DreINT0092540 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099184 | map2k6
Description
mitogen-activated protein kinase kinase 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-010202-3]
Coordinates
chr12:36452734-36456173:+
Coord C1 exon
chr12:36452734-36452861
Coord A exon
chr12:36452862-36456095
Coord C2 exon
chr12:36456096-36456173
Length
3234 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTAAGT
5' ss Score
11.37
3' ss Seq
TTTTTCCTTCTCATTCACAGCCT
3' ss Score
9.46
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGTCAAACCATCTAATGTCCTGATAAACATGCAGGGTCAGGTGAAAATGTGTGATTTTGGTATCAGTGGGTATCTTGTGGATTCAGTGGCAAAGACGATGGACGCCGGCTGCAAACCATACATGGCG
Seq A exon
GTAAGTTTAAAGTAAACTTAGCAGTAAGTAACATGTAGTACTGTATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGTTTATTTTTTTCTCAATTGCTGTTTAATAGAGAGAACATTTCTTCAACACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACTCATCTCTAATCACTGATTTTTTTTATCTTTGCCATGATGACAGTACATAATATTCGACTAGATATTATTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAAGCTTAATTGGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGACAAGTTATTGTATAATGATGGTTTGTTCTGTAGACTATCGAAAAAAAATAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGACCTTAAAATGGCTTTTAAAAAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGCTGAAATAAAACGAATAAGACTTTCTCCAGAAGAACAAATGTTATTAGACATACTGTGAAAATTTATTTGCCCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTTAAAAAAGAAAACAAAATTCAAAGGAGGGCTAATATTTCTGACTTCAACTGTATATTATGTTAAACATTATTAAAAGTATTATATAAAAGTATGCAGTCAGGATTTGTTTCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAATATAATAACTTGCCTAATTACCCTAACCTGCCCAGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTGAAAATATCTAGTAAATATTATTTAGTCATCTTGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTGGAAATCTAACCATTAGAATCTGTAAAAGTGCAGTTTTTTAAATACATTTATTACCATATAAATATTAGTGTTACTATATAAATATAAAAAAATGACTAATGTAAAAACAAAAGCAATGACTGTAATGCAAAAATAAAAACTGAATATTAAACAAGTACTTTTTTTTGTAATTTTACAATAAACTAAACATTTAATATTTAGTTTTTAATTTTACATTACAGTCATTGTATTTCTTAATACTTTAGACACTCACTGGCCACTTTGTTAGGTACACCTGTCCAACTGCTCAGTAACGCAAGCTTCTAATCAGCAAATCACAGGGCTGCTCGATTTTGGAAAAAAATCATAATCATGATTATTTTGGTCATAATTGTAATCACGATTTTTAAAAACGATTACTGTTGAAGTTAAAATTATTAGCACTTTTGAGAATTAAAAAATAATAATAATTATTTCCCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGAATTTTAACAGTATTTCCTATGATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCGGCTAGAATAAAAGCAGGTTTAAATATTTTGAAACCTATTTTAAGGTCAATATTTTTAGCCCCTTTAGGCAATATATATTTTTAATTTTCTGCAGAAGAAACTACTGTTACACTATGACTTGCCTAAATACCCTAATTAAGCCTTTGAATTTGAATGCTTGTATTTTGAAAAATATCTATTCAAATATTATATGCTGTCATCATAGCAAAGATAAAAGAAATTAGTTATTAGAAATTAGTTATTAAAACTTGTGTTTAGAAATGTGTTGAAAACAAATCTTTCAATTAAACAGAAATTGTGGGAAAAGGGTTGCTAATATTCAGGAGAGCTAACAAAGATAATATATACAGTTATTTTCCTCTGCGAAGGAAAGAGAAATAAATACAATAGAATAAAAATATTAAACAAACTGTGCTTTAAGCATCTTCACTGTAGGAAAAACACTTTAGCTACAAAAGTCCTTCAGTCAAGAGCAGCGAGGAATTTTCTCCTTTTGTTATTTGATTAATAATGATAAAAACAGGCGGCAGCAGAAATAGTGCGCTGTCTTTTTAATGGTTTCGCTTTGCTTAAGATTTTTTTATTTACATTTTTTTAGGACAACAGTATCTCCACAGAAAAGATCTCCAAAGATGTTGTTTTAAATTCATTTATTTATTTCTGATTTTTGAAACTAACAAGGACAGCAGAAATCAAAGATCCATTTTAATAATTTAGCCTGACATGTTTACTGTTCCAAAATATTTAAAATGTTTCTCAAAATAAAATATATCGTGTTTAAAAGGGGAAAAGGTTTTGGTTTTTACCCAAACATTTAAAAAGAATACATTTTAGAGCAGTAATTACAATACCATTAAACAGTGATACTTTTATGCAAGGTTATCACACCGTCAGAATATTATACAGGCCCATATCTAGTTCAGACTGTTTGATTTTCAAAGTAGTCATGTCACAATTTTTTTTACTCTGCGTGACTATCTGGGCAGCATTCTGTCGCTGCTGTTTAAACTGCAAGATGGATGGCAACAGGAGGTTTCGCACTGCATGACAATTGTACATTTACAATATTAAGAATTGCCAACAACTTTTGTATTGGGTCGCAAACTACTGTTTGATTGTTGCTCATGTGAAGGAGCACAGATTTGCCTGTAATTTCAGGCATTTGTTTATGATTTCTCAAAACCTATCGTAGAGTCAAAATTAGGGCTAAAATCATGCAGTCTGAACTTATTATTATTATTATTATTGTCATAATTATTATTATTATCGTCATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTTATTATTATTATTATTGTCATAATTAGTATCATTATCATCATCATTATTATTATTATCATAGTTATTATAATTGTCATAATTAAAATAATAATTATTAATATTGTTAATATTATTATTATTATTATAATTTTTCATTGAAATAACATCCAGCATTATTTAAATGTAGACCTCCCCCATATAAATAGTTTAGCTTGTTTTTGTGTAGCGTTTTTCAAAACGCAGTGTATTACGGTCGACTGTACTCTGTACTGATTTAGACATGAGCTTTTCTAATAAATAAACCACACATACTCATTGAGACGCTGTTAAAGTGTGTCTGCAGCTCCGCGAGCCGCTGTTCATGTTCCTCTGTTATAAAGAGTGTGAATATTGTATGTCTAAGAAGAGAGACGTGTGTCATAAAGAGAATACACTGCGAGCAAAAGTGATAAGTGTATTTTATAACTCTCTTTCTCAGGCCTGCTTATCTCTCTACCTCTGTTTATCAAACCACACTTCCTCTTTTGCCCACATAATAATAATAATAATCATTATCATCTATCATTTTTCCTTCTCATTCACAG
Seq C2 exon
CCTGAGAGAATCAACCCAGAGACCAATCAGAAAGGCTACAATGTCAAATCCGATATCTGGAGTTTAGGTATTACAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000099184:ENSDART00000171268:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.047 A=NA C2=0.269
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(16.0=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(9.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]