DreINT0084797 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069560 | kcnh3
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-23]
Coordinates
chr9:28159568-28164853:-
Coord C1 exon
chr9:28164719-28164853
Coord A exon
chr9:28159708-28164718
Coord C2 exon
chr9:28159568-28159707
Length
5011 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
TATGGATGTGCTCTGTGCAGACG
3' ss Score
6.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACTCAGTTCTGGTGTCTTCTGGATATCGTGCCCATTAAGAATGAGAAGGGAGAGGTGGTGCTCTTTCTAGTGTCACACAAGGACATTACAGACAACAAGAAAGACCAAGATGAAGAGCAGAGCCCAGAAAGAG
Seq A exon
GTGAGCAACTCAATACAGTCAAAAAGTTTAGAATCACCAAGAAACGACACTCAATAGAACGTCCCTATGCAACAGCAGCACCCAGCGATTCCGCCATTCTGGAGTGAAAGCGGTCGACAGTCCATTGAATCTTATTGCTGTGGCAATGGCAAGCAGCTGCTTTATTTTTTATTTATTCATTTAAAAAGCGCATTAAAGCTAAAATACAACATGAAAGACAACAATACAACACTTAAAATCATATACTGGTAATTATCAGCACTTTTAATAGTTTATTTTACAGACTTATTGTTTAATATATTAACCATACTTGTTTTCTTGAAACTGTCAATTTTAGGTGAATTTACTTTAAATTACTTTAATTTAATAGTTTACACACTGGCTTAATACATATTAATACTGACATGTTAAATTAAATTAACATGACTTTCAAAATGAGATGTTGATAACAGTTTAACAGTACTTTTTGTTGGAGTATTATATTATAATAGTGCATGGTATTTTTATGTGTTGTCTGATAAAAAAAGACTATAGAAATAAAGATGAGTTCAAGTGATTAATGTCCAATTAAATTTACATTTTAATTGTACAATTTTTAAACAATATTGTGAAATAAAAACTTAAAATAAATATTATACTTTGCTGTGATGCTTATATTCACTAATTAAAAACTATAACAGTGAACAGCTATTATCAAAAAAAAAAAAAAAATTGTATTTTACCTCGTAGTTCCTCATTAAAGCTTTAATGTACAGCACAGGTGGTTTAAAGAGCTCAAAACCAACACACAGCATTTGCTTGTTGACCCAGTCTCTCGGATACCTTCTGTAATGAGGCCAACCTTTCAAAATGCACAATGCGAACACAATTGTACTGTTTTGTGTAGAACAAAGAAAACAATGAGGAAAAGAGAGAAAAGCGAGAAAGTCATAATGTGTAAAAAGCCTCTGTGTGTATACAGTAAAAGTACAGAAGCAAAGTGCTCAATAACAAAGAGAGAATGACTTCAAAAGGGTAAATTATCCTTTTATGCACACAGCACCACTTTCAGCCTCGTATGGGATGCTCTACAAAGCGTATTACAAGATGATTATGCCTATCTCGGCTTAATTCCACTAATATTCATATGCGCACATACACCTCCAACACCTGTGCTGTGAATGTCATACTTCGCAAGCTCTTTTTCTCTTTCTCTCTCGTTCTTGGCTCCAGAATCCTGATTTTTCGGATGCTTCGATATACAGGCCAGCAGCATCTCCTGCGGTGCTCGCTGTTACAGTAATCCTGACACTTCTCTTCCCCAGAGAGATAGAGAACGGTAGACTGATAAACAGAGAGATGAGGAAAGCTTGGCACAGAGGTGTGAAGCTCCCTTTAGTGGCCTGAGCTCCAGCCAATGCATGGTACTGTTCATTTGGCTGAGGGATGAACATTGGACTAGGAATAATTTATAGCTGGTGAATAATGTCAACTCATTAAAAGTGGATATTTGGAATCGGTTAAGATAGAGCGAGAGTTGCCTTCCTAATTATGCTGTTTAAGCCAAATAAAGCGTGGTTGGAGTTATGTAATGAAGGGACAAAAGCCAGTAAATGTAATATAGAGGGATGGAATTGGGATTTGGATGTAAGTTGAAGTAAATTGGTAGGTTTGTTAGACATTAAGATGCAAGAAGTTGACAGATGGCTCTCTTCAAATTAATGTTGTAAACTGAAGACTTCAATTAAAATCAACACTTCAGCTGATGGGAATTAACATGCTAGTTCGGAAATGAAAAGAAAGGGCATTTTCTGTCATGGTTTCCCGTATTTAATTTTCATAAAAGGCATAGTTCACCTAAAAAGAAACATTTATTTACTAACCCTCGGGTTATCCAAGATGTAGGTGACTTATTTCTTCCTTGGTGATTCATAAAATGTCAACATCAATGGCCACTTTGAGAATCAAAATAACATAAACTCATAGCTCCTGGCAATATGATTCTGAACATATTTTTACAGCATTATAACCTTTAATTCACAGCCTCTGCAAACAGTCCTCCTCATCTCATCCATTGTAGTCTGGGTTCATGAGTAATAATGTTGTAAATAATGTTATTAGATATAATCATATAGCCTCAATATATCATTAGGAGTGATGGGTATTAATTTAGTTTTGCTTGCATATGTTTGTATATGTTTGACTTGCATTTATGTGTCACCAAGAGCCATGGTTGAAAAAAGCCAAACACATTATCTTACATAAAAATGAAATGACACTGGGAAAAAGTGTTGAATACATGAAGAAAGTGAGATGTAAATACAAATAGAAAGCCCAGACAGCTGGTGAAATCTCTCATTAGTTAAAAAGCAACCTTGTCAGATGTCAATATAAATTAATATTAGCTGCAACACCTACAGTTGAAGCCAGAATTTCCCTAAATAAATCCCCTGAATTATTAGCCTGTAGGCTATCGAAAAAATATATAGCTTAATGGGGCTAAGAATTTTGTCCTTAATTTTTTTTAATTAAAAACTGTTTTTATTCTAGCCAAAATGAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATATTCTTGTTCTGTTAGACATCATTTGGGAAATATTTAAATAAGAAAAAAAAAATCAAAGGGGGTTTAATAACTCTGATTTCAACTGTACATTATCAGATAATGAAGGTGAAACCAGAGTGTACGTTTCAGCAGTTATAAAAGGTAGTAAAAAAAAACAATACAGTGGAACGATATAACATTAAATAAGTAATTTTTAAGAGACAGGTCACCCAAAACTGAAAATTCTCTCGTTTTTTACAACCAAGCCCTCACTCTTGCAAACCTGTTTGAGTTTAATTCTTCTGTTGTACAAAAAATATATATTTTAAATAATGTTGGAAACATGTAACCATTGACTTTCATAGTATTTGTTTTTCCTACTATGGATGTCACAGGTTACCACACTGAAAGAAAAAATATTCAAAGATGATTCCTTGGATTTACAAAAAAATATGTATGTAAAGTGGTTGTAAACAATTCATTTGGGTTTAATTTAAACAAACAAATTAAGTTGAACATTGCTACATTTAATTTGCTTGTTTAAATCAGTTTCAGTTTAGTTTATAACATTTCCCAGAATGTCTTCTTTTGTGTTTACCAATAGAAGGAAATGTAAACGGGTAAGAAATGCAATGTTCCACACAATTTATTCATGTTGTCCCAACACAAATTAAGTAAGTTAACTTAACACTTTTAACAAATGTATATGGATTGAGCATACAACAATTAAGTTGTCCCAATGAATTATCAAGAATTGTGTTGATTAAGCTCATTTTAATTAAGTAGTTTAAACGAGCAGCAAAATATATATATTTTTTGAGTGAACCACTTGAGGGAGTGTAAATAAATATTGAGTAAATTTTCATTTTTGGTCATCTTTTTAAGGAATAATTAAATGATCAGTTTTAGTAGTATTTATAATATTACTAAATTACAATGCAAAACAAAAATGTTGCACTGTACACTATTAATTTCTGAAAATTGTTGGATTTTTCCTGTAGATCTGGGATTTTATAAAAGAAATTTATGTAGGTATAGTAAATGGAATAAAATTAATTATTTGGGTGGTTAACTATCGCTTTAAATCAAATGCTGGTCATTATGCATTAAAATTAGGCCCCCTCTCACTGTCTGAACATTCCTGGTGCTGTAGATACAGTATAATGGCAACACAGGCTCATTGTAAAAATGTACCCATTTATACATTTCTGGATAGTGCAAATTATGTAGCCAGAGATACGTATGGCTACATTTCGTCTTAAGAAACAAACACTCCGGGGGCAGTTGAGGGTACCGACTACCACGCTATCATGCTACCAGCAGACCACTTACCTCTGTGTGGACGGCTATTCCGTGGTAAAAGTTTGCCCATTAGCTTGCCAAGTACGTTGGTGGACTTGAGACGCAGAGAGGAGTTTAGTCCGACAGCGACAATTTCTATTTGAAAAAAAATAAACAAGTAAATAAATGGGTGAAACATGGTAAAATCTGAAACATAGGAAAGATTAGGCAGCTCAGAGGGCTTTTCTTTTTCTGCATTGCCTTATGTAACACTGTTGGTTGGGTTTATGGAAGGGGATGGGTGGGTGGGTTAATCTGTGCTTTTGAAAACACTATTCATTTGGTTTAAGGAAAGGGGGTGGGTGAGGGGGATCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCATTCAACAGCGGCCTCTGGTGGATTTGCACAAAAACAGCACGTGCAAATGGCACTCATGAGAAAATTGTGAGATCTGCAAAAGCGTATATAGCAGCCTCTGGTGGATTCGTAAAAAACAAACACTGCAACAAAAAAAACCTACCTCCTGGGATGTAATTTGTACTCTTCAGAAACGTATACAGTGGTACGCATCAATAATGAGCTTGGGTTGCATAATGAGAGACTAATAGCCTTCACAGAGAAAAGGAGAACAAGCGCAAACAGAGAATACCATTGAATTACAATCAGAATTATCATCTTTTTCCTTTTTAAGAGCTTCCAAAGGCTTTAATTGTCTATTATAAATTTGGCTGTTTATTTCCCACAGTGTAATCTAGCTGTGCGCACAATTGTTCAATTGTTCTGCTGTTCTTCCACTGGATGCAATTCTCTTCTGTCATATTTACAGACCCTTGATAAACTAATGAATGCAAATGTAATTTGTATTGAGCAGGCAGCATGTGCTAATGGGTAAATGTAATCATGATTTCAGTGTCAAGTTGTGTTTGTTCAGAGGTTTATGGACGAGACATTTCTAATAATCCCAGTGTAGAAATCCTGCAAATTTGCATTCATGTTCTACTGATTTACAGAAAGTTACTTTTTTTGGTTTATTGGGAATGGGCTAACTTAATGTTATTTGTGTGGTATTTTGTTGGGTTAAACAACTCAGAAATTAAAAATGAAATGGACTAACATGATTTATGGATGTGCTCTGTGCAG
Seq C2 exon
ACGAGGAGACGGGGTTGGAGGTGCACAAGGTCACACGGCCACCGGGCTTCAATGCCAACCGGCGGCGCAGTAGAGCTGTGCTTTACCAGCTGTCTGGACACTTGCAGAAACAAGACAAGAGCAAACTCAAGATCAATAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069560:ENSDART00000146284:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.304 A=NA C2=0.277
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(29.2=67.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]