DreINT0090696 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000102506 | lrp2a
Description
low density lipoprotein receptor-related protein 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050119-2]
Coordinates
chr9:48780290-48793568:+
Coord C1 exon
chr9:48780290-48780459
Coord A exon
chr9:48780460-48793344
Coord C2 exon
chr9:48793345-48793568
Length
12885 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
TACTGATTTTCTTCACACAGGTG
3' ss Score
8.17
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGGCGTGCCCTCGCTTATATTCTCCAACGGCAGAGACCTGCTGATCGCTGATGTTCATGGACACGGCTCTCAAACACTGGTTCAGTCCCAGAACAGAGGAGCCGCTGTTGGTGTGGATTTTCATTACCAGCTGCAAAGGGTCTTTTGGACGGACACAATCCAAAATAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGTTTTCTGTGGATATGGACGGCTCGCGTCTGCAGGTGGTGCTGAACGTGTCGGTGGACTATCCCGAAAATCTGGCCGTGGACTGGGTGAACAATAAGCTGTATGTAGTGGAGGCCAGTGTCAACAGGATCGACATGGTGGACCTGGACGGCAGCAATCGGGTCACGCTGATCGCAGAGCACCTGGGAAACCCAAGAGGACTCGCGCTCGACCCGACCGTAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000102506:ENSDART00000167243:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005812=Ldl_recept_b=PU(26.8=19.3)
A:
NA
C2:
PF0005812=Ldl_recept_b=PD(68.3=37.3),PF0005812=Ldl_recept_b=WD(100=54.7),PF0005812=Ldl_recept_b=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]