GgaINT0094784 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011262 | KCNH8
Description
potassium channel, voltage gated eag related subfamily H, member 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18864]
Coordinates
chr2:36094148-36102786:+
Coord C1 exon
chr2:36094148-36094279
Coord A exon
chr2:36094280-36102658
Coord C2 exon
chr2:36102659-36102786
Length
8379 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCTGT
5' ss Score
6.43
3' ss Seq
CTCTCACCTCTGTTCTACAGAGA
3' ss Score
7.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCTTCATTCTGGTGCCTATTGGATATTGTTCCTATAAAGAATGAAAAAGGAGATGTAGTACTATTTCTGGCCTCTTTCAAAGATATAACAGACACAAAAGTGAAGATTGCTGCAGAAGACAAAAAGGAAG
Seq A exon
GTCTGTGTGAATTGAAATGAACATTGATAATGCAATTCTTTTGAGTGTCATAGTTACACTGCTCTGTTTCACTCATTTTGCACATATTTATTAAAAATATTTGCAAGGAATATATTTTAATTTTATGTAAATCTACCTAGCAATCTTAAAATAAATTTAATAGTATATTGGTGTTTTGAAAAACATTCAAATTCTTCCTAAACAAAGTGATTCTCTAGTCTTCAGTGATGAACGTAACCTTAGAATTAACTCCTAGAAATAACTGATTCTTCTTCACTTAGTCCACAGCTACTAACAGGCATGTAGGATGTACCTCATATTAACAGAAAAGTGGGTATATGTTTTGTTTAAATGCATTAAAAATTATTTTTAACATTCAGTGAGTGAAATTCATTGCATAATGATCAATTGCATTATTGGATTTTATTTTCACAGTTTATATGTCTAAATAATACTTCTACTTTTTCAAAGGTTAGGGAACCAAAAAGGGAATGTATAGATGCCTTCCATGAGATACAGTTTTTTTATGGTATTTTTGGTGTATCTTTTACACTTAGATTATACATATAGGAAATTATTCCAAGTTTCCTTAATTTCTAAATTTCCTAGAAAGCTTACCTAAAAAAATTCCTTCATATTCCTTGTGTCCTAAGTCTTCTGTAGATCCACCTGCTTTTCACCAATATTTTTTATTAACACATTCTCAGTTTGTATCTCCAAAAGCCTTTTCCAGGCTCACTCTTTCTCATTGTTGATACTGTTCGTCTCATATGTAATAATTTGTTCCCTTTGTACTTTCATGATAACATCTTCCTGAGATTTATCCTGGCTTAATGGAAGCTGTTTTGTTGTTTTCTTTTTTACTTGTGGATTGTTGTTCTATTTTACGGACCTCAAGTGTTCATACCTCTTCAGTTATCTGCAGAATTTCATCTCTTCTATCTCATCTGTTCACATAACTTTAGTCAGTCTTTTGTGCCGCTGTATCTGCAAAAGTCCACCTGATTTCCCTTTACCCAGCCCAAATGCCAGAAGTTGTCAGCGATAATTTCTTTTGAACACAAAGTATTATCATAGAATATAATACTCATTTATAATTTGTTATAAATACAAATTTAACAGATATTTTTCTTTTCTTCTAGTAAAAGCAGCCTTTTCAACCATTATATAGAGCCATTAAGTTTGTTCTGAGACTTTCAGATGAGAAAAATGGAAAAATGTGTACAACAGTCCTTAAGAAGTGTTGCTACAAACAGCAATTCTCATATGTTTTTTTTTTCTTCTTCCTAAACCTAATTAACCATTCTTCTTCCTCACCCCTACCTGATTCACCATTTATCATGGCTATGTTCTTAGAGGTCTCATTTTTTCAATACTGTCATTTTGCTTTCAACATTGCAACATTCAATATTGTACAGAGAAGCCCACACCTGGCGCAAGCATTTAGGATCATAGAATTGTAGAATCACAAGGGTTGGAAAAGACCCAGAGGATCATCCAGTCCAACTGTAGGATACATATCACTAGCCCTCAACCTAGTGGCAGTTCTCCTCCTAATGCAGCTCATGATGCTGTTGGCCTTCCATACCATGAGGGCACACTGCAGGCAGGTTGATGGCTACCAGAACCTGCAAGTTTTGATTGGCAAGCTGTTTGCTGTTATTTGACCCCTACACTGTCCTATCATGTGAGTTTATTTCTTCCTAGGAATTGCACCATCCTGTTCTCCCTTGTCATTCCTGTTTTAAAGGCCCCCTTATCAAGTTAGCCTGCCTACAGGCAAAAATGCTCTTATCCCAGTTGTAAATATGAATGAAAAGTTGGACTACCCCATGGATTAGACTCAGTTACAGTGTTATAGATTAACAGAGTGGCCTTTTCTCACTTCCAATTAAATCTTAGGCCTGTATGAATTTCATAGAAATCAAATTTATTTTGATTATGCATTGTTTGTTGGAAGGAGGGAGCATTCTTTTCAGCGTGCCAGAAGTGAAAAACCCTGTTTCAACCATTTTGCATTACAGAATTTTATGTTTAAAGATGCCTGTTATGGACAAGGGTGGGTTCTATAACAAAATCTGTAATGTGTAGATTGATTATTCTGCCTAATTACTCTCAGCTATTTCCTGACTGCTTAAGCTACAGCAGTGAGTATTCAGAGCACACACTTCAGTTTCAGAACACCTTATGCAACTCAGGAGGCAGTCACCTAGATGTACATTATTTAAAGCTGGTAGAATTGTTTCAGGATGCACCATGCAGTCCTGTTGACGCAGGAAGTGGGATAGAACAGTTTGACTCCTCTGCTCAAAGGAACTGCATGCTGTGGAAACCTTTGTCCTGCAATGACTCTATTACATCTTCTCTGGGATGACTTTGCTCCTGGCTGACCATCAGAGTAGGAAGGATTTCTTGCTTTCAATAAAGAGAAACTGCTTTCATCCTGGTTAGTGCATAAGAGTGGAAACACCTAAGGGACAACTAGGTCTTTATTACTGAACATATAGATGAGCATATAGATGCTTTCTCTCTCCCTTTTCTGCCTTCTCTATGCAAGCAAATATGTTGTATCTGAGTCTTGAATCTTTAGAAGTGTTGATCTTTGTGGCTATTTATAGCTTTATACTAAGTGTTAACATGAGTGGCTATTCCTGCAGCCCTCAGAGCAGCACAGGATATGTTTTGAACATGAGCAAGAAGCATCTTTGTGGAAAGAAAAAGATAAAAAGGAAAAGCAAACTGTGATTCTTGGGAAAATATTAAGAAGGCTACGTGTCCTCTGAAATAAGTTGGAACAATGATAAGATATATGCATTAGCAACCAAATAGCTCATTTGACTCAATGCATCCTAGTAAACTAATACAAGTATTCCTAGATGTCTCTTTTAAGTACAGTTATAGAATCATAGAATCATTGGGGTTGGAAGAGACCCCTGGAGATTATCAAGTCCAGCTCCCCTGCTAAAGCAGTTTCACCAGAGTGGGTTGAGCAGGAAAATGTTCAGGACGGTTTTGAATATCTTCAGAGAAGGAGACTCCACAACCTCTCTGGGAAGCTTGTTCCAGTTTTTTTTTACCATCACAGTAAAGTTCTTTCACGTGTTTATATGGAACTTCCTGTGTTTCCAGATTATGAGCTTCATAGGGTTGCTTTTTCTTTTTCTTTTCTTTTCTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTGTTTTAAACAATTTTTTATTCAGTTTCATGGTTTCCTATTTGTTGGACTTGGTTGATGACAAACAATATAAAATGTCTGCAGTTTCTTTTTAGACTTTGCTATTCAAGGATTTCAGACTGACAGTAGACATCACGAAAGAAACAGTGAATGCATTTAGTGTGTGCATGGCCAATTAGAAAAAAAATCCTCACAGTTTTGTATGTAGTATGTTGTGTTTTGAGTTTTTGGGGTGGAGGGAGTTAGCTTTGAAAACCTTTATAAATAAATGTCTTATTTCTGTTGGAAAATTTGGAAAAGTAAGAAATGCCTTTCAAGACATTTCTCAAGCCTAGACATAGCCTAATGAGTCTTAGATTTTATGAATTAGAAGACCATGAGGATTAGAATTCATATTGCACATATTGCACTCTGTCCAGAAATGCATGTTAGGGGACTTGGAACATTTGAAGAATTCACCTGTAGTTGCAGCTATACTAAATGTAATTCATGCACAAATGGAGTTCTCCTCAGAGCAACTTTGAAGTCCTGTGAAGATTCAGTAAAAATGTCTGTCAAAAGCAAGTTTGGCCTTGCTGTAGATAAGACAGTTTTACAGCTGCTAGCTATTCACTGTACCTTGTATAATTAAAGTTGTAAAACTGTTTTATATCCTTTCACTTTCCTTTTCTGAAAATCTCATTCCTTGAGAGCAATGAGAGTTTCTTGGCATTCTAGCAACTGTTTGAAACCAAAAATATTATAGTTTTTTAAACATATATGTATCTTATCTTGTTAAACTACTTTAAAAGAAAAAAAAAGTCTCCCATGGCTTACCTTTGGGCAAGTTGTCCCGAACACAGCATGTTTTTACAGGCGACAGATCTGGCTTTAGAATCCTAGTGAGAAAACTATAACTCACCAGCCATGGCAAACAAACCTTTTTAATGCAGTAACAAAATAGTTATGTTGGAGTTTGAATCTGTTACTTCACTATAACAGACTCTGTAGCCTTTCAGGAGAAACCTGAGAGAAGGTTGTAGCAGGGAAATAGTTAAAAATCAGCTTACCTTTAGAGTTCTGCTGGACCTCAGTCTGCTGTTAAAAGTAGCTGAAAAATATTTGTCTACTTGGATTTTTATTTTTCTTTCAGTTCTGAATTTTATGAGATAGATACAAATACCAGCGTCTGAAAAGGAGCATTTATTTTCTTATTTTGAAGTGTACACCTTCAATTATCAAAATGAAAGTGGACAGAAATGTTTGGGTTACTTTCCCCCTGACCCCCTCCCCCCACTTTTTTTTTAATGGTGGAATAGTCAGCAGCTTATCTGATAAGTAATATGAATGTTTCCAGTCCATGAAACAAGTAGTAGAGTTACCTTTGTTTCTTTTCTCTTACTGTTCTAAGCTGAATTTTATCTGAAGTCATAGTATTAAAATGATGAAAATCATACCATTCTTCTGCTGTAAAAAATTGGTCTGTAATAGCTTTTCAGCTGGTATGTACTTTAAGTACTTCTTATTGAATCAGTTAATCACTTAACAGAGGAGAAGTGGCTAGAGTTTAGCCTGGATCTAGCTAATATTTCTGTGAATATTTGGCTGGTTTTGACAGAATGTGTATTGTCCATAGTGCTTTTATTCTGTCTTTAATACCAAAGAGACTTGTATCTCTTTGCTCTCTCTTCTGAAACTTCTTTATATTGTTACAAAATCTATTTATACTTCTTGACTCAATAGTGTGTGATATAGTGTGAATAGTGATTTTTTTCCTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGAACTGTCTATGAAATTAATTTTG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Seq C2 exon
AGAAATGGAAAGGAAGAGGAAGAGCAGGGTCACATTTTGATTCAGCACGAAGACGGAGTAGAGCTGTCCTTTATCATATCTCTGGACACCTACAAAGAAGAGAGAAGAACAAATTAAAAATTAATAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011262:ENSGALT00000018380:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(28.4=68.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]