HsaINT0096320 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000168702 | LRP1B
Description
low density lipoprotein receptor-related protein 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:6693]
Coordinates
chr2:141474251-141526913:-
Coord C1 exon
chr2:141526782-141526913
Coord A exon
chr2:141474386-141526781
Coord C2 exon
chr2:141474251-141474385
Length
52396 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAT
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
TTTCTGTGTCTTATCCATAGAAA
3' ss Score
10.39
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATAGAATCATTTCTTATGTACTCTGTTCATGAAGGAATCAGGGGAATACCTCTTGAACCAAGTGACAAAATGGATGCTTTGATGCCTATATCAGGAACTTCATTTGCCGTGGGAATAGATTTCCATGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAATGATACCATCTACTGGACAGACATGGGCTTCAATAAAATTAGCAGAGCTAAAAGAGATCAGACTTGGAAAGAAGATATCATTACCAATGGCTTGGGAAGAGTGGAAGGGATAGCTGTTGACTGGATTGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168702-LRP1B:NM_018557:35
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0005812=Ldl_recept_b=WD(100=89.1),PF0005812=Ldl_recept_b=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)