MmuINT0085544 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000073383 | Kcnh8
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2445160]
Coordinates
chr17:52892898-52936871:+
Coord C1 exon
chr17:52892898-52893029
Coord A exon
chr17:52893030-52936743
Coord C2 exon
chr17:52936744-52936871
Length
43714 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGCGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
TGAGTCTTATTTCCCTCCAGACA
3' ss Score
8.8
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGCTCCATTTTGGTGCCTGCTGGATATCGTTCCTATAAAGAATGAGAAAGGAGATGTAGTCCTTTTCCTGGCCTCATTCAAAGACATAACAGACACGAAAGTGAAGATTACATCAGAAGATAAAAAAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: