DreINT0098432 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000005590 | mtf2
Description
metal response element binding transcription factor 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060512-94]
Coordinates
chr2:10832655-10838933:-
Coord C1 exon
chr2:10838785-10838933
Coord A exon
chr2:10832751-10838784
Coord C2 exon
chr2:10832655-10832750
Length
6034 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGC
5' ss Score
6.31
3' ss Seq
GCTCTTTCTCTTTCCCACAGCTG
3' ss Score
11.81
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAGGCGGTGCACTAAAGAAGGGGCCAAACGCCAAAGCCCTACAGGAAATGAAGCAGTCTCTACCATACGCCCTTGAAGAATTAATGTGGGACCAGGGCCACAAGACCAACATCCAGCAATGCTACTGCTACTGCGGTGGACCTGGAGA
Seq A exon
GTAAGCGTTACGATATTCATCTCTGAAAACTGCTGATATAGTTTTTCTCAGAATAAACATTTTATAGAGCAGGTATTTGAAGGATTAGTTCACTTTAAGAATAAGTAACTGTTTACATGACGACATTTTAACCCCAAATTAGGGAAACTTTTAATGCATTTCGCCTGTTTATTTACTCAGCAAAAGCATTTTGGAGACTGGAAACACTTCAATAAAGTTTTTTTATTTTTATTTATTTATTTATTTTTTGTCACTGCATTTTTTTATTGTTTCTAGTGGTGTAACGTCTCACAAATCTCACTGTTCTGATGACATATTGTTCACAGATCGGGCCATTTTTCAAATCAGTCAAAAACGGGAGGAGACAAATGTAATTTGCTTTCCATTTATTACAAAAACAGTACTGCAAGACACTTTTGGTTTTAACAAACAAAACTTAAAACCTGTAATATTATTAATAATAAAATTAGGAAATAATCAACAGAATAAAAATAAATTGTAAAATATTCAGTACTGTTAAAAATTCACTAAATGATTCAGTTTTTCACTCATAAAACCTTAATCTTTTATTGTTAAATGTGTCATTTTTGAAGAATTATTCAGTGGCATATTCTTGATTGCTGGTTGTAACTGTAGCTGCAGCCTACAACTTTAATTTTTTAGCGTCAAGTTAAATGCATATGGTGGTGATTTTAACCTTCACCATAAACATCAGTGGTTTTATCTAAACTATAAACCTTTATCCCAGTACTTCTGTGTTATTGTTACTGATTTTTGTGTTTTTCAAACAGATTTTAATGCAGCGCTTCGAAAGATTAATAAACATATCCAAATCACTATCATTTATAAATTATGATGCGTAGGTGTTGAGATCCCGATCTTTCAGTGTTTCCTCTAGGATTTTTTCCAGCTGTGGCGGCAGGCCTTTTTTTACACAGATCTACCAACTACCTGTATGTTATTTCAATGACAAATGTCGTGAGCACAGTAATAGAAGTCGAGATTGCAATTATGTAATAGCCTACAGCATGCGAATCTCTTTGCTTGCGCGCCGATTTCCTAAGCTTGTGCACAAAACTTCTTGCGCGCTCTCAAATAAACACTGCTGAAGTGCGATTTAGTGCGTTTTTGTAACAAGTATATCTCTAACATTTATTAGATTTGTTAGGAATATTTTTGAATGTCTCAAATAGACCTACAGAGCAACATTAATACGTCCTGAAGTAAAGTGAAACGGCTACACGTCGTGTTTGCTGGCCTCACGCATCACGCACCTGTCAGTCAGTCGGCACGTAACCTTAAGAGATAAACAAACAGCGCACAGCACTACAACGGTTACAGAAAAGTTTGCTCTGTTATAATTCACTTACCTTTTAATACATTTTGGTGAGATTATCACCCGCTATTAAAAGAACAAGGCAATGTTTTGAATAAGAAGCTGTAATGTAGCCGTGGTAGTATCAATGTTGGCGTGGCGCCCCGCCATCCGCTTGTTAAGTGTGACGTCACGCGAAGTGGCTTCCGGGTCCAAGCGCTCTATTCAACTGAATGGGGAGAATCATGAAATGGTAATGATAAACGTTTACAAAGCGGTTTAATGCTTTCGAAAATCACGATCGCAGTATATATGTCCATGTGTAATATCCGATGGCCAGAAAGTAATAAATTTTTTTTACAAATTGTTAAATTTTTGGTATTTGTTATGCAGCAAGCCCAGAGATTGTTGTGTACACTATGATTTTATATAAGATTAACTTTAATGTGTGATAGGAATAAACCGTGATCATAAACAAACGATTTCTCCACTCAAATGAATGTCGGCTTGGACCTGGAAACAGTATTACATGCGTCACAAACACGTCACCACTTAACAAGCGGATGGAAGAATGAATGTAGCAGAAACAATGTCTTTTACTGATTAATCGTGTAACTTACACTGAATGCATTAATGCAGGCAGAACAAGTAGTGACAGAAAACATTTAATAATCTAAGAAACCCACCACATCCCGAATAACCCACCACAACTTCTTCCGTCATCATTATATTTTACAGGAAAGCCTAAATGCTTTCATACATGTGATTTGAATGACGCGAGAAGCGATCTGCTTGCGATCATAACATATAGGATTAATCTACCAGTACAAAAGTATTTGCAGGTCACATGTATTGCAAACAAAGGGTTGAGATCACCGATCAACCATGATCCGTTACACCCCTAATTGTTTCCATGTAAATAACCAATTGAAGGTTCCATGAAATGTAAAAAAAATGTAGATGTTGGTGTCCGTGTTGTTAGTTTGTGAAATATCTATGATCTAGTGCGCACAAAAGCTGACAAAATTCGCATTTAGAAGATATGAAACTAATATAAACATGTAGAGCTTGTAACTATTTTATTGACATAACCTCATACTTCAGATTTTCTTCAAATCATAACCAATGACATGCCTACAGACATATTTGCCAAAGTAGCAAAATTGAAAAAGAATATTGCTGTTAGATACAGACAAGTTGCCAAACCAACGCTGATGCTGATAGCCTCCTGGATCTGCATCATAAACACAACAAATAGGCGTTAGCTTTCATTTTACAGCTTATAAAGCATGTATGCTAATGGATGCGAAATATTTAAACAAAACTGTTTACGAAAAGTCAACATATGTGCGCGTTGTTATTGTCTTTTCATCACATGCAGCACGCATTTAAACTGCAAATGAGAGAGGAAAATGCACAAAAGCATAAAACCAGATGCTCACAGCATAATTTTTAAACTAACGAATTCTATAAAAAATAAAGAATAAAAATAGGTTTTGTGATGTAGTAATAATAACAGCGGAGCATTAAATAAATGCATATTTTCCGTGGAGGGATTGATTTGAGGTAACCTGCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACTGAAGACAAAAAACATGATTGAAAAAAAAAAAAAAACAGCCTAATCCCGTTCTTAAAAAGGCTCAGTCAGTGTTTTTGTTTTGTAATCTAAATGTGTCATTTACAACAACATTTTAGGGCAGGCAAATTTATTTTATTCTTTTATTTAGTTTATTACTTTTATTAGTAAATTCTATAATAATTATTTAAAATAAATCTGACCAGTTAACTGTTAATATCCGATTAACGAGCGGTGGTTGTCGGTTAGCAAAATAACAGGAAATGAGCATCCCTAAAAAGTGAATTGTTTTTAAAATTTCATGTATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGAATTATTAGCGTCCCTGTTAATTTTTTCCCCCAATTTCTGTTTAACGGCGAAAAGATTTTTTTCAACATATTTCTAAAGATCATTTCTAAATTTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTAGCCTGATGACAATAAATAATATTTTACTAGATATTTTCAAGATATTTTTTCAATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAAGTAAGTTAATTAGGTCAACTAGGCAGGTTAGGGTATTTAGGCAAGTTATTGTATAATGATAGTTTGTTCTGTAAACTATCAAAAAAAAATAGCTTAAAGGGGCTAATTATTTTAAATAAAAATGTTTTAATAAAAATTTTACCTTAAAATGTTTTTAAAAAAATTTAAAACTGCTTTTATTTTAGCCAAAATAAAACAAATAAGACTTTTTCCAAAAGAAAAAAAACATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTTAAAAAAGAAAAAATTATTCAAAGGGGGGCTAATTATTCTTACTTCAACTGTATGTGAATCTTATTTTGGATTGTTATTTTATGTTGTCGTCATGTAAGCCCAACCTATAAATGTCCTACTTGACTCACCCCCATGTTTATGTTTTCTCAGCATTTTGATTAAAAGGACCTGTGAAGTGCTTTGAAATGTTCATTTCTAATCGATGTTTGACGTAATCTTAACCATAACAAAAAGAGGGTGGGGCATAGTGTAGCCCCTCTCCTTTAAAAAAACTGCAAATAGCGTTTTGTTATCACTGCTCAGCTAGTGAGAGTGTTTGAGATCAAGTGCATCAAATTAAGAGCAAATGAGAAGTGTCGTGAAAGAGGGGAGCATGTCAGATACTAGAGCAGGGCTCGAAATTAACTTTCTTACTTGGTAGCACCGGTGCTCCCAATCTGAAATATTTAGGAGCACCAGAAAATATTTAAAAGCACCAGAAAAAATTTAGGAGCACCAGAAAAAAATTTAGGAGCACCCACCAAAAATGAATTGATATATTTGACAAGTTGTATATTAAGGGATTTATTGTATTTGAAAACAACATCAGTTGGGACTAACAAAACCCAGAAACAACTATCTAACTAATGCTGAGATTACTTAATATTTGTGCAATAATTCCAAAATGAATGTAGAATAATTATAAAATATTAATGATGACGATGATGACAATAATACTAATTATGAATTATATTTCTTATCATCATGCTGCCTTGAATGTGCTTTAATGTAAGTTATCTGCTATATAAAGTCCTACTGTTACTTAATGAAAAATAAATTGATGGTTTGCATCAAACAGAAATGAAGCATTGTAGTAAGAAATATTTATTTTGTAATATTGTTTTTATATGCATGGCAATTTTATAAATAATATATCTGCTACAAAACAAACTGAATAATATAATAAGTCATTCAATTCAATGCTGAAAGCTGCAAAGCAGTCATCAGTAATTAAATAGAAAAATAATATACATCTCAAGAAAGAACAGACAAAAGAAAGGAAGAAAAGTCTTACTTTTAAAAGTTTTGGTTTCGGTTCGTGTCGTTTTAATGCTCAGCGTCATTACGCGCTGAATTACATTTTTCTGTGTTTGCGGAAAAGCATGCGAGTCAGCCGGCCCAATATATGAGGGGGGCAGAGCAGGATTCTCCCGATGACCACCGGCACAATACTGTTCTTTGTTATAACCCGCATCAGTTTAAACTCAGTAAAGGCAAGCTTCTTTGGCAATGGTGTTTTAGCGGATATTTGCGCAGTTGACGCCTGATCTCATGAGAAAACGTATGAAAATTTTATGAATTGCCATGAGATTGTGTTGGCTGAACACGCAGTGCATGCAACGCATCGAGATTCAGTGTACTTTTCACTCTTCAGCCGTTTGCATTCTCCGCGGTCACAAAAGCTCCCTCCCTGTCATCTGACAGCGGAAAGTCTTGAGTGATTGACAGCTAATATGAACCAATATAGCGGCAGGGAAGACCGATTTTTTTTTTTTTACCACGTTTTTAGAAAAAAACCAAAACAGGTCGCACTACAACCATTATATGCAGTCGCACGAATGCTCCCAATATATATTATGAGGTCGCATAGCTTAAATTTCAGGCGCATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTCACTGTTTTGGAGCACACTAGTTTATAGATATCTTAAAAACTAACAATACTGATACTAACATCTAAATAACATTATTTTAATTTCACAGGACCTTTAAATATTTCAAATTTTTTCTATATAGTGGACTTCAATTGTTTGAAGTTCTATGTTGTAGTTTCAATGCAGCTTCAAATAGCTTTACACAATCCCAGCTGAGCAATAACGGTCTTACCTAGTGAAACGTTAAATAATTTTATTACAAAATAACAATGTATAAACTTTTTGATCACATAAGCTTGTCTTGCAGTAGCTCTGGGATGCAAGCTTTTGTGGTTAAAAATGCATATAAATGTTTTTGTTTCAGATTGTCGCTAGTTAAATCCATTTTATTGGCATTAAAACAGCACATTGGAAGGGTAAACCACTGAGCACCATAGAAGTCTACTATATGGAGAAAAATCTAACTGAACGTCTAGCTTGACAATGCGACGATTTAATTATCAGGATAAATATATTTTTTATTCTGTAAGTGAACTAATCCTTTAACCACAGATTACAGCTACTGATTAACTGCTATGAAGTACAATTCCAATGGCTCTTTCTCTTTCCCACAG
Seq C2 exon
CTGGTATCTGAAGATGTTACAGTGTAATAAGTGTAAACAGTGGTTTCATGAAGCTTGTATCCAGTGTTTTCAGAAGCCAATGCTCTTTGGAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000005590:ENSDART00000122709:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0062824=PHD=PU(15.1=16.0)
A:
NA
C2:
PF0062824=PHD=FE(60.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]