DreINT0084819 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061990 | kcnh4b
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 4b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-121214-54]
Coordinates
chr12:13367142-13374220:+
Coord C1 exon
chr12:13367142-13367217
Coord A exon
chr12:13367218-13373986
Coord C2 exon
chr12:13373987-13374220
Length
6769 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTCGTAAGT
5' ss Score
9.63
3' ss Seq
CTCTCTCTTCTGTCCCACAGACA
3' ss Score
11.84
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCCAGTAATGAAGGGGCTGCTGGCACCCCAGAACACTTTCCTGGACACTATTGCCACCCGCTTCGATGGCACTC
Seq A exon
GTAAGTACTGGCACCAATGCACACACACCAAACCCATGTGAATGGAAAATAATGCATATTCTTACAAATGAGAGTTCTTAATAGAATTTGATTTCTATAGTGTTGCCAAATGGATGTACAAAAATATTTAATTTCAAATAGGTTTCTGTAAGTCAAACTCAGTCCATCCTACTGCTTTAGAGTCCTACTAACAAGTTGGTGAATCTGTCAGTGTGTTATAATACTGAGAGCTGCTATAAACATCAGGTTTAATGAACCCCTCGAGGAGCACTGAGCTTTGATACTGCCACGGTAGCGAAGGAACACACATTAATTATGTACAATGAGACTGTATGTGTTGCGTCATCATTTAGTATGCTTCCTAAAAAGTTACTTACCAGATTTGCCCTTCAAATACAAATGTGGTTGAATAACCTTATGTAGTTTGTTGATTCAGTCTTGAGTAATATTCAGTCTTAAATTATTCTACAGCTCGGACAGCATGGGAAAGCAATATGCCACGGTTATGGATTTGGTCCCTGGGGCTTGCAATTCTGTTAAAATGAGAAACAATATTTTACATATAAACAGTGCTCAGCATAAATGAGTAAACCCCTCACAAATCTATCTTTTAAATTTATATTTTTAATAGGAAGCCATACAATGTTATATTAGTGCATATGCATTTGATTAGTCAGTACTGAAGCCAAATCTGCAGCTTATCTAGCAAAATAACTTACAATAACGGTGCAAAAACTGGTACACCCAAATTTATGTTATAGAAAAATGTCAAATACAAATTTTTAAAAAGTGGAAAAATCAAGAGAAGTAAAAACATTGAAAAAAATTTGTTGAAATTTTGTGGGTTATAATTTTATTTTGTAATATTTTGCTTAAATTTAATTGTGTTAACTTTCAATTTCTAAATATGTATGCTGACTAAAATATTATTTTAATAAATATATCTGTTTAATAAATATGTTTTGTTTAAATGCACCAAAATGCATCGCCTATATTCACTGAGGGTAAAAAAGTTTTATTTTCAAAATGGGGTGTACTCGATTATGCGGAGCACTGTAGGTTACATTTTTAATAGGGATGGGTGATTTCATTTTGAATGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTTAAGGCATAATAAAAATAATGTATTGTTTTCTATCCTGTAGGTGTAGTGCACTGACATCATATGCGTTGTGTCTGTTCTTGTCTTATCATAGGAAATAACTCTCTTTTGTGGTAGCAGGAAGGCTCTCAATGCATGCATCTTTGAGATCTGTGTGTGCCATGGGAAATGCGGAAGCCTATAGGGACAACGCTGTTTGCTTTCTTAATCCCTGCCTTAGATTTGCCTTAGAAGAACCTTTTTAATCCATTAATTAATAGGCTGTTTTTAAAGACTAAACATTGCTTCAAAGTGTCTACAAAATACAAAAATATAATCATAAAGCAAAGCACAGATTGACACAGTCATTTGATAATAATCATCCATAACTATTTCACAAAATATAGATTATGGTCAGCCACACAACAAAAATCTAAAATTACAATACTCGCATACTTTGAACCTTCCACACTAATGAGGCTGCAAACTGCAATTTACAAGCATTCGACTGCTAGACTGCCTTGCATAACTCATGTATGACGTGTATGGTATGAATAGTGACAGCTTGACAAGAGACGTAAAAGGCATAAAGTTATACAGTTAAATGAGCAATAATATATAATAATTAAAAATTGAATAATATATAATTAAAAAAACCATAATCATACCTCAGAAAAGGTCATTTCGAACAGTGAATGAATGTACTGATATGGATGGATTATCCAATACATCAAAATGTCTGGGAAAAAAATGCAAAAATAAAATCATAAAGCAAAACACAGATTGACACAGTCATTTGATAATTTTCGTCCATAAATAATTCACAAACATTGAGATTATGGTCAGCTACACTACACAAATTCTGGATGATCAAAGCTCAAGTAGATAGATAATTCATAATGCTCAGAAAATTGCAGTGGTCAAATCCTGCTTCGTTTAGCTTCGTCTTTTAAAAACAGTCAAATCTATTCTATCTAGAAAAAAATTGAAAAAATAATACATGCTTTAATTACCACTAGATTGGAGGATTGTAACTCATTGTACTTTGAGATTAGTAAGAAAACCTTATCCTGTTTTCAATTAGTTCAAAATGCTGCTGCATAGCTTTCAACGAGTACCAAGAAACATGACCACATTACACCAGTTTTACGATCTTTGCACTGGCTGCCTGTGCACTATAAAGTCATTTTTATGGCCTGGCACCTTCTTATCCGCCAGAAATTTTAATTAACCATCAGCCTGGTCGGTCTCTTCACTCATTGAACCAGAGATTGTTATGCAAGTTGAGGTTAAAATGCAGTGGTGACTGATTTCACAGCAGCTAGTTTAATTCCTAAATTGTGGAATGCTCTGCCCCCCTGTATTAGATCTGCTTTATACCTGTCTGTTTTTAAATCTAGGTTGAAAACTTACCTCCTGATTTGGCATTTTATCAATGAAAATTGTCTGTTTTAGCTATAATTTTATGTTTTAACTCTGTTGTGATGTGTACTGTGCAGCATATTGGTCAACATTTGGTTGTGTTTAATAGTGCTTGATAAATAAAATTGACATTTACAAATCTAAAGATACAAAAAGTGACATACAATACTCACATTTGAACTTTCTTTCCATACTAATGAGTAATGAGGGTGCAAACCACAGCTTACATTTTATCTTAATCTCTTCAGTTAAATAACATCTCTCTCATGTCACCACAAATAGCAACATGTTCATTTGCAACACTTTAAAATGTTAGCTTGTGTATCCTGCATGAATGTTTCTTCATTATGAGTTTTACAACACCAGGCATTTTTCAGGCATTCATCTTTATTAATGAGAAGCTACATTGCATCACTCATGTATAAAATATATGGTATATGAATAGTGACAGCTTGACAGGACTTAGAAAGGGCCTAAAGTAATACAATTTATTGACTAATAATATATAATAATTAATTAATTTATAACAAAGAAAAAAACAACAACCTCATAAAAGTTACTTTCAAACTGCTAATGAGTGTACCGATATGTTTGGATTATACAATGCCTCAAAATGTCTGGACACAAAAACTAAAATTAAATCACAAAGCAAAACACAGATTGACACAGTCACTTGTTAATAATCATCTATAACTAATTCACAAAATATAGATTATGGTCAGCTACGCAACACAAACAAAGGAAAAGGATACAAAAAGTGGCTTAACAATACTCACAATTGAGATTTCTTTTAATACGAATGAGGGTGCAGTCTTACAGCTTACATGCAAACTTAATCTCTTTTGATAAATAACATCTCTCTCTCATGCCACCACACATAGCAACAGTACTTCAAAATGTTAGCTTGTGTATCCTGCATGAATGTTTCATCATTATGAGTTTTACAATACAAGAATTTTTTGTTATTGTATATGCCTTATAAAATATCAAAATTCAAACAATTAAATGACAAATTATGTATACTTATTAATAATAAATGAATTTATAAAAAAAAAAACTTATAAAACATAATAGGTACTTTTAAACAGCCAATAAATGTAATGATATATACAATACATATACATACGATATAAACATTTGAAAATAATCATCCATAACTAATTCACAATATATAGATTATGGTCAGCTACAAAACAAAAATCGAAAAATTTAAAAAGTGACATACAATACTCATATTTGAGCTTTCTTTTCATACTGCAAACTACAGATTACATGCAAACTTAATCTATTTAATTAAATAACATCCTGCTCATTCTCCTCACACATAGTAACATGAACATTTACAGAAGTTTATCCTGCACAAATGTTTTATTCATTATGAATTTTATAACAACAGGGATTTTTTAGGCATTCGCACATCTTTATTAATTTAAGCGTTGCATCACTCATCAATGTATAAAGTGTATATATGAACAGTGACAGCTTGACAAAGGGGCATAAAAGGCAGCAAGTTATACAGTTAACTGTCAATAATTAATGATTAATTAATATATAATAAAAAATCACAATCTTATAAAAGATACTTTTGCTTATGAATGTCCTGATAGAAAGTGTCAAATGAACTTGCTTCTGTCTCTGAATGGTTTAAAATCCATCAGCATTGTTTAGACTCCCAGTTTGTCATACTTTTTACCACATGATTCTATGGGCTGTCATTGATTCGCAACCAAAAGTCTTTTTTTTCTAAATTTACAGTATATAATGTTCTTCAAACCAAAGTTTGAAGTCTACAGTTTGTTTTGATTTTAACATTGAGATTTGAAATTTCAAACTTATTTATTTACCAGGGACAATGCTCATTAATCAACAGTAAAACTTTAAATAAGCCAGAGTTAGCCACAAGGGCAAATTTTTATCTGTTGCCCACTGCCAGATTTAAAAAAGGCAACCTAAAATAGTAAACACATTATTACTCGTATCATTAAAGTTACATACATCAAAAGGATAAAACATATAATAAGTATTACATAAAAAGAATAACACATGATTACAATCTTGATTTGCTTTTAGCCGTCTCTTTAACTTGTACAGTTGCAATCAGAATTACTAAACCCCTTTAGATTTTTTTTTCTTTTTTAAATATTTCCCAGAGGATGTTAAACAGAGCACGTAAATTTTCACAGTATGTTCTTTAATATTTTTTTCTTCGGGAGAAAGTCTTGTTTGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTAATTTTTTTAAAAGCCTTTTTAAGGTCAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATTTTTTGATAGTCTACAGGACAAACCATCATTATACAATAACTTGTCTAATTACCCTAACCTGCTTAGTTAACGTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAACTGTATAGAAGTGTCTTGTAAAATATTATTTACTGTCATCAATAAAAAGAAATCAGTTA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Seq C2 exon
ACAGCAATTTCCTACTTGGGAATGCTCAGGGTCACCGTGGCTATCCCATTGTGTACTGTTCTGATGGATTCTGTGAGCTGACAGGGTTTGGACGAACAGAGGTGATGCAGAAGAATTGCAGCTGTCATTTTCTTTATGGCTCAGGCACTAGTGAGCAGGTTGTTCAGGGTGTGAAGAAAGCTATGGAGGGCAAGGAGGAGTATCAGGCTGAGGTCCAGTTCTACAAGAAGAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061990:ENSDART00000089042:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.013
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134261=PAS_9=PU(69.5=92.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]