DreINT0084801 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069560 | kcnh3
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-23]
Coordinates
chr9:28143870-28155725:-
Coord C1 exon
chr9:28155518-28155725
Coord A exon
chr9:28144248-28155517
Coord C2 exon
chr9:28143870-28144247
Length
11270 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGT
5' ss Score
9.27
3' ss Seq
TTGCCTTCTCTTTCTCGTAGGCT
3' ss Score
10.82
Exon sequences
Seq C1 exon
TACTTCGGGGTTCATCTGTTGAAGACGGTCCGATTGTTACGGCTTCTACGCTTGCTACAAAAGCTGGAGCGCTACTCCCAATACAGTGCAGTAGTGCTCACATTACTCATGTCCATGTTTGCCTTGCTGGCACATTGGATGGCCTGTGTCTGGTACATCATTGGCCGCAGCGAGATAGAGAACAACAGCCCTGGTTCATGGGACATTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGGTTGCATGAGCTGGGCAAACGTTTGGGCACTCCATACTTCCTGTCACCTCTCGCATCCCTCATTCCTGACTCTCTGCGCCCCACCATCCTGGACGGCCTGGTGGTTAATTCCAGCCAGTGGAACGGCTCTGATCTGGTGGCTCATGAGCCGGTGTGGAACTCCAGCCAGCTGAACTCCACAGGCACAGCGCCAGCGGCCCCTTCAAATGCTGGACAGACTGGAGCCGTACTGGGAGGAGGACCCTCCATCCGCAGCTCATATGTGACATCGCTGTACTTCGCTTTAAGCAGTCTGACCAGCGTGGGCTTTGGCAACGTCTCAGCCAATACCGACTCAGAGAAGATCTTCTCTATCTGCACCATGCTGATCGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069560:ENSDART00000146284:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.087
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(25.5=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(46.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]