DreINT0084873 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062640 | kcnh8
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-204]
Coordinates
chr19:20910926-20957081:+
Coord C1 exon
chr19:20910926-20911149
Coord A exon
chr19:20911150-20956847
Coord C2 exon
chr19:20956848-20957081
Length
45698 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CACGTGAGT
5' ss Score
9.3
3' ss Seq
ATTCTTTGTGTTTGAAACAGACA
3' ss Score
7.21
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCCGCGCGCTCGTGAAGGAACGGGATCCTCCGTGTCTCAGTCCGCTGAAAGCTCAGTTTCACCGGAGTGCATCAAACAGAATCCATACCTTTGTCTCTGACATCGCAGCATCACTTTGATGGGGAATACGATATCAGGGCGGGAAAATGCCTGTTATGAAGGGATTGCTCGCTCCACAGAACACATTTTTGGATACTATAGCGACGCGTTTTGACGGCACAC
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062640:ENSDART00000090810:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134261=PAS_9=PU(70.6=97.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]