DreINT0082960 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000037917 | itga3a
Description
integrin, alpha 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090805-3]
Coordinates
chr3:34747885-34752269:+
Coord C1 exon
chr3:34747885-34747977
Coord A exon
chr3:34747978-34752052
Coord C2 exon
chr3:34752053-34752269
Length
4075 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGG
5' ss Score
8.92
3' ss Seq
ATTGACCAATTGCTATTCAGGTT
3' ss Score
6.07
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAATATATTTTCGAAGTGGCACAACCCTGCGGATGAGTTTCATTTATTGAAAAGCAAGCTTCCAGATTCTAGAAAAGGCAATATTTACATTG
Seq A exon
GTAAGGCAGCAACACATGCATGCTTTCAGTTTGCAGACATTTTTACAAAAACAGCTACTGTGAAAACAGTAGTTTAGTTTTTATTTAACATATTTAGTTTTATTAAAATTATTTAGTTTCATTTAAACTTAGTTTTTATAGTTAAATTTTAACATAAGGTTTTAATTATTTATGTTAAAAATGCATTAACTAACATTAGCGAACACTGAGCAGTATATTTGTTGTAGCATTTACAGTACCAGAGGTGTAAAGAGTACCTGAAAACCATACTTGAGTAAAAGTACAGATACCTTACTGTAAAAGTTTCTCCATCACAAGTTACAAGTCACCAATTGCAATTCGACTTGAGTAAAAGTATTAAAGTATCCAATTTTAAAAGAACTTAAGTATTTTACTCCTACTGAATGTAGGCTCAAAGAACACCAAGAACAGTTTTAATTCCTTAAAATAGAACAAAAAGTCTCAGTCAAACTCAAATGTTCAAAAAAGGCACAAACAATTAAAAAAAAAAAAAAGTAGTAATACGTAGAAAAAAAATCAGAGCTGACTCTCATGTGATTCACCATTCAGTCTCAGAGGGGGGCAATATTTTTATTTTGAGTAGTTTTTCAATTGATTAGGATGTTTTCTCTGTATTGAAATTAAACAAAGAGGAGCAGTGTTATTTTTCAACTTAGTAAACTACATATACAGTAAATGTAAAATACATCACAAACTCACAGCTAAATTCACCTGATGCAAAATGTATAATTTCAGTGATACATTTATTCATGTTGCACAAAAAAATTTGACTAAAACAGTCATGTTGCAGTGTTTTTTTGCCATATCATTACCTGTATTGACTTTTGGTAACATTATGCTTACTATACCATTGTAAAGTCAGACATAATTTGACTAAATTCACAATAAATTAACATTAAATAGACTCTTACCTTCACATTCACTCTTTTACAAATGCACAGGATCGGAGCTGTTATCAAAAACATGTATTTATTTACAAACCATCACACTTACTACAAACACTGTAAGATGGAAATAGAGCTGAAGATCTTTGCCTGAACCCGATGAAATACAACTGGACCCTACGGGTTTGGGTGGGTACGGGTTTAATTTCTATAATTTTAGATGGGGTTGGGCCGGGCTCAGGCTTGCCCGGTAAATGAACCATGTGATGCATTTCGAGTAACACGAGAAAGCAATCAAATCGCTTGTTACAACATCAAAACCCAGTCCTGCAAAGTTAGAACCTATGATGACGGAGAAGTCAAGAAGAGCGAATTTTGCGAAGTGGGAAAATGTACAGCAAGCTGACAAGGGAAAATAATGAGGTCACTTGCTTCATTGAAACCACTGTCATGAACAAACAATCCTATCCAAAACTTGCAAAATAGCCAGGTCAGTAGTACTACTGTATGCATCCCAGCCAGCAGCAGCAGTGAAAAGGAAGTTCAGTGCTGCTGGACGCATCATCAGTGAACGCAGGACCATGCTAAAGCCATGAACTGTGGATTAAATATTGTTCCTTCACAAAAACACGTAGACAAATTATAACTAAACATTACTTAAACCAAAAGTACATAATGCAATCAGAGTATATAAGGTAACGTTCAGCTCAGTGAAGTGAAGAGAAGTGGAGAAACAAATCCCGTAGAGTCTTTATCTTAATTTTGTTATTGCCAAATACCCCTCATCATTTAGAATTTATTTTAATTTGTTAGAAAAGACGTATTTTTATTGGTGTGTTGACCAATTTAAAGGCTAAGTGTATGTACCCATGCCCATTTAGAGTGCTGAGATGTTACGATGTTACAGAGGACTTATTTTATTTCTTTGTTCCAACTTCTACGTTTGTTATCAATAAATTATGTTTAAACACATATAAAATACTCATTCTTGAAAAAAGGCAAACGAGCTGTGCAAACGGGCCCACAGCTGTAAATGGAATACGGGCAATTTTCTCCCCTTAGACTTCCATTTATGCGCACGTGAATGTGTCAAACCGGAAACGTAAGGTCAAGTGGCAAGTTTCGCATTTCGCTGCATTGAAAAGTTCAAGCTTGGTGAACTCTGACCTGCGAAATCACAACGCATGATTGTGAAGCTGCGGTCACATTGGACTTTTCTCGCTGTAGGCTTCCATTCATACGCACACGAATGCATCAGACCGGAAACGCAAGTTCATGCGTCAAGTTTATTTGTGCATCAATTGTTTATTGATGCGTAATAGCATCACTTGACTGCGTGAGATTTATTTTTTGCAATAACAACAGGCCATTACATCAAATAGAAATACAAAACTGATAGAAGTATAGTACAAGCAATACAAATATTACTTTTTTGCAACAAGAGAAATGTAACAATTTTAAAATAAATTTTATAAAGGTAAAGCAAAAGAAAGACAAAGAGAAAGAAAAAGAAACAAAAAAAGACAAAAATAAAACAAATTATTGCAGAATATTAAATAAAGCACATGTTTTATTAAGGTTTAATTGCTTTCTTGTTGTGAGAGTCTGTAATGGTTTTTAAATACAGTTCCAATTCTCTTTTTGATTCCATACATGTTTACCGAACACAAATCATTCCCAGAATTGCAAAATTGTAACTAAACCTCTTATTGTTGTAATCGCCAGTGGTGTAATTGTCAGCGCTATTTACTCTGTTAGAGATTACTTCTTAATGAACTACAACTCCTAGAACTCTCTGCACTTAACAACTCTTACAGCAGCTGACAATAATCCAGACACTCACACACAGTCACAGCTGTAGCTCATGATGCACTGATTACAAGGACCATAAGTTAATTTTACCTTCACTCTCACGTTGCTTAGGCTCATTTTATTACAAAGCGCTTTCCTTATTGGTTTTTCTGTGTTTTGATTCTAGCCTTGTTCCTTGTAGGGCTGGGCGTTTGGCCTAAAATCAATTAATTGAACATTTAACTTATTAGGATTGATAAACAATTATTTCATTTATTTAATTTTTTGCCCTGATAGTTTACTGATGAGTTTTGTACTGTAAATATGCCCACATATTATGAATGAGGGATTTTTAAATGAGGGGGTAAATGCTTGATTTTAAAATAATTGAAGAGGAAACACACACTATCTACTATCTATGATTATTTACTTTAACTTTGGACAATGTTGACATAAAAACACACATTGCCTAAAACAAACAAACAAACAGTCAGTCTTTCTTATAAAAAAAGTTTTAAAAAAAATTATGTTTTTCATATTAAAAGTAGAAAATAAGCGGTATCTCAGTTCATTTCTTGAATTTTCTGTAAACAAATATTTTAATGTAAATAATAATTTTATTGTAATGGAAAATATGCCATCTCAAGGCTTTTCTAGCGCAGCTCCCAATCATCGTCAATGTAGTGCAAACATGCAATGTGTAGTTACATTTTTTGGGAGGTGTGCAAGTATACGACCGCACAAAGGCTGCGCCAGACCATTCCCGTGTGTTCGACGCAGAAGTATAAATCAGTCAGAGTGGAGTCACATGACTCCACACGCAGTAGGGAAAGTAATTTCAAAAATTTAATTGAAAAAATTAGATCGATTATAGTTTCTGAATATCAATTTTGATTACTTTTCGATTATTGGCCCAGCCCTAGTTTCTCATTTTCATTCTTTGCCGCCTAGTCTGACCTCTTGCCTGCATTTACAACACCAAATATCGGAATACCCATGTGCTATTGTTTTGCTCCTGTTTCTGTCCTCTGCCTGTACAACTTCAACTAATAAATTTCTCTTGGATTCACATGTCAGCGTCCGACTTCGTTACACTTATTTTTTCACAAAACGTGCTCTTGAAGAATTGGCATATCCAGTCTTAAGTTAATGTTTTAAAGTGCAAATACGGCTTAAAGGGAAAACACAAAAGATTAAATATTAACAAAATAATAATAGCACTATTTTATTTGAATATTGCTATTATTATTTTGTTAACATGTAAACATAAAATGTAAGTCAGTGTAACTCTTGATTTTACATTAAGGCCTTACAAATTTAAACAATCAGCCTGTGCAAAAAAAAAATCTTATTACACTTATTGACCAATTGCTATTCAG
Seq C2 exon
GTTACTCAACGATTGTGGACCAAGATGTTCTAGTCAAAGGCAAAGACACAGTGGTAACAGGAGCACCGAGAGACGAAGCAAAAGGATCTGTGATGATGGCTGAAGTTTTGAAAAGCGGTGGCAGTGGAGAAGTCAAAATAAAAGTCACTGTCACAGGAGAACAAGTCGGGTCATATTTTGGCAATAGTGTTGCTGTTGTGGACCTTAACAATGATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000037917:ENSDART00000055263:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF135171=VCBS=PU(6.8=6.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]