GgaINT0094784 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011262 | KCNH8
Description
NA
Coordinates
chr2:35553716-35562354:+
Coord C1 exon
chr2:35553716-35553847
Coord A exon
chr2:35553848-35562226
Coord C2 exon
chr2:35562227-35562354
Length
8379 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCTGT
5' ss Score
6.43
3' ss Seq
CTCTCACCTCTGTTCTACAGAGA
3' ss Score
7.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCTTCATTCTGGTGCCTATTGGATATTGTTCCTATAAAGAATGAAAAAGGAGATGTAGTACTATTTCTGGCCTCTTTCAAAGATATAACAGACACAAAAGTGAAGATTGCTGCAGAAGACAAAAAGGAAG
Seq A exon
GTCTGTGTGAATTGAAATGAACATTGATAATGCAATTCTTTTGAGTGTCATAGTTACACTGCTCTGTTTCACTCATTTTGCACATATTTATTAAAAATATTTGCAAGGAATATATTTTAATTTTATGTAAATCTACCTAGCAATCTTAAAATAAATTTAATAGTATATTGGTGTTTTGAAAAACATTCAAATTCTTCCTAAACAAAGTGATTCTCTAGTCTTCAGTGATGAACGTAACCTTAGAATTAACTCCTAGAAATAACTGATTCTTCTTCACTTAGTCCACAGCTACTAACAGGCATGTAGGATGTACCTCATATTAACAGAAAAGTGGGTATATGTTTTGTTTAAATGCATTAAAAATTATTTTTAACATTCAGTGAGTGAAATTCATTGCATAATGATCAATTGCATTATTGGATTTTATTTTCACAGTTTATATGTCTAAATAATACTTCTACTTTTTCAAAGGTTAGGGAACCAAAAAGGGAATGTATAGATGCCTTCCATGAGATACAGTTTTTTTATGGTATTTTTGGTGTATCTTTTACACTTAGATTATACATATAGGAAATTATTCCAAGTTTCCTTAATTTCTAAATTTCCTAGAAAGCTTACCTAAAAAAATTCCTTCATATTCCTTGTGTCCTAAGTCTTCTGTAGATCCACCTGCTTTTCACCAATATTTTTTATTAACACATTCTCAGTTTGTATCTCCAAAAGCCTTTTCCAGGCTCACTCTTTCTCATTGTTGATACTGTTCGTCTCATATGTAATAATTTGTTCCCTTTGTACTTTCATGATAACATCTTCCTGAGATTTATCCTGGCTTAATGGAAGCTGTTTTGTTGTTTTCTTTTTTACTTGTGGATTGTTGTTCTATTTTACGGACCTCAAGTGTTCATACCTCTTCAGTTATCTGCAGAATTTCATCTCTTCTATCTCATCTGTTCACATAACTTTAGTCAGTCTTTTGTGCCGCTGTATCTGCAAAAGTCCACCTGATTTCCCTTTACCCAGCCCAAATGCCAGAAGTTGTCAGCGATAATTTCTTTTGAACACAAAGTATTATCATAGAATATAATACTCATTTATAATTTGTTATAAATACAAATTTAACAGATATTTTTCTTTTCTTCTAGTAAAAGCAGCCTTTTCAACCATTATATAGAGCCATTAAGTTTGTTCTGAGACTTTCAGATGAGAAAAATGGAAAAATGTGTACAACAGTCCTTAAGAAGTGTTGCTACAAACAGCAATTCTCATATGTTTTTTTTTTCTTCTTCCTAAACCTAATTAACCATTCTTCTTCCTCACCCCTACCTGATTCACCATTTATCATGGCTATGTTCTTAGAGGTCTCATTTTTTCAATACTGTCATTTTGCTTTCAACATTGCAACATTCAATATTGTACAGAGAAGCCCACACCTGGCGCAAGCATTTAGGATCATAGAATTGTAGAATCACAAGGGTTGGAAAAGACCCAGAGGATCATCCAGTCCAACTGTAGGATACATATCACTAGCCCTCAACCTAGTGGCAGTTCTCCTCCTAATGCAGCTCATGATGCTGTTGGCCTTCCATACCATGAGGGCACACTGCAGGCAGGTTGATGGCTACCAGAACCTGCAAGTTTTGATTGGCAAGCTGTTTGCTGTTATTTGACCCCTACACTGTCCTATCATGTGAGTTTATTTCTTCCTAGGAATTGCACCATCCTGTTCTCCCTTGTCATTCCTGTTTTAAAGGCCCCCTTATCAAGTTAGCCTGCCTACAGGCAAAAATGCTCTTATCCCAGTTGTAAATATGAATGAAAAGTTGGACTACCCCATGGATTAGACTCAGTTACAGTGTTATAGATTAACAGAGTGGCCTTTTCTCACTTCCAATTAAATCTTAGGCCTGTATGAATTTCATAGAAATCAAATTTATTTTGATTATGCATTGTTTGTTGGAAGGAGGGAGCATTCTTTTCAGCGTGCCAGAAGTGAAAAACCCTGTTTCAACCATTTTGCATTACAGAATTTTATGTTTAAAGATGCCTGTTATGGACAAGGGTGGGTTCTATAACAAAATCTGTAATGTGTAGATTGATTATTCTGCCTAATTACTCTCAGCTATTTCCTGACTGCTTAAGCTACAGCAGTGAGTATTCAGAGCACACACTTCAGTTTCAGAACACCTTATGCAACTCAGGAGGCAGTCACCTAGATGTACATTATTTAAAGCTGGTAGAATTGTTTCAGGATGCACCATGCAGTCCTGTTGACGCAGGAAGTGGGATAGAACAGTTTGACTCCTCTGCTCAAAGGAACTGCATGCTGTGGAAACCTTTGTCCTGCAATGACTCTATTACATCTTCTCTGGGATGACTTTGCTCCTGGCTGACCATCAGAGTAGGAAGGATTTCTTGCTTTCAATAAAGAGAAACTGCTTTCATCCTGGTTAGTGCATAAGAGTGGAAACACCTAAGGGACAACTAGGTCTTTATTACTGAACATATAGATGAGCATATAGATGCTTTCTCTCTCCCTTTTCTGCCTTCTCTATGCAAGCAAATATGTTGTATCTGAGTCTTGAATCTTTAGAAGTGTTGATCTTTGTGGCTATTTATAGCTTTATACTAAGTGTTAACATGAGTGGCTATTCCTGCAGCCCTCAGAGCAGCACAGGATATGTTTTGAACATGAGCAAGAAGCATCTTTGTGGAAAGAAAAAGATAAAAAGGAAAAGCAAACTGTGATTCTTGGGAAAATATTAAGAAGGCTACGTGTCCTCTGAAATAAGTTGGAACAATGATAAGATATATGCATTAGCAACCAAATAGCTCATTTGACTCAATGCATCCTAGTAAACTAATACAAGTATTCCTAGATGTCTCTTTTAAGTACAGTTATAGAATCATAGAATCATTGGGGTTGGAAGAGACCCCTGGAGATTATCAAGTCCAGCTCCCCTGCTAAAGCAGTTTCACCAGAGTGGGTTGAGCAGGAAAATGTTCAGGACGGTTTTGAATATCTTCAGAGAAGGAGACTCCACAACCTCTCTGGGAAGCTTGTTCCAGTTTTTTTTTACCATCACAGTAAAGTTCTTTCACGTGTTTATATGGAACTTCCTGTGTTTCCAGATTATGAGCTTCATAGGGTTGCTTTTTCTTTTTCTTTTCTTTTCTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTGTTTTAAACAATTTTTTATTCAGTTTCATGGTTTCCTATTTGTTGGACTTGGTTGATGACAAACAATATAAAATGTCTGCAGTTTCTTTTTAGACTTTGCTATTCAAGGATTTCAGACTGACAGTAGACATCACGAAAGAAACAGTGAATGCATTTAGTGTGTGCATGGCCAATTAGAAAAAAAATCCTCACAGTTTTGTATGTAGTATGTTGTGTTTTGAGTTTTTGGGGTGGAGGGAGTTAGCTTTGAAAACCTTTATAAATAAATGTCTTATTTCTGTTGGAAAATTTGGAAAAGTAAGAAATGCCTTTCAAGACATTTCTCAAGCCTAGACATAGCCTAATGAGTCTTAGATTTTATGAATTAGAAGACCATGAGGATTAGAATTCATATTGCACATATTGCACTCTGTCCAGAAATGCATGTTAGGGGACTTGGAACATTTGAAGAATTCACCTGTAGTTGCAGCTATACTAAATGTAATTCATGCACAAATGGAGTTCTCCTCAGAGCAACTTTGAAGTCCTGTGAAGATTCAGTAAAAATGTCTGTCAAAAGCAAGTTTGGCCTTGCTGTAGATAAGACAGTTTTACAGCTGCTAGCTATTCACTGTACCTTGTATAATTAAAGTTGTAAAACTGTTTTATATCCTTTCACTTTCCTTTTCTGAAAATCTCATTCCTTGAGAGCAATGAGAGTTTCTTGGCATTCTAGCAACTGTTTGAAACCAAAAATATTATAGTTTTTTAAACATATATGTATCTTATCTTGTTAAACTACTTTAAAAGAAAAAAAAAGTCTCCCATGGCTTACCTTTGGGCAAGTTGTCCCGAACACAGCATGTTTTTACAGGCGACAGATCTGGCTTTAGAATCCTAGTGAGAAAACTATAACTCACCAGCCATGGCAAACAAACCTTTTTAATGCAGTAACAAAATAGTTATGTTGGAGTTTGAATCTGTTACTTCACTATAACAGACTCTGTAGCCTTTCAGGAGAAACCTGAGAGAAGGTTGTAGCAGGGAAATAGTTAAAAATCAGCTTACCTTTAGAGTTCTGCTGGACCTCAGTCTGCTGTTAAAAGTAGCTGAAAAATATTTGTCTACTTGGATTTTTATTTTTCTTTCAGTTCTGAATTTTATGAGATAGATACAAATACCAGCGTCTGAAAAGGAGCATTTATTTTCTTATTTTGAAGTGTACACCTTCAATTATCAAAATGAAAGTGGACAGAAATGTTTGGGTTACTTTCCCCCTGACCCCCTCCCCCCACTTTTTTTTTAATGGTGGAATAGTCAGCAGCTTATCTGATAAGTAATATGAATGTTTCCAGTCCATGAAACAAGTAGTAGAGTTACCTTTGTTTCTTTTCTCTTACTGTTCTAAGCTGAATTTTATCTGAAGTCATAGTATTAAAATGATGAAAATCATACCATTCTTCTGCTGTAAAAAATTGGTCTGTAATAGCTTTTCAGCTGGTATGTACTTTAAGTACTTCTTATTGAATCAGTTAATCACTTAACAGAGGAGAAGTGGCTAGAGTTTAGCCTGGATCTAGCTAATATTTCTGTGAATATTTGGCTGGTTTTGACAGAATGTGTATTGTCCATAGTGCTTTTATTCTGTCTTTAATACCAAAGAGACTTGTATCTCTTTGCTCTCTCTTCTGAAACTTCTTTATATTGTTACAAAATCTATTTATACTTCTTGACTCAATAGTGTGTGATATAGTGTGAATAGTGATTTTTTTCCTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGAACTGTCTATGAAATTAATTTTG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Seq C2 exon
AGAAATGGAAAGGAAGAGGAAGAGCAGGGTCACATTTTGATTCAGCACGAAGACGGAGTAGAGCTGTCCTTTATCATATCTCTGGACACCTACAAAGAAGAGAGAAGAACAAATTAAAAATTAATAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011262:ENSGALT00000018380:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(26.1=68.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]