HsaINT0084395 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000183960 | KCNH8
Description
potassium voltage-gated channel subfamily H member 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18864]
Coordinates
chr3:19281198-19342714:+
Coord C1 exon
chr3:19281198-19281329
Coord A exon
chr3:19281330-19342586
Coord C2 exon
chr3:19342587-19342714
Length
61257 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTGT
5' ss Score
7.81
3' ss Seq
TGAGTTTTATTTTCCCCCAGACA
3' ss Score
8.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCTCCATTTTGGTGCCTACTGGATATTGTTCCCATAAAGAATGAAAAAGGAGATGTAGTACTTTTTCTGGCCTCGTTCAAAGATATAACAGATACAAAAGTGAAGATTACTCCAGAAGATAAAAAAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ACAAAGTCAAAGGAAGATCAAGAGCAGGGACCCACTTTGACTCAGCCCGGAGACGGAGTCGAGCAGTCCTTTATCACATCTCTGGGCACCTGCAAAGAAGAGAAAAGAACAAATTGAAAATAAATAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000183960:ENST00000328405:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.119 A=NA C2=0.186
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(28.4=68.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development