DreINT0090634 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061517 | lrp1bb
Description
low density lipoprotein receptor-related protein 1Bb [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-401]
Coordinates
chr9:36717664-36724252:+
Coord C1 exon
chr9:36717664-36717795
Coord A exon
chr9:36717796-36724117
Coord C2 exon
chr9:36724118-36724252
Length
6322 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
ACACATGCTTCTTGATGCAGGAA
3' ss Score
7.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTGAACTCTTTCCTGATGTACTCTTTTCACGAGGGGATTCGTGGCATCGCTTTGGACCCCAATGACCATACCGAGACCCTGATGCCCATCAGCGGCACCTTGTTTGCAGTTGGTGTGGACTTTCATGCAG
Seq A exon
GTATGAAATGCTGACTCGGAACTGCTGTCTTCTGTTTTGTTCTGTGGTGCTTTGTGAATCCTTTGTGTGCAAAACAAAGATAAGACACATGCTGCTTTCTGTTCATTACATTTTTAAAATGTTGTTTACTGTCAGATCTACAGTCTCATATTAGCTGTACTGACCAGAAGGGACTTCATATCGCATGTAGACGAAGAGATGAGCAGCTCAGATGGGTTAAGCATAATGGTGCAAACAGTGAAGCAGATAAATATTCCCTATATACTGTATCTCATATACAAGCGTAAGAGATGCAAAGCTGTATAGGTGATACTCTAGCAAGCAGAAGTGGAGCCAATCTGGCTGTGTAGATAATTTATAATAGTAGTTAAAATGTTAATACAAATAAAATGTAATGACAATTATTAACATTAGCACTTTTATAGGGCCGCCAGTCAATAGAACTTCACAATATCTATATGCAGATGTTAACACTTCAAAAATGTTCCCTTTTGACCGTTGGCTGGTGCTTTAGCCATAGATTTTCAGCTTATCCTTCTCACAATACTAGATAGGACGGTACTGTATGTGTACCTTGTGTGATTTGATGTGTTCAATTAAAATATAATTTTGTTTGGTTCTTTTGGATTTCTTAGTAATAAACATGCTTTTACACTATATTGTGTGTTTTAAAAAAGAAACAATACATGGTGAGAAGCATAGCCCTAGGCTGCAAAATTTAAGCAAATATAAGAATAAAGTTTAGTAGCCTTTATAGTGCCCATTAAATTGCATTGGGGTAAAAATAATGTATGATTTCTAAAACCTTTAATTTTATTTAGAATATGAAAAAATCTCAAAAGATGCAAACAAATTAATAAATTAAACACAGATTGTAAAGGCATGTTTAATAAAAGTTAATCAAATGTGTTTTGATTGAATAAATGTTTGTAACATAATAACAGCAAAGGGCTAATAGCTGTAATGGTCCTTTTGAAGTGTCACCCACTTATATATTTGTATATTTATTTTCCAAAAAATAATATTTCTTAAAGTACCTTTAGATCAGAATTTGCCAGGGGTTATTATTATAGAATTTCAGCCTTTATTTATAAGTTTATTAAGCATTTTTATGTAATACTTTCCTGTCTATTATATACTTGAATTTTATGCTTATAAAAATAATGATAATAACAACAGCACCAATAACAACAACTACTACTATTACTAATATTAGTAGTTTTAGTAGTAGTGGTATTATAATGTGAAAATACCTATACTCCTACTGCTGAGAATAATAATAATAAATTATAATAATAATAATAATAATAGCAATAATAATAATGATAATAATAATAATAAAGACTTCAAGTAAATTATCATTAACAAAATGATAAAAGCTAAATATGTTCTTAATATTGTTATTATCTTAATATTACCACTTTTATAGGGCTGTCAGTCAGTTCATTTTATTTTTTATCTTTCATGATTTTGTTTTATAGACTTAAATTATAGACTTAAATAATAATAAAATTAATGCACAAATACAATTTTGTCTGCTGCGTAAAACATTTGCCAGAATAGTTGGTGGTTCATTTCGCTGTGGCAAGCCCTGATAAATCAAGGACTGAGCCGAAGCAAAATGAATGAATGAAAGTTTTTACAATAAAATATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTAAATTATTATTGTAAAAAACATGCATTGCCTTCCTTACACCCACACATTAGTGTTTTTTAGAACAAGGGCTTGTTGTCATCCTTTGCATTATTCTCTTTGTGAATGAGGTTAAATTGACAGCGGTCTCTGATGTGAGATTATTCAGCTTGTTTCAGGGGAGTGTTTGTGGTGACAAGTGGTATAAATTAAGTCAGCATCAAGAGGGCAGTCCACATGTGATGGCACCAAATTATCGCTCTAACAGTCATTTCCATTTACATGCAAACACATACGCATGCATTAGCACACACTGCCTACTGTAGTCATTCAGATGTGACCTGACCTTTCCTTCTCCTGTAAACTAACAACCAACAAACACTGGGCTGAAAAATACAGTCACGCTGATGCTGAGGATAAGTACACAGATGGTGCAGGGTTTTTTGTCAATGAATTTATAAATGGATATTTAATATGTAATCTTTTGTTTAAACCCTTATAATAATAATTAAAGAAATAATAAGAATAATAGTAATAATTGTTGTTGTTATTATTATTTTAATGTAATAGAAAAGATCAGAAGAAATTAATATTATTGACTGACATCCCTGTAAAAATGTATTTTACACAACTAATTTGTCTGACAGTTCAGTTACAGCGCTATTAGTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATATATTTATTGAGCTAGTTTTATATTATTAAATATAATATTTACATGTATATTATTATTATTAAAGTCTATATTATTGTTATTAATTAATTAATTAATTGTATTTTTAGTTCTATATTTGTAAACGTAATAAGCACGGTAACAAGAAATCTGTACAAATAGTTTTGTAATTTATTAATTAATAATTTAATATTTTAAATTTAAAAACAATTGCCTGAGCCAATAACAGTGCTATTATTGTTGTTCTTGTTGTTGTTGTATGTACACTGCAGTATAGTCATATAATTTAGTGTTATTAAATAATCAATTTAGCAAGATATTAATTAGGCATAAGTATACAACTTGAATGGGGATATATATGTATCCTAAATTAATAAAAAAATAAAATATAATGAAATAAAATAAGTGAAATTAATGAATTAATTAAAATAAATATATAAATAAAAAAATAAAATAAATAAAAATAAATAAGTACACTTCATTCATTAATAACAATAAAAAAAATTTATATTAAATTAAACAAAACAAAATTAAAAAATTAAAAAATAAATTAAAACTCAATGCATTAGCTGACTAGGTCTATCTATCTTTCTATCTATCTATATTTTTTATTCAATGTGGGTTGAGAATTGCTGACCTCAGCAGCAGGGCAATACAGGCAGATGGTCAGAGAATCTCTATGCAAATGCTTTCGCCTATAAGCCGAATGAGCTCATCTCAGGTTAAGAAAAGCCCAGTCCGATTCAGCCTATGACAGCTGATTACACATGCATACCATTTGCATGTTATTAAGAGGCAGCTTGTTGGAGCATGAAACAGATGAGGGTCTTCCAGCTGGCTTGCTGTCGCGTGTATGAGAGATCCGCTAGCCGAGTGTGAATTCATAATAACAGGACGACACCAATAAATCATTACTCTCGCCACAAATACCGGTTACATTTAAAGAATGATTCTGTCAAAGCAATCTTTTAGTCATCGCTAATTATGTTTGATTTGTTTGCTGCACAGTGTTTTTATGTGCGCTTTGTTTGTTGGCTACTGTAGATATTATCGACTTGTTAAGTTTGACATCACACATCGCAGTTTCTTAGTCTAAACATTCTATCAGATGCCAAAAGTAAATGAATTATATAATGAATATCAAATGATACTAATATACATGCTGTAATACAGTAGTACTGAATGTTTGTAATGTTTTGTATTAGTATTATTAGCATTATATTAATTATAGTACTATACAACTAGGGTGGCGCAGTGGGTAGCGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCACTGGTTCGAGCCTCGGCTGGGCTAATTGACATTTCTGTGTGGTGCTTACATGTTCTCCTCATGTTTGTGTGGGTTTCTTTCGGGTGCTCCGGTTTACCCCAAAAGCCCAAAGACGTGGTATAGATAAATGGGGAATCTACATTGGCTGTAGTGTACAGTATTTGTGTGTATGAGAGTGAATGAGTGTTTCTCAGTGATGGGTTGCAGCTAGAAGGGCATCTGCTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCAGTTCATTCCACTGTGGCAACCCCCTGATAAATAAAGGGACTAAGTTGAAAAGAAAATGAATGAATGATTTATACAACTAAGTAATTCTATTACTTAGTTTTTATATTATTATTGTAATATTTATATTCATGCCTGATCTATACCAGCCAACATGCCATTTTTCCTGCCACCCTCCCGTTTTGATATTTTTCATGGGAAACTCTCTTGTAATTTGTATGGACCAATCTAGTTTCCAAAAATCACATTTTGTACATGTTGGTCAAGTTGTTAGGTCTGGTATAAGCTCATCATCTCACACAATTGAAAAAATATTTAAATCTTAAAGCATATTTTACCTCAATCTGGCAACATACGTTACAACCAAATGTTATGGTCTAATCTCAGATGTGTCAGACAGCTATTTAGCTCTTATAAATATTGAAATATTGGTGTCCAGGATGCAAAAAGCTACAATATAGAGAATGTAGTGAAAACTGTGATTTTATAAAAGATTTACTTTCATTAAATTCTCAGTTCAAATATCCAGAGGCTTGGACCTGACACTTTAAAGGTGTAGTCTCATTTTAAATGAAAATTTACACTCTATTTACTTTCTCTGAATTTTTTTTTAAAAATCTTAATGGGTTTCTTTTTGTCTGAAAAATGTGGGAAACCATTGACTCAAAGAGTAGGAGAAACAAGGGTTACAAACACACTGTAAAACCCAAAAAGATAGGGTAACTCAAACTGTTTAAGGAAACTGAGTGCAACAAACCATTTAATTTAAAAAACTAGTACAAATGAGTACTATGAGCTTAATCCATTTAAGAAAATGAAGCAATTTGAGCACAGTAAAAGCCAATAAATGAAGAGAACTTAAACCTGCTGAGCACTGTAAAACCAAATAAGTTAAGGCAACTCAAACAGTTTGAGTTTAAAAAAAAACTAATCTATGAGTACTTTGAACTTCATTTTAGTTGAAATAATAAGATCTTTAATTAACTCATCTTTAACACTAAGTTCAAAATTAATTTCAATTGAGTAGAATTAACTTTCAGTAAAATTTGAGTTAACTACACTTATTTTATTTGATCAAATTGACTGTTGGGGTTTACAATACAATTTTTTTCAAAATATGTTCTTTTAAGAAACTCAAAGAGGTTTGTTACAAGTGAAGGTTGCATAAATGACGGCAGAATAAAATGTTTTGATTGAACTTTCTCTATCTTTCTGAACATTTCTCTTCAACGTGATTTTCACTCAAAAAAATTATATATATATATATATAGTTTTGCTGCTTATTTAAATTAAGCTGAAACATCACAGTTCTTGAGGTTTTTGAAGGGACAACTTAATTGTTTATGTTCAATCAACTTAAAGGGCATCTGTGATGAAAATCAACTTTTGAAAGCTGTTTGGATAGAACTGTGTGTAGGTATAGTGTGTCCAAATTAAAAACACCAAAACATTTGTTACAACCCTCTGTGATCAGCTCTACCTCAATAATTAATATAATAAGTTCAAAATAATTTTAGAATAGAGCATACTTGTAATAAAGAGAGTAAGCCACTGAAATCACCATGGTAAACCTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACTGCAAACAGCATTTGTGTATGAATCATCATGTCAGAAAGGCTTGAATAAACTTCACCAATAATACATCAAATAAACTAACTTGGTGTTTTTGAGTCATGACATCACTTCAGCTTCATCTGTGTCTGTCTATCACTGACTGCTGTTTATCTGACATATGAGAAGCAGACACGCACGTTGGAGCGGTGGGTGGGGAGAAGCATTTAAGCATTTAAATGTGCATTTACAGGCTACAAAACAGCAACACTGTACTCAGACACCAAAATGGGTATAATCTACATTATATAATAAATAATCTGATGGGTTTTTTGAGCTGAAACTTTACAGACCCATTATGGAGACACCAAAGTCTTTTTTTTACATCTTGTAAAAGAAGTGAAATTGAACAGAATTAGCATAATTGATTTGCATTGAGACAAGATGAAGGAATTGGTTGGAACCCAGTATTTTTTTCTGTGCTTCTACCACCTCATGTGTTTTTGACCATGATATTTTTGCTCCAACCCTAATCAAACAGAGCTGATCCAACTAATCAAGGTGTTTAAGACTACTCTGGACTGTTAAGCAGGTATGAGTTGGAGGTGGTTAGAGCTAAACTAAGCAGAGCTGTGGAACTTCAGGAATTGAGTTTGAGATCATGGATGTAAAGTGTCTTGAGATGAATTTATGTTGCTGACTCTGCTCCTAATGAAACACATGCTTCTTGATGCAG
Seq C2 exon
GAAATGATACAGTTTACTGGACAGACATGGGTTTAAACCGGATCTCCAGAGCCAAGAGGGATCAGACGTGGAGGGAAGACATTATCACCACTGGCATCAACAGAGTGGAGGGCATCGCAGTTGATTGGATTGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061517:ENSDART00000139033:32
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0005812=Ldl_recept_b=WD(100=91.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]