DreINT0084876 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062640 | kcnh8
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-204]
Coordinates
chr19:21034602-21041668:+
Coord C1 exon
chr19:21034602-21034640
Coord A exon
chr19:21034641-21041438
Coord C2 exon
chr19:21041439-21041668
Length
6798 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCGT
5' ss Score
9.73
3' ss Seq
TCTCCTCTGTCCAATCACAGATG
3' ss Score
9.52
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCATATCCAGGATGTCCAGTAAGTCCATGGACACACAG
Seq A exon
GTGCGTCTTCTACCCAGCTGTCAATCATTCCACACTTATCCACTAACAGTGCTGTGTTGACTATAATAGCTCGGGGCTCATTTCCCTAACAATGATCTACCTCCCGCCTCATTTGCCTAATGAGGGAAGCTAAGAACACTACAGCTCTGAAACAGCAGGGAGAGAGAACAAAAAAATTGATGGTGATGATGGTGATGGTGATGATCATCTTCCCCATTCCCTGTCCTTCCATGCCTGAAGCAGTAATCAGGGAGGGAGCAGCACATGTTTGGGGCGAGGGAGGGGTAAAAGGAGGAGGGGGCAGTTATTGAAGTGCCGGATGACTGACTGCTTTGGGAAACTGACGCTCTTTCAATTACAGTGTGAAGGAGCCTCAATTATTCAACAGGGAAAATGACCAAATTAGTCTAGGAAAAGTGTAATTAATCAGATATATTTAGCACAAGAGCAGGAGAGCGAGATTAAAAAGAGAGATTGATGGGGAATACCCCTCGCGTTTATTTTGTCGCTGTTTTCCCTCTTGACTTTTCCGCCACCTTTCAGCGGACTGACATTTAAAACGTCCTATAAATGGAGATTGTTATTTCCTGCCGTCCTCGTCGTCGTGGCAGTCTCGCTGTGTAATTGGCAATGCGCGTGAGAAGCGTGAAGTGTAAAGCACAGCAAAACCCATTACTGTGACTATTACTGAACAGAAACAATCGAGCCTTTAGGGTTGGTTTTGTGACATAATCACTTTCATTCGGATGACTATGGGTCAAAGATCGTTATATTATCAAAGCTGCCTGCCCAGTTGTTTTAAATGCGTTAAGGTCAAGGCTTTCTGGGGTCATTGAAAGCAAGGTCGGAGTTCAAGTGGTAAGACTATTACTATTACATGAGTTTTACCTAAGGACACTCACTTTGATGTGTTTCTGCTGTTTCATAGCTTATTCTAATTGGTCCTCGAGGGGAAAATGCAGGTTGTTTTTTTAGAGTGCTTGCACTTATATGTATGTGTGTGTGTGCCTGACTTACTAAGCAGTGTGTTGCACTTAAGCTGCATTAGTTATGTCTTTTATTTGTTTTTATTCATTTTCATTTGCTTTTGGAGTCCATTCTAAGTTATTTTATTTGCTTTTTATTATTCATCAGTTATAAAACCTTGCAGAATCATGTGCGCATATCTTAAAGCGATGAAAATGTACTCACTATTTACTCTTCCTCAAGGGGATCCATACATCAATGTTAATTTTGACAGCAAACTTTAAATTAGTTTTAGTCTTAGTCTTTTGACTAAAATTACATTTTATTTTAAGTCATATTTTAGGCTTCTGAATCATTTTAGTTTTAGTCTAGTTTTAATCAACTAAATTTTATAAGATTTTAGTCAACTAAGGCCCAATTCCAATTCTATTTTGTACCCCTACCCCTTAAAACTGAGTGTAAACGGGAAGAGCTAATTTACCCCTAAGAAATGGAACACCACTACAATCCCTGCACACGTCATCATGTCAACGCAATCTCTTGCTTCATATGAGATAAGACGATTGTGACTGCTGTAGTTATTCCAATTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTATTTATATTTAGGAAATCACTGAAGGCATATATTAAGTCATCATAATGATCAGATGTGGCAATAAGATCGTAACTGTACTGCGCATTTACACAGTGGTCATATTCATCTATGTAAATACACCGAAAACAGCATTAACATTATAGAAGACACTGTAAAAAAGTCATTTCCAGCCACTAGACTTTTTGGACAGACTTTTTGTCTTGACATCAAACATGAAACTCTTTTTCTCTCAGCTGTTGCCATTATACATAGTTTAATCAGAGTTTAATCATGTTTTAATCTCGTTTTTATTAGTCAACGAAATTGTCCTTATATTTTTATTATATTTTGATCGGTAGAAACTTGTTGGTCACAAAAACTGTGACGAAATTTTTTCATCAACGAAATTAACACTGCCATAAATTTATGAGTTTTCTTTTTTCTCTTGAACACACAAAAAAAGATGTTTTGAAAAATGTAACTACTGACATACATAGTAGGAAAAACAAAAATAAATGCTATGGAATTCAATGTTTACAGGTTTTCAAAATTAAGCATGTGTGTACTTTAAATGTAAGTACAATGTAAGAACATGAAGATACAATGTAAGAACACTGTACCAAATGTGTAATTTGGGCTGTAGGTACATAGTTATTAAGGCCACCTAATGTAAAGTGGGACCAAATAACTTCCTAATATGGAAAAAAGTAAACTTTTAACTCTAAAGGGTTTGTGAAAAGTAAAAGCTGAGTACCGTAAATCCCTTCAAAATATGACTGTTATCTCTATATTTTTTAACCATTTGGGCTTATACTGTAATTGACCCTTCAAAGCGGTGTCTGACAAGCTTATACTATAGCCGTGGTGCTCCTACTGTCAATTTGCGCTCTCTCTGGAGATTTTTTTTATTATTATTAGGAGCAAAATAATCTGTAATATTCATTCAAACTATTTGGATGTAAAAGTGACTGAATTTGATTAAACGAGTTATTGCATAAAGATTACACTCCAAAACGGAACTTTCTCATCACCTCAAGACACATTTACAGCTTTTCAGATTGAAAGCAGCAATTTATTAAACGCATTTATTACTTGAGTTACATATTCTGGGTACCGGCTGTCTGTGTTGCTAAGCCCACACTAGCACATTTTCTCACATTTTCAAGTTCAGGTTTGCCAAGGTTAATTTAGAAACTGCACTACAGCCTTGCAGCCTCAGACAAAATGGCAAATTACAATAGAGAACACATAATGTTACTTAAACTTAAGCTTATTCACTGGTTTTCATAAAATAGAAGTTTATCATTTACATCATTGGGCAGAACACCTGCCAATCAAACTCTCTCCAAAGGGTCAATTCATTTATGGCTGGTGTACAATATTTAATATTAATGCAACTGTTTCAATTTATTGTGACTATATGAAAATCAAGGACAGAAGGGGGCCTGTCATACACCTGGTGCAATAAGGCGCAGATGTGTTTGGTGTGATTTGTTGCTATTTTTGTGCCACATAGTTTTAATAGCAAATCCATTTGCGCCACTTTGTGGACTCATTGGCATGGTGGACTATAAAGGAGGTGTGTTAAGGTGCATTGTTGGCGTGTTGCTATTATGAGGAACTAAAATAGACCTAGCTATTAAGCAACTGAAAGTTAGTCTAAAGTCAAGGTCAGAGCGTGTTAGCTATGTGCCTGTGTGGGTCTAAATTCATACACATTGCTTAACACACACAGGACATACACCAACACACAAATATCTTTACATATGAAAAAAAAACTAAAGGATTAAAATTTTACAAAAATTATTACTTTCTACAAAAACCGTTACCTCCATGCCTTCGCCACCTCGTGGTGCTTTTTTTCAACTTATTCATGACAATTTGAAGTTCTATAATGTTGTTGTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCAGTATTAATTATTATATACATATTTATATTTGCTTTAATTAAAACAAGTTTACATTTGTCCACCTGTCAGGTTTTAGAGATGATTGCATCACCATATGGGATAAAAGAATAGGACGTGTGTTTGGATATAACTAAATTTTTTGACCACACTTCATTATCATTGTTCATTTAAATTAAATTAAAAATGTCGGCTAATGGATGTCTTCAGTGGAGTGAGTTTCCACCGTTTCCATAGTCCACAAAAGTAAAGGAGTATAGTTATCACATTGCCTTAACACATCTTCTTTCTAGTCCGGAACACTCATGAGTCCACATAGCGGCGCAAATTAATTTTCTATTTAAACAACGTAGTGCAAAAAAGGAAAATTAGGGTTGCGCTGGTCTAAAAATAGCAACAAAAAAAAAACGCCAAAAACGTCTTGTGCCTTATTGCACAAGTGTTTGATAGGGCCCTTAAACTATGCACCTAGATGATTAAAATACAGCCCAAAAGGAGTTTTAATTGCCTTTATTATAATTCAAAAGTAAATTAAAGATAAACCATGTGATTTAGGGAAAAAGCAGAACCAGCAGCTTTAATATCAATCTGACGCAAGACTGAAAACACAAGCAGAATAATTATGAACGCAAACAATGAGAGTGATGAAGGAAAGCAGATAGAGCAAATAAACCAGTAATCAGGTTGCAAGATGGTAGAGGTTAGGCAAGAGAACACATGGCGCAATGAAGCCAACAAAAGAGAATAGAGAACATTAGAGCTCTCGATGACTGTGTGTGCAAAAACACGAGAGTGTGAAAGTGTGACCAGAGAAAGAAACAAGCTGGTGGATGAACACAAGTAAATGAGAAAGCATGTGGCTGCATATAAACACTGGGTGTTACATTAATCACAACAACACAAAATGTGTAGAAAAAAACATGTGAGAGTAAGACAAAACATTCTGTGCCCTGGTATTGAACCAAAACTAGACACAAGTGCCAAGATCTATAAACCATGCTCTTGGCACAGAGGACATATTATGTGTTAAGCTTGCTGGAAACTGCTCACTCACAGCAAATACATTCACAAACTCACAAAATTCATGTTACAGATGTTTGACTGAATAAAGAATGTGCGTATTTGGCGTGCTGTCTGAAGAGAGGGCTCTGAGCTCGGAAAGATACTCGTATTATTCTCTTGTCAGGAGAGAGAGAGAGAGAACGGAGGTGAGGGGTATTAAAAGTGGTTTGGTCTTTTAATGATGTAAAAGTATGATTATCAATGATGAATTAGCCTTGTCAAAACATCTGCACATGCTCTTCACTTAATTTGTGTAGAAAACATCACTAAGAGTCCTAATCAAATTGCAATCAAATATAAGACAATAGGAATTAACTAAGAATAAAACAGTCCAAATTGACCAAATATGAATTTAAAGTTATATTATGTTGTATTTACAATAATATTTGAATGCACAAATAATTTATGTTTCATACAAACTGTCATGTATTCTTTTTTTATGTAAC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Seq C2 exon
ATGGAGGGGAGGGGAAACGGAGATGCGATCCAGTGCTATCCACCAATAGCTGAGCATCACAATGAAGAAGATGACGATGACGACGACGATGAAGATGATCAGATACAGTACCTCAGCGGTGGAGGCAAACAGAAAACACACATGCAGAAAAATGATCACCAAACCAACAAAAAGCTCCACATTCAGCACACCACTGTCACGAAACCTGACCTCGGAAATCTCAGCCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062640:ENSDART00000090810:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]