DreINT0098370 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000054903 | mta3
Description
metastasis associated 1 family, member 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-6485]
Coordinates
chr12:25132513-25136243:+
Coord C1 exon
chr12:25132513-25132785
Coord A exon
chr12:25132786-25136175
Coord C2 exon
chr12:25136176-25136243
Length
3390 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATGT
5' ss Score
9.81
3' ss Seq
TTTTTTTTCTTCTTCTGCAGATT
3' ss Score
12.91
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGCTGCTGCGCTCGAGCCTTTTCTAGCGCGTGAGTGAGTTACTGTATTGTACTGTGAATCTCGGGAGGGGGGCTGCAAAAAAATCTCCTATTCTTACTGAGGTCCACCCCCCTTATTTAAAACTTCTTAAGCCAGATTGCTTTCCAACAGGTCACAGGACGTAGATGCCTTCTTGATTCACATATTTATTTTGTTTTTATTTTAGTTTATGGTTTGGTTTTTTAACACTCCGGGAGGGCAGAAATGGCGGCCAACATGTACCGGGTCGGAG
Seq A exon
GTATGTCCGTCTATATTCTGAATTAACGCAAGTCAAAACACAGGCACCACCGTAAGACCTGACTGGAAGGCAGGGACTCATTTCAAGCGAATTCCCGAAACCGGCCGCTCACTTTTAAACTCTTTTAACACGTGCAGTGTCCTTGCAAAAGAAAACGATAACGTGGATGCAGAATATTTTGGGTTCTGATTTGGGTCAGGCCTCTTAAACTATCATAGCCGCACTAGCATTTTAGCAAGCAGGCTATGTTGCTAGCTAGCCACATCATAAACAAATAATCACTACTATATGTAAAACAATCGGAAACGCGCACTTAGAGCACGTTTCTCTTAGATTTACCCACATAGGTTAAAAGCGAGATATGCTTGCTATTTAACCATTGCAATTTTAGACGCCGATGTTTTTCTTTGTGATCATTTGTCTCATTTTTTGGCACGTATCCATTAGTTACGGGTTCTCATTCGGCATGCAAGGTAGCAAAGCGAGCTAGCATTTAACACCCCTCACTCGATTTCCTTAGAGAAACCACATTCAACTTCTGCCCACTTATTTGCCGAAGCGTTAAGAATTTGCACTGTTTTGATGTGCATTTGTTGTCACGCGTGTAATTAACAGCGTGTATTTAACAATACCGTCGCGTCGTTTGTTTGTGCAATTAGCCGGCTACATGCCGCGGAATTTGACATTGTTTCATGGCGGCGATAATGCAGTGCCATTGAAAATGCTTTTGCAGCTGGACGAGCAAACTTCCTATGAATTCACTGCAAATCTAATAGCATTTGTAATAATTGAATACTTTGCGCGGTTATCTTATGACATGCTCCTTGTGTGATGTTATGTGTTGACACATGTGTAAGAATGTCATTTAAATGGCAATGAAGAGAAAATGCTTGTTTGCATGAATGAAGTGTTTGTTAATGAATGCACATTCTTCACCTCGTCGTCTTGTTTTTGACAAATGCTATATATACAAATGTATCCCAGAAACAAACCATTTCTTAGCCTCAGTCAAAGGCCAAGCTGAAGGTCTTAGTGTCTTGTCAGGTCACACAACCCAATTGGTAATGTTTTAGAATAGTAAAAAAAAAACATTGCATTATAAAATGTGCCATTTCTAGGAATTTTCATCATTACCGTAATGTAAGTGCAAGAAGAATTCCTGCAATCGAAATGATAATGTACATCGAATACCTTGGATATTAGTTATCAGTTATGCCTAACTGTAAGGAATGTATCCTTTACCCAAAAATTCTTTAGTGTGCAAAATTGTCCGAGGAATATGCACAGTGCTGTGACTTGAAATACATGGTGTTTAAGTTTACATACATGCCTTTAGTTGCCATGATGGCATCAGGTAGAGAACTTATCGATGGAAAAAGTAAAATTTCACAAAAAATGTATGTTGCTGGTTTACGAATGTGTATGTCGTTGCCAACAGGGCAAAAATAGCAATAATGAGATCTGTTGGTGTTACTTCCATGCTGTTTTCTAAAGTGTGATATGATGTCACAAGTTTCAGTCGCAAATGTTTCAATCAGAATGTATAAAGCAAATAAACTGATGTTTGAATCTGATGATAGTTTTTAGATTGTGTAAACTGATGTGCAATTCGATTTAATTCATTCAGATGAACAGAAATTGGTGCATGAAAGCATGTCTGGTGTTTAATGTAGTTTTCTGGCTATAAAAGCAGAAACAAAACCTGCTTCACTCCTTATTTTCATGCTTAAATATATGGTCCACAAGCTTATATCACAATATTATATATAAAAATGACAAATGGCTCATTCATACATCCAAACATAGACTCTCTAAAATGTTTACATGTCTGTACTGCACTTCAATACTGCAACTAGATCGGCATGTGGCACATGTTGTAATTCGATTTCTGTTTAGTTCGATTATGACATTAATTGGATTGTTATTTTTTTATTGTGGTTTACATGGTAGACTCTTAATCAGAGTATTGTCTCGAAATGGATTATTATTATCCATGTAAACAATAATGGATGTTTAAATCCATCTCATTTGGCTACTTTACTAATTTACTGAAGTGGCCAAATGAGATGGATTTAAACATCAGTTATTGTTTACATGGACAACAATTATCTGATTTGAGACAATACTCTGATTAAGAGTCTACCATGTAAACCACAATAAAAAAATCTAATTAACGTCATAATCGAACTAAACAGAAATCAAATTACAACATGTGGCACATGCCGATCTAGTTGCAGTATTGAAGTGCAGTACAGACATGTAAACATTTTAATCAAACTGGTACTGTTGTGTAGGATTTTCGCCGCATTTTGCGTCAAGATACAGTAGTCTATACCAGGGATGGGCAAACTTGATCCTCGAGGGCCGGTGTCCCTGCAGAGCTTTGTTCCAACACTAGTCAAACACACCTGAACAAACCAATCAGTGTCTTCAAGATCACTAGAACTCTATGATGAGGTCTATTTGAATAAGGTTGGAGCTAAACTATGCAGGACACTGGCCCTCCAGGATCAAGTTTGCCCACACCTGGTCTATACACAAACACACGGCTGTTTGACATTATTCTTTGCACCTACCAAGTCAGTGAAGGACTACAGACACCTGCATCGTGAAATGCAGAGGTGTTTTTCTCAATAAGGTGTCTGGTATCAAATTTCATTAAAACAACACTCTTGCAGCAGTTCATACTCGCATTCAATATTTCGTTTGTCTAAGGGGGCATACATGAGATATTGTTGAATGAAAGTGAAGTGCCAAATTGCAGTTAAAGTCAACAAATTAAAAATAAAACTCCAGAGGAAATGTGGATAGTGTGGTGGCCCAACGAAATTAATCGAATTATGTGCTTTTAACATGTAAAACATAACAGGGACATTCAAAAAGCAACTCATGTTAACAACTTAACCATGTTATTGTCTTATTCAGATTAAAGCTAATAATTTGATTACTGATGTCCATGTAAACGTAGTCAATGTTCCCTCCTTTTTACTTGTGGACTGGTAAACACAAATCCTTCATAATACAATTTGTAAACCTTCTAATGAATAAATATCAGCGGGAACCAGTCGTGCCCCAGTTCATTGTTTCGAGTTGTATTTAATGTAATTTTATACAATGACAGGTTCGGGATTTCTAGTTTGCATTTGTTTGGTAAAATTTCTTATCAAAGAAGATATAGTGTCCCAATTACATCCATGTTTAGTATATAGAGTTAGATGAATTTGTACAATAGTATAGTGATGTATATAATAGTATAATGATGTTCACCATTTTCCTGTTTTTTTGTGTGTGATGTTGTTGTTTTTTTGTTTTCCGAGTCTCTGAGACATTTAACTATCATCCAAACCCAAGTTTTGACTTCCAACAAAAATTTTTTTTCTTCTTCTGCAG
Seq C2 exon
ATTATGTCTTCTTTGAGAATTCTTCAAGCAACCCCTATCTGATCAGGCGAATAGAGGAACTGAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000054903:ENSDART00000127454:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.436 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0142613=BAH=PU(4.2=60.0)
A:
NA
C2:
PF0142613=BAH=FE(15.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]