DreINT0095002 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062686 | megf11
Description
multiple EGF-like-domains 11 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-252]
Coordinates
chr18:19183082-19194341:-
Coord C1 exon
chr18:19194203-19194341
Coord A exon
chr18:19183201-19194202
Coord C2 exon
chr18:19183082-19183200
Length
11002 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTATAG
5' ss Score
0.18
3' ss Seq
TGTCCGTCAGTGTGTCCCAGTGG
3' ss Score
1.4
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTGTCCTCCAGGTTTCTATGGGCACCGCTGCAGTCAGTTATGCCCACAATGTGTGCACAGCACTGGGCCTTGTCACCACGTCACGGGTCACTGTGAGTGCCTGGCCGGCTTCTTCGGCTCGCTCTGCAACCAAGGCAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
TGGAAAATTTGGGAAAGCCTGCGCTGAGATCTGTCTGTGCACTAACAATGGAACCTGCAATCCTATTGATGGCTCTTGCCAATGCTTCCCAGGCTGGACCGGAGACGACTGCTCACAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062686:ENSDART00000147902:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF079748=EGF_2=WD(100=70.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]