATTGTGCCAGACAGAGCACAATTCTTTAGTCATCTGGACGTCCTCCAGTAATGCCCAGCGATCCTCCTTTAATCTCGAAGATGTGCAGCATAAGAACGGCCCTTTGCCCTACAGCTCGTCGAAATATGCTTCAGACCTGCTTAGCTTAGCCTTGAACCGCCACTACAACAGCCAG
Seq A exon
GTACACTCCAAAAATGTACACTGCTTGTTCAGACTACTCATTTAAAAGAATAATTTGTTTAGAGATCTATTTGGGGATAACTTAATTGTTTTATGTTCAAAACAAGTTAACATAATCGATTTGTATTGGGACAACATGTAGGAATTGTGTGGAACCCAGCATTTTTTACAGTTCTGTAAAATCAAGACCATTTCTCAATAACTAGTCGTAAAAATAAAAATAAACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTCAGTTATTAGCCCACCTGTCAATTTTTTCCCCAATTTCTGTTTAACGGAGAGAAAAAACACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACTCATTTCTAATAAGTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTGACTAAATATTTTTAAAGGCACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGACTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAATGATGGTTTGTTCTGTAGACTATCGAAAAATTTATATTTATATATAGCTTAAAGGGTCTAATAATTTTGTCCTTAATTTTATTATTTTTTTTATTAAAAACTGTTTTTATTCTAGCTGAAATAAAACAAATAAAACTTTCTCCAGATGAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATGTCCTTGCCCTGTTAAACATTGTTTGGAAAATATTTTTAAAAAGAGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATAGTTGAAATCACTTTGATAACAATAATGACAAAAATAATCCAGCTTACTTTAACCTGCACTCTAAGAAAAATCTTTTTTGACCAATTTCTTTGGTTAAATGGTGTTCATGTCATCACTAAGCGAATGTTGAAATTTTACCTTGATGATCTATAGCAGGGGTGCTCAACCCTGCTCCTGGAGATCGACCTTCCTAAAGAGTTCAGCTCCAACCCTGATCAAACACACCTGAATCAATTAATTAGGACCTAAACAGCAGTTGATAAATACAGGCGAGTGTGTTTAATATGGGTTGCAACTGTGTGTAGATTCGCTCTTGACATTGGTGGAGACATACATCCCTAGGGCGCATGCCTTGAACAGTACAAAATTCTGTTTCGCACTTTTAAAAACATGATTAAAGTACTTAATCATTAAAAAACACTTAATAATACATATAACAATCCTGTCCCATACTGATAAAGTCAATTTACAGGATTTTTCTGTAGTTGGGCTTTGAGGAGGTATGCGTGTAGAGAAATTTAAAGAGGTGTGTGACACAATTGAATGGTTTCATCCTGATTATTGTTTTTCATAATCATGGAGGCCAAAATCAAATCAGAATTTTAATTTATTGCACTGCCTTAGTTAATAGTATTACGGTGAACTATTAGTGAACTTGACTTAGTGCATGTGTAGGTTTTAACGGAGCATTACTTGAAGTCGATTAAATTTGTATTAGTAGGGACATTTCAGTAATTGGTGGATATTGGTGAGGACATGTCCTCTCTTTCTATGCCAATTCTACCCTCTTTGATCTATAGCAGGGGTGCCCAAACTCGGTTCTGGAGAGCCAGTGTCCTGCATATTTTAGTTCCAACCCCAATTAAACACACCTGAACCAGCCAGTCGAGCTCTATCTAGATATACTAAAACTTTCAGGCAAGTGTGTTGAAGGAAGTTGGAGCTAAACTATGCAGGACACCAGCCCTCCAGGACCGAGTTTGGACACCCCTGATCTATAGAAAAAAGGTCAACAATGAGGTTATGGTGGCATCTAAAGTATTACAGACCTCAAGCATTAAATCCAGCATATGACAACTGTAGTGGTGAATAGAATAAACAAAATCGTTTCAGCATCGATATCGCAATGTGTGTATCCACAGTAGTCACATCGATATGCAATGTTTTTTTTTTCCTCAAAAGTGTTTTTATTGAACATGTTAGATATGAAAAGTGTACAAATAGCTTTTCAAATTTTTTTTTAAACACAACAAACAAAACCTGTCACACACATATACATTTAGGTTCTATAAAAATAAATGAATAATATTAAAATAATATACTAATAAATAATAATATTAATTAAAGCATATTTTACTCATATCTATAAAAAGGAAAGAAAAGAAAATGAAAAAGATATTAATAAAAATAAGAAGGAAAGGTTCTACTCTTCTAAAATAACTGAAGGGGCCATCTACTTTATGTGATCTAAAACAGGTTGCCAAATGGGAAAAAACATATCAGTGCAACCTCTTATAGCAGGGGTCAACAATCTAGGTCCTGGAGGGCCTGTGTCCCTGCAGGGTTTAGCTTCAACTTGACTCAACACACCTGCCTGGATGTTTCAAGTATACCTAGTAAGACCTTAATTAGCTTGTTCAGGTGTGTTCGATTAGGGTTGGAGCTAAAATCTGCAGGACACCGGCCCTCCAGGTACAAGTTTGGTGACCACTGTCTTATAGTGTATCCTATATTTTTTCTAAGGTCAGGTTGTGTAGAAGTTCTGTAAGCCATTGATTAAAGGTTGGAGGATTTTTTTTTTTTTTGCTTCAAGCGTGGCAAAGACAATCACATTTATCTTACTTTTATTAAAACGTAAGGACTTTGGTGTGATCCAAATATTGAAATGATGGCCTCAGGTTCTGTATAGGTATTTAATGTGTCAGAGAAGGCGACGCAGTGGTGCAGTGGGTAGTGCTGTCACCGCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGAACCTCGGCTCGGCATCAGTTGGCATTTCTTTTTGCATTTTCTCCCTGCCTTCACCTAGGTTTCCTCCAGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCTAAAGACATGTGGTACAGTTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCGTAGTGTGTGAGTGTGTGTATAAATGAGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGTGGCTGGAAGGGCATACGCTGCATAAAAAACATGCTGGATAAGTTGGCAGTTCATTCCGCTGAGGCGACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCGACAAGAAAATGAATGAATGAATAAATCTGGATTATAGTTGAATAGGAGCTACAGAATTGTATTTAATCGCTGGAATTAATTTGATTAAAGCAACAACAACAACAAAATTATTACTTAGAATTTTTGTCTTTGTTTCTAGTCCTTGATCTAATTTTTTAGATATTTGGACTAGAAATTAGACAAAGAAAAGCATTTTTTTGTATTGTGACTCCACAGAAAACCATCAAATAGTGCTATTTAACTATCTTGTGAAACTAGTCATTTCGTAATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATCGTTATTAAAGTTACAAAATTTTCTTGTGGCCGGATGTTTTAAACGCTGAAATATTGAAATGTTTACATGCTTTAAAGGGACAGCTTACTCAAAGACTAAAATGTTCTCACTATTTACTCACACGTCACTTGTTTCAATATACTAAAGGAGTTATTGTTGTACAATCCATTTATTACTTTTTTCAATTTACATATCACAACAGATTACACAGTTACAGAATAATAATCATGAAGACACAGCAAACTTTTTATACAAAATAAAATAAATAAATAAACAAGAAAAAAAGGATATGTTTAAATTAGGTAAAGAGTGTTTTCTGAGTCTGTTTAGACCATGATACTCCCCTACTCCCTCTAAGCTTGTTCTTGTTGTAGCAGACTGTCAACATTTACATTGTACTTCAGAAAGTTATTAAAAGGTCTCCAGATATCTTCAAACACATTTTGTTTCTTTTTGACATTGTATGTGATCTTTTCCATTGACATATGTGATGCCATTTCTTTAATCCACTTTCCTATTCTGGGTTCATTTATATTTTCCCAATTAAGAGCAATAATACGTTAAGCTTGTAAAATACACGTCAATGAATCTGACCTCTTTGCTTTGTAAGTGAGGGCTGACAGGATTATATCGCTATATTTAGCTCAGAAAAATAAAATATCGCAATTTCATATATTTTTAATAGCGTGCAGCCCTAAACAGTATCATCTGCTGGTGTGGACACTAATATAGTTATCATTCTTGATGTGATCTGGCCTTTAGTGATGAATTCTGGTGATCTGTCTGCAG
Seq C2 exon
GGTATGTTCTCATCAGTGATCTGCCCTGGTCTGGTCATGACTAACCTCACCTATGGCATTCTGCCTTCATTGTTCTGGACTATCATCATGCCAATATTGTTTCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000088140:ENSDART00000113097:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]