DreINT0084881 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062640 | kcnh8
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-204]
Coordinates
chr19:20972167-20981163:+
Coord C1 exon
chr19:20972167-20972298
Coord A exon
chr19:20972299-20981032
Coord C2 exon
chr19:20981033-20981163
Length
8734 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGT
5' ss Score
8.54
3' ss Seq
ACAGTCCAACCTTTTCTCAGAGT
3' ss Score
6.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAGTGTTTTTTGGTGTCTGCTGGATATTGTGCCTATTAAGAATGAGAAAGGAGATGTCGTGCTGTTCCTCGCCTCTTTTAAAGACGTCACCGACACCAAAGCCAAATCTACACTTGAGGAGAAGAAAGAAG
Seq A exon
GTTAGTACATGTGTGGTAGTGTGTGTACTGTATGTCTTGTGTGTGTATGTTTGTATAAGGAATTTCTGTAATAAATTTTGTAGAAGATATTCATGTTTTTATTGCTGAATAATATTGTTTGCTGTTTCTTCATCTTAAAATGTATTAAATCTTATAAATGATTTAAAATGACATTTTATTAAATCATTTATTTATTATTTTTTTAATCATTATTCTGATCAACTGGTTTTGTAATAATTATTTTTTACATGAGAATTATTTTAAAAATAATATTTGCTATTGTTACTATTGAATATGTATTAATAACATTTAATGTATAAATAGAACTTATATAATATAAATAATAATATAAATTAAATAATGATTGTGAAAAACTTATGGGATTTTTGGACTGACTATGATGTTGTAGTATAATTTTTATTAAACCATTTTTCCCCCTCTAGGGTTCATTAATATTTTGGGTTAAAGACCAAATTTTGTTTTATATTATTTTACTTAGCCATGTGTTTTTTAAGATCAAGTAGTGATTAGTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTGAGCAGCTTACCATTAAAACTTTGAATTTTGGGTTTATTTGTATGAATTGTTGAATCAGATCATATTCACTAAATAAAAAATTTATGAATTTTCATTTGTAGCACCACATCGCTATTATCTATTTACAGCAGTGTTGGGCTATAACATGTTACTAGTTGTGCGTTACTGTAACAGAATTACTTTTGACAGTAACTAATACTGTTTTTTACTAATGTTTTAAACTAATACTGTTTTAAACTAATACAGTTACTTTTTAAATATATTAACTCAATCAACAACCAATCACTGTAAAGAAGATGCGTCATGTACGAGAAGCCAGACTGGACAAAAATAAAGTAAAAGCACAAAATTACATATTATACATATTATACATATTACATATTATAACAAAATTGATTAGTTTAGTAGACACAGTGACACATTTTTGTTATGTTTTAGAACCCCTTATTTAAATGTTTAGTGTTGTGTTGCTCAGGCAAAATGCTGTGATTTATTTTTGTTTTGTTTTAAATATAGCATTTTATAGCTGTTATACAACAGCAGATTTTTTCACTTTCAATATACACAGCTTACCTTGCTTGAGTTGCTGACATACCACTTTTGTGGTTAGTTTGAAAATTGTTCATCAATTTCATTTTTGAGCAGCTGTTTTGTTAGTGTTTTGTTTAAAATGCATAAAATTTATAGTGTTCTATAATAGCAGTTTTTGGTGCAAGTTTTACCAAATTGATTCTGAATGGTAATTCAGATTACATTAATTTATTTATTTTATAAAGGTTTTGTGTTTGTTGTATGTTGTCTATTTTTATGCTCAAGCTGTGAAGGAACATGTTTAAGGGTTAAATACAAACTTGTATGATGCTGAAAGCAACTTTAGATTTAGCTTTTTTGTTTCTGAATATATAATTCAGCTGGTTTATCACCCTGTGATATTTTCAATTTTGTGCTGCTGGTCTGGTCTGACTTAAATAAATTAGTGCTTAAAAATTACTTTTATTTAAGTTTGTCTTGTGTTTTAGTTATGAGAATGCAAATGAATTAAAACTGTGAAGCTGCAGTGTATTCTCTATGCAGGACTGAAGTGACAGTATAAGGGCATTAATGGTTCTTAAAAAAGGGTTCAGTAAAAGTGTTCTTTGGAAAAGTAACTCAAAAACGACTTAACTTAATGATGTAATGCATTACATTTTTTTGTAAGTAATCGATAAAGTAACTGAGTTACTTTTATACGAAGAGTCGGAAGGGACGTGATGGTGGAAATAAAATGGGTGGGAGATAAAACAGTGATATAAAAAAATGTTTTAAAAGTTTTTGCGTTATCTCGCAAACTGTTTTTTCACAAACACTTCCTGTTCACATCATACAGTTTATGGAATTCTCCCCTAGGCTATTTTACCATTCTATTCCGCTATCCCCCTATCATTAAGCATTTTCCCATGTTTTTCATATATTTTTAATCTTGAAAGTATGTTAAAATTTATATAAAAATGTCTGCATTCACTTTATTTCCATTAAAGCTGCGTGTCGTTCATCACCCTTCATATGCAACCTCAGAATCAACGAATGCATGTATAAGCCAATGACTGGTATAAGTCCTGACTAACAGACACGCTCTGTATGATAAACTGATCCCAGATCAGCTACTGTACACGCCATTTAAAAAGGAGCGAAAGTGCTGGACACTTTCGGATTCGGGTGTGTGTTTAAACAGGCAAATACGCTTAATAATATGTAAACATGTTTGTCCTGCATGTTTGATTTTTAAACACAACTAAATGTCTCTTAAATGAGCACAAGCAGTTGTTAAAGTAATCAAATGCTTTAATTATAGATCTGTGCATTCTTACAGTGACACCTCTGTTATCAAATGAAACGAAACAAAACGAGACATTCATTTGCTGCTCCTCACTTGTTTGATAACCGAGGTGTCACTTTAAGTGGCATGTACATAGGCTGATCTGGGATCAGTTTATGATACAGAACCCGTCCCTATTCGCAGATTCAGAGGTTGCATATGAAGGGTGATGATTGACGCGCAGCTTTAATAAAAAGAAAGTTAATTTTTATATTAAATTTAATGTGCTTTCAAGATTAAAAATACATGAGAAATATGGGAAAATACTTAATTATAGGGTGATGGTGTCACACCCGTGCTGCGTCCGAAACCGCCTACTACTCAGTAGGTACTGCATTTGAATTTAAACTGACTACTCGGCCGTTAGGAAAGTATGTTCTGTACAGTATGAATGTGAAAAGTATAAATGGAATTAGGACGTACTACATCCGCCATTTTGTCATGGTCACGCGACCTACCTGCGTAATTTGCGTCGCTTCACTCCCATTCATTAATTCGCTCGCGGGGCATCATGGGATAGCGCAGCGTGCATGGGATGCGCACTCCAGAATTTCGCCGGAAGTAGTAAGTCATCCGAGTACTTCTCGCATACTGATTTTCGAATTCTATGAATTGGGACATACAGTACTTTTCGGCTCACAAACTGATTTTAGCCTACTATATAGTATGGAAGTATACGGTTTCGGACCCAGCCCCAGTCTCCATTTCATCATGTGACACTCACAAAGTGCTCCTTTGTTCTGTTTGCCCACCATGTCATTATGTTTATCACCTCCACCTGTGTCTACCCCTGTATGTAATCAGTTTATCATCTCCTGTGTATTTAAGTCCCTGCATTCAGTTAGTCCCTGATCCGGCATCTCTCCTTGTGATGTCTTGTTTGTTGCTTGTTTTCACCTCATGGTCATCCAGTGTTCTTCCTTGTGAGTAATTATAATAAATAAATGTGTTTTGATAATCTTGCGAGCCTGTGCCTTCCTCAAGTGAACCCAGGGCGTTACAGATAGCACAATAGAATGGTAAAATATGGGAGAATCTTGGCAAAAACAGGAGGGTTGACTTGTATGAAGTGAACAGGAAGTGTTTGTGGAAAAACACTTTTGCGAGGGAATGCAAAAACTTAAAAAATGATTTTTCCTTTCACTCCCACCCATTTTTTTTCTACCACCTATTTTTTCCCCCCACCGTCCTGACCGAGTCCCCATACTTTTTTAATGGAGTAACTAGTAGCTATAACTAGTTACCTATTGTCAGTAACTAACGCAACAATGGTTTACAGTGTGTGGAATGGTGTGCTGGGATTGGTTGAGTAGCTATATTGTGTTTTGCAGAGAATGGAGACTAGCGTTTTCATAATTTTGAAAAATAACAAGAAAACATAATAGAATAATTAACCAGTTGTTGAATTTTACAAAAAATTAAAAACTGACTTTCATGAACTGAGATACAGTGCTGATTTTGTTGGAAACTTCATTTTTTAAATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAACCAAATTCTTCATATATTGTTTAAGGCTTTTCATTATTAATGTCCTGTCAACCCAAAGCCTATGCCAGAACATAACTAGCAGGGGGGCATGCAACATGCAATCATGGGGCACATTATCAGCAACCATACATTTAATAAAAAAAATGAGGCATAAAGAAACCCAATACAGTGCAACAACTGGTACAGATCAGCTCATACTGTCAGCTCATTTCCCATAAATTGAAAAAGAAAGATCACAGAATTAATAATTATTACCAACAAAACAGGTTGACCTTTATTAGATGTAATACTGTTGGAATAGCCACATTTAAGTGTGTGTAATAAACACATGACTAACCTTTTAAAAAAGTAATAGGCGGCATGTACAAACCTTAAATCTCCTTAAAACAATGTCCTTCCATTTGGTTGTGGAATTTTGAGCTAGCTGTACCAACTGGGCCTTCTGTTCGTAAAGCATTGAACATCTGTGGTCAAAAACATTGAGGAGAAAGAATTCTACCATGTATTTGAAAATTCCGTCCCCACTCAATTACTCAAAATCTCTGAGTTTGGGATAGGTGGTGCTGTCTGAGAAGGCAGAGTGATAGGAGTATAATTTAAAGCTGAAGGCGACCTTTATATGTTAAAGAAGAAACAACGAGTCATTTTCTAATATCCATATTTTACCCTATCCTTAAAATATTGTGGGAAAAACAGGTTTCTAGCATCAAGGCTTTACTCCATGTACACATGCTAAAGATGCAATGATGCACAAGACTCCGCAACGCATCCAATCAGAGAAATGGGTCTCTTTTCATAAAAAATAAACACACATAGACTGTAGTTTTTACTTTTATTACATTAAAAATAATGGAACATTCAGTGGTTATTTGAACTATTCTATTTTAAATGAATAATAAAAAACTGTGTAGGGGTTCACATCACCCTCTTGGGAGGCACGATTCATGATGCACAAGCCCTAGTTGTGAAAGCAATATACAAACTGTTTCCTGTCAGAAAGTCACAGTAAAAAAAAAAAAAAGAGCCTATTAAAACATTTTTTTAATCCACTGGTCCAAACATGCCTATTACATAAGAATAATCTCTCATCTGAACCTTTTTCTGATTGTCTCGTTAAGCAGAGTTGGCCTGAAAAATACCTATTTATTGTGTGAGCGAGAACCCAGATCAGATACTGGCCTGGAGCACCAGAGAAAATCACGCCGAGCAGGGAATCCCAGAGCAACTGTGTCTGTCCACTTCTTTTTTTTTTCACACTTTTGTTCTCTTCCCTCTCTGTGTTTCTCCTGACCTGTGCTGCTGGTAAATTGGGAGTACATTTATTAGGATCTATAATAAGTGTTATGCCGCCGGACTCCCTGCTGACTGTAGTCTCTTATGGATGAGTTTGAGTCGCCCCTCTCCTCCTCTGGCCCTGCAGGCTGAAGTGATCTCCATCCCTCTCTAATAACCAGCTTCCCACTTTCCACTCTAGCCCTTCATCTCTTTCTCTTTCAGTCACACTCTCTCTCTCATTCTATCTCTCTCTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCGATCGCTCCATCCCTTCAGTCTTTTTCCTACTCCTGCTTTGGTTTCCCTTGGTACCTTGTTCAGCAGGGTTGCAATGAGTGACATTTTTCCTTCATTGCCCTCGGCAATTGAGACTGGCAGCCCGGCTGTCTGCTTGTTTTCTCAACTGGTGGACTTTAAAAGGGTACATGCTATTTATTTTATTTTTTTAAATATATTTTTTATTTCATGTTTTTTTATTTATAATTTATGAAAGATTTACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGAATTTTTTGCCTCGCTGTTTATTTTTCCCAATTTCTGTTTAACGGAGAGGAGAGAAGATTTTTTCAACATGCACATTTCTGAACATTATAGTTTCTAATAACTGATTTACTTTATCTTTGTCATGATGACAGTAAAAAATATTTGACTAGATATAAAAAGAGGCTAATAATTTTAGTAATAACAATAATATATTATCAATATTTTGTTGATTTTTTTTGTAGTAAAAAGGTTTTTTTAATTGATGAAAAAATCTAAAGATTCTGTACACTACAGAAAAGAAACTACTTTTGTCAAACAATTTGAAGTGCAGTTTTCGCTTCAGCCTGGAAGTAAATATCCCCTAACAGACTTTTATAGCCGTTCTAGACCTTAAAAACTAAATCAGTTGAACTACAGTCACTCGAACAATTAAAACAGATGTGTTGAATATAAGTATACAGATATTTTGGCAGCAAAGCAGCATTAGCTGAAACCACAGGTGTAAAGCAGGTCAACAGCAGAAAGTTATTCTCGTTTCACATCAGCTTTTGTGTAACAGCAGCATAGAGGGCAGTAGAATGAGAACAGGCCATTTTCAATTAAAAAAATAAATAAAAATCGCAATCAGTAATAAGGGCAATCATCATTTGCATGGAAGTATTGATGGAAAATCTCTCCATCCTTCTTCACAAAGCAACAAAAATGCTCTCTCAATTATCAGCTACATTTTCTTTCGACAGTATTTTTTATTTTTTGCAAGCTTGTAACATTTGTGGATCCAGCTGGAGCCTGCAAACCATGTGTACTGGTTTAAATGTGTTTTTAAATGTGTTTAAACGTTTTTTTTTTATTTGGCCTTATATTAGATAAATATTCTTACAGTACATTTAACTCATAATAATATCAACTCAAAACAATAGCTATGTTTTGTAGCTGTGAATTTAATGTGTGAGTAAAACAGGAATATTACATAAATAACCTGCAAATAAACCACAGTGGAATGGAAACAGTGGTTTACGTCCTAGTGGTTTACAAATTATTGACAATAGAAGGTTTTTTAACTGGAGAAACCGCTGTAGCTCCAAATGTATTTGCAAAATAATGAAGGGCTGTCACCATCTTGCTTTTTGTCTCCATTCCTCCTAGTAGTCCCCATGTTGCCCCCTGCATTAGTTCTTCCTCGTGTGTTTTTGTTTAACTTAATTGCAATCACATGTGACTTGTTTCAGCCATGTTATTTAAGTTGTCACCTTTTCACTGTTCCTCACTTGTTTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTGTATTAACCATAAGCTCAAGTATAAACCATTATGGCATATTTAACAATCCAATATAGTGTTAGTGTTAATATAAAAGTACATGACTAGGAACAGGAAACCGCATACTTCCATAATATATAGTACTCTAAAATCAGTATGCGAGCCAAGTAGTATGTCCTAATTCATATAATTAAAAGATCAGCATATGAGAAGTACCTGGACGATTTACTACTTCCGGACAGATTCAGATTCTGAAGTGTGCATCCATGCTGCATTATCCTATGATGCATCTCGCTACAATTCATGAATGGGAGTAAAGCGAAGCAATGGACACAAGTCACGTGACCATCACAAAACGACGGATGTAGTACGTCTGAATTCCATTCATACTTCTCACATTCTTTATAGAACGTACTTTTCTAACGGCCGAATAGTATGTTTAATTTGAAATGCAGAAGTAGGCAGTTTTGGACGAAGCTATAGACAAACAAAAATAATTTTTTTTTTTTTTTAAAAAGGCATGAGGGTCTTAGTCAAGTAATAGAAACAATCTAAGGCATGTGGAAACATTCAGGCTTTTCTGTTCCTAATGAAGTGAAGAGACTTTACGAACATCATCAGATCATTCCTCCATCCATTAAAGTGGGGTTTCACCTTTACAAATTTGCATGATGTTCTTTGCAAATTTGCCTCACCAGGTTTTTGAGTCATTACTTGCCTTGTGGTCTCTTGACCTCCTGATCTACATTTAGTAAGACTCCTGTTTCCCTGTTGCTTGCTGCTATATTTTTGTTGTTTTCTTCCATTGTGGTGTTTCTTTTAGTATTTTTATTATGCTTTTATAACCTTTTGTACCTCATCTGTTTTGCTACCTAATTCTAAAAAGAATATAAGTTGTACGGAGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTTTAAATAAAAGATCCTTGTTTTCCTACTTTGAGTGTTTTGTTTGTGTCCAACACAACCAACTGCCCAGTGGTATATCGCACCAGTCTCCACACCAGAGACCCGGGTTTAAAACCTGTCCATATCAATGGCACAAAATACAAACTGACATGTTATCTCTTAGTATTTTTTAGAATCACAAACTTGAAAGACAGTTCTAGTTCTTAACAATTTTAGTTTTGTTTTATTTGGTTTTGAAATCAAAATGTTGTGCTTTTTTAAATCCTAAAGTTTTATTTAAATACATGCTTTTGTTTTTACTTTTTTTTAGTACTTAATCTAAACTTTTTTTGCGTAGGCTTTAGCCTTCAATGGTTTCTTGTTTTACTTTATATTGTAGATCGAATATACTGATTGTTATTTTATTTTATTTTTTTTCTTTAGATAAAACTTTAGGCTTTTCAGGCTACAGTAAACCATAACATTTTATTTTAATATATGGTTGGTTTTGTTTCCTTTAGTATTTAATCATTATTTAGTAAGATTTTTTTGATTAGCATTTTTCTTTTCTTTATCTTTTTTTAAGGTGAAAAGAACCTCAGGACCATATGAAGTTCTGTCTGAAAAATATGTTCTTTGTTGTTTTTATGTATTAATAGAGTTTTTTTTGTGCTGTGTGTATTTATTCCTTGATGCATTGTATCCCTCATTGCCCTTGACTTTAATAACAACAGTCCAACCTTTTCTCAG
Seq C2 exon
AGTGCCGGCGTGAGAAGGTCAAGGGAGACTCTCCGTTTGGCTCCACGAGACTGCGATCAAGCACAGTTCTCTACCACATTTCAGGACACCTGCACAACCGTCAGAAACAGAGCAAAATTAAACTTAACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062640:ENSDART00000090810:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.022 A=NA C2=0.068
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(28.4=68.9)
A:
NA
C2:
PF084125=Ion_trans_N=PU(13.7=22.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]