HsaINT0084395 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000183960 | KCNH8
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:18864]
Coordinates
chr3:19322690-19384206:+
Coord C1 exon
chr3:19322690-19322821
Coord A exon
chr3:19322822-19384078
Coord C2 exon
chr3:19384079-19384206
Length
61257 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTGT
5' ss Score
7.81
3' ss Seq
TGAGTTTTATTTTCCCCCAGACA
3' ss Score
8.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCTCCATTTTGGTGCCTACTGGATATTGTTCCCATAAAGAATGAAAAAGGAGATGTAGTACTTTTTCTGGCCTCGTTCAAAGATATAACAGATACAAAAGTGAAGATTACTCCAGAAGATAAAAAAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ACAAAGTCAAAGGAAGATCAAGAGCAGGGACCCACTTTGACTCAGCCCGGAGACGGAGTCGAGCAGTCCTTTATCACATCTCTGGGCACCTGCAAAGAAGAGAAAAGAACAAATTGAAAATAAATAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000183960-KCNH8:NM_144633:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.122 A=NA C2=0.233
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(28.4=68.9)
A:
NA
C2:
PF084125=Ion_trans_N=PU(16.9=30.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)