Special

MmuINT0092512 @ mm9

Intron Retention

Gene
Description
low density lipoprotein-related protein 1B (deleted in tumors) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2151136]
Coordinates
chr2:40979119-41041521:-
Coord C1 exon
chr2:41041390-41041521
Coord A exon
chr2:40979254-41041389
Coord C2 exon
chr2:40979119-40979253
Length
62136 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
GTTTTTGTGTTTACCAATAGAAA
3' ss Score
8.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATAGAATCTTTTCTTATGTACTCTGTTCATGAAGGAATCCGGGGGATCCCTCTTGAGCCACGTGACAAGGTGGATGCCCTGATGCCAATATCAGGAGCTGCTTTTGCTGTGGGGATAGACTTCCATGCAG
Seq A exon
GTAAGTATATGTCATTAGTAATGTATGTATAATGCTCTGTTCAGAAAACATGATGGCAATATAACTTTCAATCTGTACTTGTGTAGAAATGTTGACATTAAATTAAAGATGAATTTCAGCCTTTTACTAATTGTTCTAATTAAATTTCATCTGCTCCCTAAAAGAAAACAAATAAATCTTTTTTCTAAAGAGAATTTTTGTCTTAAAAATATATTTGTACACCATGACTGACAACTGATAGTTTTGTTTCTTCAAATAAATAAAATGATATTTTACTTTTCTCTAGTTATAAATATACCCCCAATAGATCATTCCAATCTGTTGAATTCTTGAGGTATACTTATTGGAAATACTTTCATGATGAATTACTAATGGTAAGACATTTTCTATAACTTTTAAGGCAGTATATATGGGGAAGTAGAGTCGCTTTAATTCCATGTGGTTTGGCAATAATGAAAGAAAGCAATCAGAGACCACCAGACTGCTGTGGTTGGCTCAAATTAACCACAGGGATTTAATAGTAAACACTGTTGAATGTATTGAAGCCAACAAGTTGTGGGCAGGTAACTGCCAAAGTCACATGCAGCAGCAATGGTTATGTGTCTTTGTCATCTGTTTACTATTTACATTTCTTATTCTACAGTTAAGACTTTAATGTTATAAAAGCAAATTTGTTTTCCTCTCAACCAAGTTACATGTTTCCTGTGTTCATGGTTTGGTGTTGAAATACTAAGACAGTGTACCAATGTTTCTGTAATGTAAACTTATCTAATATTAAAAAGATAATGGGTCTTTGATTTATAAACAATTTTTAAAATATTAAAAAATAATCTTTAGCATGGAAAAATGGTTCAATGATTAAGAGTACCTGTTGCACTTAGCGAGCATCCAAGTACAATTCCAGCAACCACATGACACTTATACACAAAAAATAAAGATGGTAAACTTAAAAACTATTTAATCTCTGCTTATCAGCACATGGATTTCTAGTGGCAATATTTTCTCCCTTGCTGAAAAATTTTTTTCTTTTTAAATTTTGAGAATCTTAAGAAATTGTTCTTTCTTTCCTCTTATTATTATTAGTAGTAGTGTTTATTAGTATTAGTATTAGTATTAGTATTAGTATTAGTATTAGTATTAGTATTAGTATTAGTATTAGTATTAGTATTATTTGGATTTTTTTCCCAGCCTAAACTAGGCTGACTTCAAATTCACAGAAATCTGCCTGTATCTACCACATGAGTGCAGAGAGCAAAAGCATTTGTCTTTCCACCCAGGACAAGGTCCAAAAGAAGTTATCTTAGACTAAATGCTTGGAATCACATGGACAGTAATGTCCTATGTTTAAAAAAATTATTTTCATCATTTAAGAAAGTGTATGTGTATGAGCCTGAATGTGTGTGCACACATGCATATATGAAATACCTAAGGAGGCAGGAAGAGATCATCGGGACCTTTGGAATAATAATTCTAAGATTCTGGGTTCTAGTGCTAGAAACTGAACCCAGGTCCTCTACAGCAGAGGTAAGTGCTCTTAACAATTGAACCATTTTAACAGCTCCAAAATCTCACATATATTAGAAATGCTTTCTGCAAAAGGGAAATTCCACAAAGAAATATTTTAAGTAATATGGTAATGTTGTTAAAATCATATTACAATTTTGAACCGACCATTGATGAAAATTTACTTTTTATGAAAGATTTATTAACATACAGTGTATAATATACCTGGAGTTTTATATACATGAATTGGTTTTTTAAACAATTTTATTATAATTCATTGAGTGAAAAACTAAAAATGTTTGAACATATATACATAAAATTTTTAATTTAATAGAAGGTCTCCTATTAACTCATTTTTCATACTTGTTTGAAAGATTCATTAATGGATTTTAAAATACACGACAAATTTCCATGAAACAGAAATATTAAATTAAGTATTTATTAATATTCTGATTGAGTCAATAACAAAATTTTTAAGAGTAAACTATTTATAGCAGTTAAATTCACTCTGCAGTTTTATGGCACTGAAAAGGTTAAATTTAAAGATAAATTATACTTTTCATTGTAATAAATAAACATTTACTTGTTTTAACATTCAATAATTCTTCATATAATGTTCATAATTTGTATTGAGTTATCTTTTCATCAATAGAAATAATTAGTTTCAGATAAAATTCTGTGTTCTCTCTATTGAGCCAATTAGATATTTTAAAAATACTTGTAATTTTTGGGGGGGAAGTTTCATATATTTTTTTTAATTTATTAGGTATTTTCTTTATTTACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATAGGCTCCCCCCACTCCCCTACGCAACCACTCTCACTTCTTGGCCCTGGCTTTCCCCTGTACTGGGGCAAGTCCAATGGGCCTCTTTTTCCAGTGATCCCGACTAGGGCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCATCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGCTATTTTCTCTAGCTCCTCCACTGGGGGCCCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGGAGCATGGGAGATCTCTCCATCTTCTGAGATCTTCTTTGATTTCTTTCTTCAGAAACTTAAAGTTCTTATCATACAGATCTTTCACTTCCTTAGTTAGAGTCACACCAAGGTATTTTATATTTGTGACTATTGAGAAGGGTGTTGTTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGTTTATTCTTTGTGTAGAGAAAGGCCATTGACGTGTTTGAGTTAATTTTATATCCAGCTACTTCACTGAAGCAGTTTATCAGGTTTAGGAGTTCTCTGGTACAATTTTTAGGGTCAATAATATATACTATCATGTCATCTGCAAAACGTGATATTTTGACTTCTTCTTTTCCAATTTATATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTGTCGAATTGCTCTGGCTAGGACTTCAAGTCCTATGTTGAAGAGGTATGGAGAAAGTGGTAAACTGCATCCTCTTAACCATAGTGCAGAGAATAGCCCCTGAATAAAGTGTCATCTTTACTTACATACCTCTAGAGGATATATACAACAGGTTCTCTGCCACTTGTTCCTGAGGAAGGCATATAAACCGAGAATGAGCCAGACCTGGAAGGAAGTACACTGGTGTCAAAAATCTGAGCTCCTAGGAAGATCTTCAAGAGTACCTTCTACTTCTATTTTGTGGAATAATTTGTGCAGAACTGGAATTAGATCTTCTTTGAAGGTCTGATAGAACTCTGCACTAAACCCATCTGGTCCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTGGGAGACCATTAATGACTGCTTCTATTTTTTTAGGGCATATGGGACTGTTTAGATCGTTAACTTGATCCTGATTTAACTTTGGTACCTGGTATCTGTCTAGAAATTTGTCCATTTTGTCCAGGTTTTCCAGTTTTGCTGAGTATAACCTTTTGTAGAAGGATCTGATGGTGTTTTGGATTTTTTCAGGATCTGTTGTTATGTCTCCCTTTTCATTTCTGATTTTGTTAATTAGGATGCTGTCCCTGTGCCCTCTAGTGAGTCTGGCTAAGGGTTAATCTATCTTGTTGATTTTCTCAAAGAACCAGCTTGTCATTTGGTTGATTCTGTGAATAGTTCTTCTTGTTTCCACTTGGTTGATTTCGCACCTGAGTTTGATTATTTCCTGCTGTCTACTCCTCTTGGGTAAATTTGCTTCCTTTTGTTCTAGAGCTTTTAGGTGTGTTCTCAAGCTGCTAGTCTGTGCTCTCTCTAGTTTCCTTTTGGAGGCACTCAGAGCTATGAGTTTCCCTCTTAGAAATGCTTTCATAGTGTCCCATAAGTTTGGGTATGTTGTGGCTCCATTTTCATTAAATACTAAAAAGTCTTTAATTTCTTTCTTTATTCCTTCCTTGACCAAGATATCATTGAGAAGAGTGTTGTTCATTTTCCACATGAATGTTGGCTTTTTCCATTATTTATGTTGTTATTGAAGATCAGCCATAGTCCATGGTGGTCTGATAGGATGCATGGGACGATGTCAATATTTTTGTATCTGTTGAGGCCTGTTTTGTGACCAATTATATTGTCAATTTTGGAGAAGGTCCCATGAGGTGCTGAGAAGAAGGTATATCCTTTTGTTTTAGGATAAAATGTTCTGTAGATATCTGTTAAGTCCATTTGTTTCATCACTTCTGTTAGTTTCACTAGGTCCCTGTTTAGTTTCGGTTTCCACGATCTGTCCATTGATGAAAGTGGTGTGTTGAACTGTCCCACTATTATTGTGTGAGGTTCAATATGTGCTTTGAGCTTTACTAAAGTTTCTTTAATGAATGTGGCTGCCCTTGCAATGGAGCATAAATATTCAGAATTGAGAGTTCCTCTTGGAGGATTTTACCTTTGATGAGTATGAAGTGTCCCTCCTTCTCTTTTTTGATAACTTTGGATTGGAAGTCAACTTTATTCGATATTAGAATGGCTACTCCAGCTTGTTTCTTCAGACCATTTGCTTGGAAAATTGTTTTCCAGCCTTTCACTCTGAGGTAGTGTCTGTCTTTTTCCCTGAGATGGGTTTCCTGTAAGCAGCAGAATGTTGGGTCCTGATTATGTAGCCAGTCTGTTAGTCTATGTCTTTTTATTGGAGAATTGAGTCCATTGATATTAAGAGATATTAAGGGAAAGTAATTGTTGCTTCCTATTATTTTTGTTTTTAGAGTTGGCATTCTGTTTTTGTGGCTGTCTTCTATTTGGTTTGTTGTGAGATTACTTTGTTGCTTTTTCTAGGGTGTGGTTTCTGTCTTTGTATTGGTTTTTTCCTGTTACTATCCTTTGAAGGTCTGGATTCGTGGAAAGATAATGTGTGAAATTTGTTTTGTCGTGGAAAACTTTGGTTTCTCCATCTATGGTAATTGAGAGTTTGGCTGGGTATAGTAGCCTGGGCTGGAATTTGTGTTCTCTTAGGGTCTG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Seq C2 exon
AAAATGACACCATCTATTGGACAGACATGGGCCTTAATAAAATCAGCAGAGCTAAAAGAGACCAGACTTGGAAAGAAGACGTTGTTACCAATGGCTTGGGCAGAGTGGAAGGAATAGCTGTTGACTGGATTGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000049252-Lrp1b:NM_053011:35
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0005812=Ldl_recept_b=WD(100=89.1),PF0005812=Ldl_recept_b=PU(0.1=0.0)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types