DreINT0095001 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062686 | megf11
Description
multiple EGF-like-domains 11 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-252]
Coordinates
chr18:19194203-19201961:-
Coord C1 exon
chr18:19201815-19201961
Coord A exon
chr18:19194342-19201814
Coord C2 exon
chr18:19194203-19194341
Length
7473 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGC
5' ss Score
6.95
3' ss Seq
GTCCTTTGCCATTGTGACAGTTT
3' ss Score
5.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GCATCCACTGTGACAGCATCTGCCCGCAAGGCTTCTGGGGGTCCAACTGCTCCATGACCTGCTCATGCCAGAACGGAGGTTCCTGCTCTCCTGAAGATGGGACCTGTGTTTGCGCTCCTGGCTACCGAGGGACGTCCTGCAAGAGAA
Seq A exon
GTAAGCAAGCTTCCAGTGTCTCCTTCCAGTGATGCTCTTTACACAATGTCACCTTCTTAAAGCTGGTCACATAAGTGTTTGATTTGAACGCACTTCAAAACAAGATGATAAACAACTGCAGGGAACGAGAAGGGGGTCATGGCGGTTTCATCCAGACGGAGACCCTCTGGGAGCCGCAGAGGGGCCGGTTGAAGAGGGAAGCGCTTTAGTGGAGAGTCACAAACATGTGCAAGCAAATCTTTAATCACACACATCTTAATCACTTGAGCTGTGGAGATGCAGTGTCCGTGTGGAGCTGCCATCATCAGCCTCTCCATGAGGAGAAGTGTTTACTCTGCCTCTCAGGGGTCTGCTTCTGCTTCTTCTCGCTCACGCTGTCTCTCTTTATCACACTGTGTGTCCTCAGAAGATAAGCTGGCTGATTGCTGGACAGTTTAAGAGACCATAAAGAGGAAATTCTGTCTTTCTGTCTGACTGCTTATCTGTCAGTCATTTGTCATTTGACCGTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTCACTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTCACTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTCACTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTCACTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTCACTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTTTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCATCCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCATATCAACCTGCCGGCCTTTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTTTATATATATATATATATCTGTCTGCACTGTCAAAATGTGTGTTAATGATCAGTTTTCTGTATTTTGTGATTCAAAAGAATTTTCCATTTATTTCCTGTTGTGAATTGCATTATGGGACCTTGATCTCTGCTCTGTTGACTTTTGACATTGAAAATTCAACTCTACCGTTTAACAAAGAGACTTTTATTGACATTTTAGTAGTTTGGAAGAATGTGATGTATAAGAAATAACATGCAGTATAGAGAAATAAGTCAAAAAGTAAAATAATAGAAAATGTTCTGGCAGTTTATTACAAGGTTTCTGTACTGTAATATACAACATTAACCCAGACAATATATCGCTTTAAACTATTAAAATGTTGATAAAAGTCACTTTTTTCAACTTTTCAAGGTTAAACGTTGTTGAAAAACAGGTCAAGGCCAGACAATTCAAAAGCACAAATAAACAGGAAAAAACATTTTAAATTTAATACTAATAAAATACTAACTGATACTAAAAATACTGATAACAAATAACTAATTTACAGATATTTTTTACTGTCTGTATGTCTATGTATTTTCTCTGTCTGTTCACTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTCACTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTCACTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTCACTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCATCCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCATATCAACCTGCCGGCCTTTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTTTATATATATATATATATCTGTCTGCACTGTCAAAATGTGTGTTAATGATCAGTTTTCTGTATTTTGTGATTCAAAAGAATTTTCCATTTATTTCCTGTTGTGAATTGCATTATGGGACCTTGATCTCTGCTCTGTTGACTTTTGACATTGAAAATTCAACTCTACCGTTTAACAAAGAGACTTTTATTGACATTTTAGTAGTTTGGAAGAATGTGATGTATAAGAAATAACATGCAGTATAGAGAAATAAGTCAAAAAGTAAAATAATAGAAAATGTTCTGGCAGTTTATTACAAGGTTTCTGTACTGTAATATACAACATTAACCCAGACAATATATCGCTTTAAACTATTAAAATGTTGATAAAAGTCACTTTTTTCAACTTTTCAAGGTTAAACGTTGTTGAAAAACAGGTCAAGGCCAGACAATTCAAAAGCACAAATAAACAGGAAAAAACATTTTAAATTTAATACTAATAAAATACTAACTGATACTAAAAATACTGATAACAAATAACTAATTTACAGATATTTTTTACTGTCTGTATGTCTATGTATTTTCTCTGTCTGTCTATATGTATATTTGTTCGTCTGTTAGTTAGTCAGTCTAAATGATCTATGTATCTATATCTGTTTCATTCTGCCTATTATTCTGTCTGTCATTCTGTCTTTTCAGTCTGTCTATCTGTCTTTTGGTAGCTCTTAAAGTATTTAAGTATTTTATTCTTTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTATCTATCTACAGTGCAATAATGATTGTCTTACTTTCTTTGTCTTGCTTCTAGTCCAAAACTCTAAAAATTCCTAAATCAAGAAGAATTTTCTAGACAAGCAAAACATAATGTCTTGTTTTGACAAATACTATGCCAAAGTTAAGCAATTTCTTTCCTTAAATTAGAAAATGCTTCTTGATTTAATATTTTTAGATATTTGGACTAGAATCTAAGTAAGAAAAGAATTTTTTGCAGTCTATCTTTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGGCTGGCTGGCTGGCTGGCTGATTGGCCTGTTGGCTTGTTGGCTGGCTATCTGGCTATCTGGCTATCTGGCTATCTATCTATGTCTGTGTGTGTGTCTGTCTGTCGTCAAGCCGGTTGTCTGTCTGAAGTCCATCTCATGAGATTTTATAGTTCATGGCAATGATGGAGAATTTCAGATGTCACAACATGAACTTTATTTCAGTTTTAAAAATGCAATTTATTATTTATTTATCTAATTTTAGTTAGATTTTGGGCATCCACATGCTGGATTATTTGGCGGTTAATTCTGCTGTGGCGACCCCTGATAAACAAGGGACTAAGTCAAAGGAAAATGAATGAATGAATGTGTCATGACATTTATCCAATGTGTAGTGTGTGTGTGATTGGGCATGTGTGTGTGTGCGTTCAAAGATTACAGAGAGTAGGGAAAAGGGATCGTGATTAATCTTCACCACACTGTTCGTTGTTGTACAATTATCTTAATTACAAAGGCCCACCACCCATGGAGGAAAGGTCAGCACACACTACTCTCCTGCATTACACAAAGCTACAGCAATTAAAGCGAATCAAGACTGTAATGAAGAAAAATGACCTGCTGGAGCTCCTGTCT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Seq C2 exon
TTTGTCCTCCAGGTTTCTATGGGCACCGCTGCAGTCAGTTATGCCCACAATGTGTGCACAGCACTGGGCCTTGTCACCACGTCACGGGTCACTGTGAGTGCCTGGCCGGCTTCTTCGGCTCGCTCTGCAACCAAGGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062686:ENSDART00000147902:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126612=hEGF=PD(23.1=6.0),PF0005319=Laminin_EGF=PU(65.4=68.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]