DreINT0090861 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000006921 | lrp5
Description
low density lipoprotein receptor-related protein 5 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050518-2]
Coordinates
chr25:10569381-10573535:-
Coord C1 exon
chr25:10573212-10573535
Coord A exon
chr25:10569578-10573211
Coord C2 exon
chr25:10569381-10569577
Length
3634 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTGAGT
5' ss Score
7.39
3' ss Seq
ATTGTTGTTCTGCTCAACAGCGC
3' ss Score
7.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTACAGCGAGAGATCGTGGCTGATGATCTTCCTCATCCGTTCGGGTTGACCCAGTATCGGGACTACATTTACTGGACGGACTGGAACCTGCGCAGCATCGAACGGGCTGACAAGCGCAGCGGCTTGAACCGAACCGTGGTGCAGGGACACCTGGAATACGTCATGGACATCCTGGTTTTCCACTCCTCCAGACAGGACGGTGCCAATGATTGTTCACAAAACAACGGCCAGTGTGCCCACCTGTGTCTGGCATCCCCCTCTGGAGCCCAGTGTCGATGCGCGTCTCACTACACCCTGGAGGCCAACGGACGCAACTGCAGCT
Seq A exon
GTGAGTTTTGCATTTTATTTATTGAATTATTTTAGGGCTCAACAATTAAACAGGTATTTGAGGTGTTTTTTGCACTGATAAAAGTTTGATGCTGTGTTTACAACAGGCACGGCACGTGCAGATAAATTGCGCTATTTGTGCGTAAATAGACACGTTTGAGTTTACTCGCTTCATTAGCACGTCAAATTCACATTACAATAGACACGGATTGGCCTCATGGGCAGGGCTTCTGTCTGCCCGGTGAATCTAGCTTTGTTGCTAAATGGCTAACATGGATATTATTGAGAGAACAGCTGTGTTTATGTGCATTTATGAAAGCTGAAAAACATAGCCGATTCGTTTGAAGCCGAGCCCAGTTTGATTAACTGTTGTCTGGTGTCGGCAGAAGGATTTTCCCCCGGGACCTCAACTGTACGTCATAGTCATGGCCCTAAAAAACAAAGCTCATGATTGGTTAACGTGGCGCGAATGTTCGCTGATGTTCAGATTTTCAAACTTGCGCGATTCACAAGAAACGCTCAACTCGCACTGGCTCATTTGCGTGTATCGAGCCGCAGGATGTCTATTCACATCTTTGCATTGACTTAACATGTAAATCACTCACGGTTGACGCTTCAACCGGGTCTGATGTGAACGCAGCTTTACAGAATGTATTATTATTGTGAATAATAATTGTAATGTAAGTATTGCAATTATTAGCTAAAGTTTGGTTATTATTATATTATTAATACATTATTAATATTACTATATTATTATACATTGTATAAACGGCAAAATCACGATTTAATGATGATAAAAATGTATTTAATAATAATGACAAATATGTAGATATAACAATATTACTACAGTTATATGCAATGCTTAATATTGTGTTTAAGATAAAAAAATATTATTTTTATATGTTTGTGTGAAAAATAAACAATAATTATTGGTATATATTTTTGGTAATATTTATATTCTTTTTTTAATAGTTATTTTTATAATGTTTACATTTTTATTTTTATAAAATAATTGTATATTTATGATTGTAAAATCATAACTATTAACGTTGTTTTAGTTATATTTTTAATTGATATTTTTTATTTTTTTAATTGTTACGTAAAGTATTATGTATTTATATTAATTATTAGTTAATATTTATAGGTATAGTTATAATTTATACATGCAATTAAATAATTATTTTAATAATAAATACCATAATATTCTACATTTAACATGTATAAAAATAAAAAAAATATACATTAAAAATAGTATTACAAAGCTGCATTAATAGTTATTATTTTAGAATGATATATACACACATTAAATAAAAAAATTGTAATAAGTATTAAATATTAAACATACAAGATATACAATAAATATACAAGCACTCCAGATACAAAATAGACTTTTGGCTAATTCTGGCACATTTCTGCCTATTAATGTTTATTGTCCCAGTCAAATAACCCTGAAAAATAAAATAACATTTCTATTATTAGTGCTTTTATATATTATTATCATTATTTTTTGTATTAATAATAATATTATCAATATTAACATTATTGATCATTTTATATAAAGTGTTATTTTTTAAGTACAAATGTCATGTTGTTGAGCTAAATGCGCTAAATGTTGTAGGCTTGCGGTTGGTTTTATATATTTTAGCAGCCACAAGGGCTAAAGTACTCTTAGGTCTCCAAGCCATAAAGTTCACCGGGTTTTACTGACATTTCAAAGTGAGTCATGGATTTTAAGATGCAGTTGGCAGATTGAAACGACATTAGAAAACAATGGCTCGGAGCCATGCAAAACTCACTCATATGCATTTAATTCCTTATAAGCTTAAAAATTACTGAACTTGGATTAAACAAGCACGGTGAAAGCTTCTGGCCAAGAGTGCAGAGGTCTTGGCAGCGCTAGCATGTTTCTGCTCTTAAATTCCCTCTTGTTTCTTCATTCTCTCGTGGCCTGCAGGGAAAGGCTGATTGCGTTTAGTTCGTATGATTGCATTTAGCTGACCTTCACCTTCTGGAAATGTCCAATGCTCAACTGTGCTCTTACGGCATTTTTCCACACCTCACTAATGCGTTTCATATTATATGGGTTTGGGGAACTTCCATTCAATAGAAATCAAACACATCACAGGTGATGATGAAGTTGTGCTACAAATAATTCAGACACAGTGAAAACTAAATCTGAGGTACAATTGGATTGTGTTTATTTATTTATTTATTAACCATTATGATGTATCATGATAGTATCTCACAATTTTGACTCTGCAGTGTCTTACACAATTCTGAGTATATAGAACATCTCGCAATTCTGAGTCTATACATATCTCGCACTTCTAAATCTGGACGATATCTTGCAATTCGGAATTTATACGATATCTTGCAATTCTGAGTCTATACATCTTGCAATTCTGAATCTATACAATATCTTGCAAATCTGAGTCTATACATCTTGCAATTCTGAATCTATACAATATCTCGCAATTCTGAGTCTATACAATATCTCGCAATTCTGAGTCTATACAATATCTCGCAATTCTGAGTCTATACATCTCGCAATTCTGAGTCTATACAATATCTCGCAATTCTGAGTCTATACATATCTTGCAGTTCTGAGTCTATATGTTATTTCACAATTCTGAGTCTGTTATCTCACAAATCTGAATCTATTTTTTATCTCGCAATTCTGAATCTTTGTAATCTCTGAATTTTGAGTCTATATAGTATCTCGCCATTCTGAGTCTATATAGTATCTCGCCATTCTAAGTCTATAGTATCTTGCAATTCTGAGTCTATACGATATCTCGCAGTTCTTAGTCTATACAGTAACTCGCAATTCTGAGTCTATACATCTCGCAATTGTGAATCTATACAATATCTCGCAATTCTGAGTCTATACATTTCTTGCAATTCTGAGTCTATACGTTATCTATATTCTGACTCTATACCGTATCCCACAATTCTGAGTCCATACAGTATCTCAATTCTGACTCTATACCGTATCTCACAATTCTGAGTCTATACAGTATCTCAATTCTGACTCTATATCGTATCTCACAATTCTGAGTCTATATAGTATCTCAATTCTGACTCTATACCGTATCCCACAATTCTGAGTCCATACAGTCTCTCAATTCTGACTCTATACCGTATCTCACAATTCTGAGTCTATACAGTATCTCAATTCTGACTCTATACCTTATCTCACAATTCTGAGTCTATACAGTATCTTGTAATTCTGAGTCTATACATTATCTTTCTTTTTTTTTATTTCTTGCAATCCTGAATTTATGTTATTCAATTTTGTTTTTCTTTCTCTTTTATATTTATATTAATTAAAGGGGATATTCATGTGCTCTTTGGCAGTGATAAAATCAGTAATATTACAGAATAACTTGTTTTGAGTGTTTTTTATTTCATTTGGGGGGGGGTGGTATTTATGGTCTACTGAAAGTAATTGGGTAATTCTAATAGGTTTTCTTTTAATACAAGATGGATGAACTTTAAAGATAATAATGAATAATACATGTTCAAAAACAAGACATTTCACTGACAAAAGTTTGCCCTTTTTACTAACACAGCATCATAAGATGTAGGAAAACTGGATAACTCAGTTGTGGTCTTATTGTTGTTCTGCTCAACAG
Seq C2 exon
CGCCCTCTAGTTTCCTGCTGTTCAGCCAGAAGAGCTCCATCAGCCGAATGGTTCTGGGTGAACAGAGTCCAGACATGATTTTACCTATTCATGTGATGAAGAACCTGCGCGCCATCAGTTTTGACCCTCTGGAGCGACTGGTCTACTGGGTGGACGGACGACAAAACATCCGCAGGTCCAGAGATGATGGCACTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000006921:ENSDART00000121724:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.121
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005812=Ldl_recept_b=PD(45.9=15.6),PF0005812=Ldl_recept_b=WD(100=37.6),PF146701=FXa_inhibition=WD(100=33.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]