DreINT0099131 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099470 | muc5.3
Description
mucin 5.3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1562]
Coordinates
chr7:72069871-72071793:-
Coord C1 exon
chr7:72071693-72071793
Coord A exon
chr7:72070023-72071692
Coord C2 exon
chr7:72069871-72070022
Length
1670 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGCGTGAGT
5' ss Score
7.55
3' ss Seq
TGTATATGGACTGCATGCAGATC
3' ss Score
4.83
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGCACAGAGCCAATGAGGTTTTTCAACTGCTCGAGCGCCAGTCCCGGGTCAGAGGGAGCAGAGTGTCAGAAGAGCTGCAACACACTTGACATGGCCTGC
Seq A exon
GTGAGTAGAAACAGTAATATTTATTGCACATTATTATTACTAAAAATATATATTATTATGTTGATGTTAATCTCTTAATATTTTAAGGCACAATTCTCAAAATTAACAAACCATTAACTTTGACTTTTGCACAATTCAACATTTACTAATGCACTATTAACATCCAATTCCTGCTTGTTAACGTTGGTTAATGCACTGAGTTAACAAACTAAAAAACAACTGTATTTTCATTGACTAATGATAACTAACATAAACAAATACTATTGTTCAGTGTTTGTTTATGTTAGTAAATGCTTTATCATTAACTAATACAACCTTATTATAAAGTGTTACCATTTATCTTAAGTAAGTATACACGCTATTAACTACTGGCATACTACCTGTCTATTAGTATAATATTAACTGTTTATTAGTAGCTATTGACCTTATTCTCCGCAGATGAGCGGGCGCTGCCATTTGAATCTTTTTGGCACGAGACTTCCGGTCTCATTCACTTCCATTCATTTTTAGACATTAAAAACTGCTCGTTTCGCTGTTTGATGTTGCAAACTGATATTTCCTTGTTTTATTATTCTACTTGGTCTGTATAGTCATGCAAACATTTGTTTGTAGAGCAAGTAGTTTGACCGTTTTTTGCCGTTTATTATTCCTTGTCATTTCTCCCATAGGCGACTGAAACGGAAGTTCTAAGACAATCGCGAAAACAGGCGCACTTCCGCATTTTAGAATAAGGTCAATAAAGTATGATTATTTTTTACATCCCCAATCCTATACCCTAAATCTAAACCCATTTACTACCTTAATAACTATTAATAAAAGCAGTAAACTAGTTGGTTATTGAGCTACAAGTCATAGTTAATGGTTTGTTAACAGTATGAATTGTGACCTAAAATAAAGTGTTACCAAAATGTAATGAGAGAAATTATGACGTGATCTCCTTTAGATTGTATGTACAGTCTAAGGTAACTGGAAATACCTAAACCCTGAATGTTGTGTATTTTTATTATTTATTATTATACATTTATAGTATTTTATTTTATTAGTATTATTATTCTGTATCATATTGTTATTGATTTATTTAATTAATTATGTTTTTTATGCAGAGCGCTGTTAAATATGATATTAAATCAGTTGTATTACTGTCAGTTTTTTTTTTTAAGATGGGAATGTTATACTGTTTTAAAAATCTAAAAATAAAAATGAAGAAATTTTCAGTACACTCAGTAAACTCCTAATTTGCTGCTTATTAATAGTCATGGAGGATTAGAGATGTAGAAAAAGATCACACTTCCTCCGGTTGCACAGACGATGCTTAAGGCTAGTCTTAGATTAAATTGCATGTTTGAGCTGTCTTAACTGAAAGTAACTTGCAGTTAGATATCTTAAAATACCTTAGTGGCATTGTTTTGTCTCCAGAATTCACACCAATAATGTTTTTTATAGCTTATTTATAAAAGTGGCTTTAATATGCTAATTTAACTAAGTTCTAGTCCTGATTTAAGCTAAGCCTTGTTTGTGAAACTAGACCTATAAGTATTAATATATCTTGATAATAGGCAGGTGATAAGCCAGTAGTTAATGGTGAGAATTGATCCTTAAATTACAATTTGACCTTAACTTGTAATGAAAGGTTACATAGTGAATGTGTTTTGTATATGGACTGCATGCAG
Seq C2 exon
ATCAGCACAGGGTGTGTTTCTGGCTGTGTGTGTCCTTCTGGACTGGTGTCTGATGGGAACGGTGGCTGTATCGATAAAGACCAGTGTCCCTGCATCCATAATGGACACACCTACCAGTCTGGAGAAAGCATTAAGATTGACTGTAATACATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000099470:ENSDART00000162367:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0182612=TIL=PU(51.6=91.4)
A:
NA
C2:
PF0182612=TIL=PD(46.8=56.9),PF0009313=VWC=PU(34.5=37.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
AGTGCACAGAGCCAATGAGGT
R:
TACAGTCAATCTTAATGCTTTCTCCA
Band lengths:
246-1916
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]